Под давлением критики Британия пошла на особое соглашение с империей Цин. 27 апреля 1906 г. в Пекине было подписано соглашение, дополнительное к Лхасскому. Оно подразумевало перенос на цинское правительство подписания договоров от имени Тибета, причем империю Цин исключили из «иностранных держав». Теперь уже маньчжурский император в большей степени, чем британское правительство отвечал за целостность Тибета. Тибетское правительство не признало это соглашение как нарушающее отношения «наставник — покровитель» между Далай-ламой и императором. По заключению правительства Тибета, «этот договор не может кем-либо рассматриваться как обязательный».

31 августа 1907 г. в Петербурге была подписана «Конвенция между Россией и Великобританией по делам Персии, Афганистана и Тибета». По ней Иран был разделен на сферы влияния, Афганистан признан буферным государством, а в дела Тибета обе державы обязались не вмешиваться. При этом они признали «сюзеренитет» Пекина над Тибетом и обязались сноситься с ним только через Пекин. Так Россия в обмен на призрачные выгоды в Персии и Афганистане отказалась от сближения со страной, важной для нее цивилизационно и геополитически. Зато обе державы решили судьбу Тибета за него и без его участия.

Вторжение британцев в Тибет напугало цинские власти. Они боялись, что англичане, русские и французы получат там новую базу в разваливающейся империи. Маньчжурское правительство выплатило англичанам контрибуцию за Тибет, хотя его власти об этом не просили. Не оказав никакой помощи в отражении агрессии, оно теперь взялось за «освоение» Тибета.

Еще в декабре 1903 г. губернатор провинции Сычуань вместе с некоторыми другими направил императору меморандум, предложив «развивать приграничье Сычуани», то есть Кам. Мерами «развития» должны были стать внедрение земледелия, горного дела и прибытие китайских колонистов. Ведь до начала XX в. в Тибете не было сколько-нибудь значительных китайских колоний. Подавить «упрямство варваров» (то есть местных тибетцев-кочевников) предлагалось вооруженным путем. В начале 1904 г. два сотрудника Сычуаньского бюро шахт прибыли в Батанг и, увидев, что земли здесь плодородные, стали обсуждать перспективы их «развития». Примерно в это время в Батанге остановился и встретился с ними заместитель амбаня Фэн Чуань, ехавший в Чамдо. В результате решили начать «развитие» и выделили небольшое поле. Его стали обрабатывать китайцы.

Под впечатлением вступления Янгхасбенда в Лхасу цинский двор решил установить свою власть в районе Ньяронг, подчинявшемся тибетскому правительству. Распоряжения об этом поступили к амбаню в Лхасе и заместителю амбаня, находившемуся в Батанге. Ситуация там стала накаляться: приведенные заместителем амбаня отряды тренировались по невиданной ранее иностранной системе, китайцы распахивали все больше земли, в Батанге открылась французская католическая миссия, прошел слух о грядущем выселении всех тибетских чиновников.

Весной 1905 г. началось восстание. Оно было направлено против иностранной экспансии — и китайской, и западной. Хотя очагами были монастыри, оно охватило все слои тибетского населения, поскольку из каждой семьи кто-то был монахом. Фэн Чуань и еще несколько человек были убиты, католическая миссия разорена. Использовав это как предлог, в середине лета 1905 г. в Батанг вступила армия генерала-мусульманина Ма Вэйчи из Сычуани. Через два месяца к нему присоединились войска китайского генерала Чжао Эрфэна численностью 7500 чел. Были казнены 322 монаха. Ма вернулся в Сычуань, а Чжао остался в Каме. Он контролировал только Батанг и Литанг. Население относилось к интервентам враждебно, восстание ширилось. Чтобы подавить его, Чжао делал карательные рейды. Они сопровождались разрушениями, грабежами, массовыми репрессиями и убийствами тибетцев. Было убито 1317 чел., в основном монахов, разрушено полностью или частично шесть монастырей, металлические предметы культа переплавлены в монету. За жестокость тибетцы назвали этого генерала «Чжао-мясник».

Чжао Эрфэн не только поощрял заселение Кама китайцами. Он старался китаизировать тибетцев. Названия их населенных пунктов заменяли на китайские. В 1906 г. генерал обнародовал 43 правила для Батанга. Жителям было приказано одеваться и говорить по-китайски, следовать конфуцианству, жить по китайским законам, брать китайские фамилии, делать китайские прически, хоронить родителей по китайскому обычаю и т.п. Китайцев из Сычуани призывали переселяться на «свободные» земли Восточного Тибета. В 1907 г. войска Чжао Эрфэна конфисковали у тибетцев южного Кама тысячи партий зерна. К концу 1907 — началу 1908 г. тибетские администрации на оккупированных территориях были заменены китайскими военными властями. Прежняя административная система в Каме была ликвидирована. Таковы были плоды новой цинской политики — превращения «внешних» стран в колонии.

В апреле 1908 г., в развитие Соглашения 1906 г., в Калькутте были подписаны «Правила торговли с Тибетом», по которым Пекин брал на себя полицейскую службу на рынках и торговых путях. По донесению российского эмиссара Я.И. Коростовца в МИД, после этого пекинская администрация стала изыскивать способы общеимперского управления в Тибете.Пекин решил разделить там власть: за Далай-ламой оставить лишь дела религии, а все административные вопросы — за маньчжурами. Иностранных представителей в Пекине проинформировали, что все дипломатические вопросы по Тибету теперь надо решать с пекинским правительством, а соглашения, заключенные без его участия, недействительны. В том же году Чжао Эрфэна назначили верховным комиссаром по пограничным делам и вторым амбанем в Лхасе. Генерал решил создать региональное правительство в Чамдо и совершить поход на тибетскую столицу. Цинское правительство объясняло это необходимостью полицейской охраны дорог и даже попросило англичан пропустить войска через Индию, но получило отказ.Далай-лама попросил срочной помощи у Великобритании, России, Франции, Японии и Непала. Единственным результатом стал неэффективный британский протест Пекину.

Сочувствие императора Николая II, военных и российской общественности оказалось недостаточным не только для приезда Далай-ламы в Россию или вооруженной помощи Тибету, но даже для посылки казачьего эскорта первоиерарху. Все это блокировал российский МИД. Он ввязался в сложную дипломатическую игру с противниками независимости Тибета. Нежелание МИДа навлечь гнев Лондона и Пекина оказалось сильнее выгод, которые могла получить Россия в Центральной Азии. Итак, маньчжурское правительство добилось своего: Далай-ламе XIII пришлось возвращаться из Монголии через Китай. В 1906 г. он переехал из Халхи в Кукунор, а затем проследовал через Сиань в Пекин.

На железнодорожном вокзале его встречали министры внутренних и иностранных дел, а также мэр Пекина. Далай-лама остановился в монастыре Хуансы. 27 сентября 1908 г. ему устроили торжественный прием, но он отличался от того, что было раньше. Цыси санкционировала ритуал коленопреклонения Далай-ламы перед ней. Затем в день рождения Цыси, согласно придворным записям, весь ее двор, Далай-лама и император отбили ей земной поклон. В честь Далай-ламы в Пекине был дан роскошный прием, на котором Цыси особенно понравились ритуальные буддийские танцы с чтением из священных книг. Далай-ламе «вернули» титул «Великий, Благой, Самосущий Будда» — правда, еще «Верный и Покорный».На переговорах он потребовал удалить из Кама цинские войска и чиновников и подчеркнул, что отношения Цинского государства с Тибетом всегда основывались на религиозном покровительстве и взаимопомощи. Цыси заверила, что прежние отношения не будут изменены, но министр иностранных дел выразил недовольство тем, что Далай-лама настаивает на одних религиозных отношениях. Достигли договоренности о сокращении цинских войск и чиновников в Каме.