Ниже приведены примеры синонимических и несинонимических мутаций для аминокислоты лейцина:

ЦУУ (лейцин) —› ЦУЦ (лейцин) = синонимическая мутация;

ЦУУ (лейцин) —› ЦГУ (аргинин) = несинонимическая мутация.

Исследование полных геномов множества изолированных популяций риновирусов и оценка числа синонимических изменений в сравнении с числом несинонимических изменений в геноме позволило специалистам определить тип естественного отбора и природы его давления на разные участки генома. Если очищающая селекция есть преобладающая форма давления отбора, то он будет поддерживать сохранение уже существующих последовательностей аминокислот в белках. Синонимические изменения терпимы, потому что не приводят к изменениям в белковом составе вируса. Несинонимические нуклеотидные изменения будут отвергнуты, потому что они вредят полноценности вирусного генома. С другой стороны, если преобладают условия, в которых изменения белкового состава вируса благоприятны в отношении давления отбора, то в последовательностях генома будет обнаруживаться большая доля несинонимических мутаций. Такая ситуация называется положительным отбором.

Стоит особо отметить исследования, проведенные Кистлером и его коллегами в Калифорнийском университете Сан-Франциско (Kistler et al., 2007). Авторы изучали последовательности полного генома репрезентативного набора из тридцати четырех риновирусных штаммов. Ученые пришли к выводу, что большая часть генома риновирусов возникла в условиях очищающего давления естественного отбора. Большая часть генетических вариаций, обусловленных ошибками при репликации вирусной РНК, следовательно, возникли в результате вредоносных для адаптации вируса изменений. Естественный отбор вычищает геномы с мутировавшими последовательностями, которые изменяют последовательность аминокислот в белках. Отличительный признак этой очищающей селекции заключается в том, что допускаются синонимические мутации, которые, таким образом, выявляются чаще, чем несинонимические. Это совпадает с тем, чего можно ожидать от вируса, который в высшей степени, можно сказать, оптимально приспособился к своему хозяину. В этом случае давление отбора, приводящее к генетическим изменениям, прекращается. Учитывая заболеваемость простудой, мы неизбежно приходим к выводу, что риновирусы прекрасно приспособились к нам.

Другие наблюдения проливают свет на движущие силы происхождения множества серотипов риновирусов. В некоторых дискретных участках их генома ученые увидели большую, чем ожидалось, частоту несинонимических мутаций в сравнении с синонимическими: в этой части генома поработал положительный естественный отбор. Эти участки ограничиваются теми последовательностями, которые кодируют белки, образующие внешний капсид вируса, и отдельными участками, кодирующими неструктурные белки. Участки неструктурных белков, оказавшиеся под действием положительного отбора, ограничены участками РНК, которые не играют главной роли в функции вируса внутри клетки. Вероятно, что это селективное давление, ведущее к изменениям, возникло в результате воздействия на риновирусы со стороны иммунной системы. Белки вириона, то есть белки, ассоциированные с вирусными частицами, распознаются циркулирующими защитными антителами, возникающими в ответ на инфицирование вирусом. После выздоровления антитела данной специфичности делают пациента невосприимчивым к реинфекции тем же серотипом риновируса. Эти антитела распознают разные риновирусные серотипы, и их специфичность стала основой для выделения более ста серотипов риновирусов, известных к настоящему времени. Постоянное давление отбора заставляет вирусы обходить эти нейтрализующие антитела; вирусы делают это, маскируясь внутри измененного капсида, который не может быть распознан иммунной системой, отреагировавшей ранее на другие штаммы вируса простуды. Разумно предположить, что эволюция множества серотипов риновирусов позволила им сохраниться и процветать на нашей человеческой популяции, так как они получают беспрепятственный доступ к сборочному конвейеру на рибосомах восприимчивых организмов.

Причина давления положительного отбора на последовательности аминокислот в неструктурных белках риновируса (которые не подвержены нейтрализующему действию антител) не находит объяснения в литературе. Я, однако, полагаю, что эти изменения тоже вызваны давлением отбора, направленного на обход иммунного ответа. Иммунный воспалительный каскад, инициируемый в пораженной клетке, отвечает также за мобилизацию цитотоксичных клеток T-киллеров, которые начинают накапливаться в пораженной ткани. Это плечо нашей иммунной системы – в терминах клеточно-опосредованной иммунной реакции – обладает уникальной способностью распознавать и атаковать инфицированные клетки с целью их уничтожения и удаления. Инфицированные клетки распознаются иммунной системой, так как на их поверхности присутствуют мелкие сегменты белков – пептиды, – образующиеся при разрушении белков внутри каждой клетки. Многие пептиды, присутствующие на клеточной поверхности, образуются в результате распада собственных белков, и они распознаются иммунной системой как «аутоантигены». Отпечатки пальцев вируса обнаруживаются на пептидах, образовавшихся в результате распада вирусных белков и вышедших на поверхность пораженной клетки. Они выявляются и распознаются как чужеродные цитотоксическими T-клетками-киллерами, которые затем приближаются к клетке и уничтожают ее. Особые вирусные пептиды, обнаруживаемые на поверхности инфицированных клеток, таким образом, обучают нашу иммунную систему и делают инфицированные клетки восприимчивыми к действию клеточно-опосредованного иммунитета. Клетки, инфицированные измененными вирусами, то есть с измененными пептидами, не будут распознаваться цитотоксическими T-клетками естественными киллерами. Эти вирусы будут иметь селективное преимущество в том, что смогут избежать этого механизма иммунологической «чистки». Это пример положительного отбора.

Таким образом, будет разумным предполагать, что главной движущей силой диверсификации риновирусов является наш (и наших обезьяноподобных предков) иммунный ответ. Способность риновирусов к диверсификации оказалась критически важной для их успешности в роли вездесущего патогена, который существует за счет доступности восприимчивых нетронутых хозяев. Каждый из нас не раз болел простудой, и каждый раз заболевание, скорее всего, было вызвано особым, отличным от других, штаммом риновируса; наши дети особенно восприимчивы к простуде именно по этой причине – они никогда не сталкивались с большинством серотипов риновирусов. Дети – самая плодородная почва для инфекции, потому что снабжены только теми антителами, которые нейтрализуют только те риновирусы, с которыми они уже имели дело. Простуда – это движущаяся мишень для нашего иммунного ответа; вирусы не только вызывают легкое заболевание с симптомами, которые позволяют нам общаться с другими людьми и заражать их; они также способны к выраженному разнообразию, что позволяет им поражать максимальное число разных хозяев. Риновирусы не имеют возможности почивать на лаврах; распространение каждого штамма вируса зависит от повторных циклов репликации. Вымирают ли некоторые риновирусы, покидая организм очередного хозяина, сменяясь вновь возникшими серотипами? Последнее наиболее вероятно, первое едва ли возможно. Многочисленные серотипы риновирусов циркулируют в человеческих популяциях одновременно, и ни один отдельно взятый серотип не является настолько успешным, чтобы истощить пул своих хозяев и навсегда исчезнуть. Географические миграции и рождение восприимчивых детей снабжают вирусы новыми хозяевами, восприимчивыми к инфицированию любыми серотипами.