По возвращении в Россию Уваров был уволен в шестимесячный отпуск (с 29 апреля); 23 августа 1814 года женился на Екатерине Сергеевне Луниной, сестре декабриста Лунина, а затем в 1816 году отпущен для лечения ран. В том же году на дуэли с полковником Греффе Уваров получил рану, которая лишила его возможности сидеть верхом на коне, и он должен был подать в отставку, причем от Депрерадовича ему был выдан лестный аттестат. 5 ноября 1816 года он «за ранами» уволен от военной службы с чином статского советника, причем пожалован (12 ноября) званием камергера и определен на службу в Коллегию иностранных дел.

Сын Ф. А. Уварова пишет о своем отце: «Преданный императору Александру I всей силой истинно-рыцарской души, отец мучился мыслью, что впал в немилость» у государя, взгляд которого на поединки в то время, как известно, изменился. Но государь пожелал сам лично «рассеять печаль верного слуги» и, встретив его (это было в Москве на Тверском бульваре: Уваров должен был еще ходить на костылях), остановил его и «удостоил милостивого разговора, на который сбежалось несметное число благоговейных слушателей. Сам император привлек его к высочайшему двору».

В 1817 году Уваров снова находился в отпуске «до излечения болезней». В 1821 году он получил назначение состоять при министре финансов по особым поручениям и причислен к Комиссии погашения государственных долгов, но 21 февраля 1822 года от последней должности освобожден, с оставлением при министре финансов. 9 февраля того же года произведен в действительные статские советники. Имеется указание, что некоторое время, на которое пришлось празднование бракосочетания Марии Павловны, он исправлял должность обер-церемониймейстера двора. В 1824 году Уваров получил отпуск (в Рязанскую и Тамбовскую губернии), который потом по его прошению был продлен «до выздоровления».

Уваров имел хорошие средства: вместе с единственной сестрой он получил в наследство в Рязанской и Ярославской губерниях 500 душ, которые поделил с сестрою поровну, взяв себе худшую часть в Ярославле и в Касимовских песках; кроме того, ему принадлежали имения в Тамбовской и Московской губерниях. Уваров, по словам его сына, «у всех оставил по себе память честного и доблестного воина — солдаты его боготворили. Бескорыстие его и чувство собственного достоинства не позволяли ему принимать оклады и вознаграждения денежные (за раны)»; вдова его также не получала пенсии.

Уваров жил большею частью в селе Большая Екатериновка Шацкого уезда и занимался хозяйством: развел большой парк, устроил стеклянный завод, который успешно соперничал с известным Мальцевским заводом, и пр. О нем сохранилось воспоминание как о хорошем хозяине, но строгом, подчас жестоком помещике и как о «колдуне». Как человек образованный, он любил чтение и собрал значительную библиотеку. Он знал французский, немецкий и английский языки; интересовался живописью, архитектурой и особенно химией.

Загадочное «исчезновение» Ф. А. Уварова произошло 7 января 1827 года. У него остались два сына: 1) Александр, родившийся 11 января 1816 года, впоследствии полковник Гусарского великого князя Константина Николаевича (13 Гусарский Нарвский) полка, умер 30 марта 1869 года; и 2) Сергей, родившийся 25 октября 1820 года; как и старший брат, он сдавал офицерский экзамен в качестве экстерна в Пажеском корпусе, учился затем в Берлинском университете, «промовировал» на все 3 ступени в Дерптском, где и получил в 1855 году диплом доктора историко-филологического факультета.

В биографии Ф. А. Уварова отмечается, что у детей его не сохранилось никаких рукописей или бумаг отца — все это куда-то исчезло. После него некоторые книги перешли в частные руки, причем удалось еще найти: повестку от двора, вызывавшую Уварова для представления государю за несколько дней до «исчезновения», и ручной типографский шрифт александровского времени; а внуку его попался устав какого-то тайного общества, который и был им уничтожен. Так как Уваров не числился среди декабристов и ни в какой опале после 14 декабря 1825 года не состоял, то под уставом «какого-то» тайного общества, вероятнее всего, скрывается указание на масонскую ложу.

Мы видели, что о причине, заставившей Уварова лишить себя жизни или исчезнуть, Булгаков в своем письме очень глухо сообщает: «Стоило ли труда заварить кашу, начать процесс и оттого только, что велено ему дать законный ход, посягнуть на себя». Вдова же Уварова в официальной переписке заявляет более определенно, что, зная образ мыслей своего мужа и его поступков, считает «главнейшей причиной», понудившей его лишить себя жизни, подачу государю прошения, где он просил о рассмотрении духовного завещания, сделанного «преступным братом» ее Луниным, коим она устранена от наследования после него имением: по словам жены, Уваров думал, что своим прошением он подал повод к подозрению его в корыстолюбии, «чувстве, совершенно ему несвойственном», чем боялся потерять в глазах государя хорошее мнение о себе.

Здесь речь идет о духовном завещании подполковника гвардии, декабриста Михаила Лунина, родного брата Е. С. Уваровой, который завещал родовое имение в Тамбовской губернии своему двоюродному брату Николаю Лунину с тем, чтобы он в течение пяти лет «непременно» уничтожил в наследуемом имении крепостное право «над крестьянами и дворовыми людьми», впрочем, «не касаясь земель и угодий», кои «без всякого раздробления» должны перейти к одному из сыновей по смерти Н. Лунина. Уваровой братом назначалась только пожизненная пенсия в 10 тысяч рублей ежегодно. Как декабрист, М. Лунин был осужден и утратил свои права. Именно это завещание и оспаривал Ф. А. Уваров своим обращением к власти. Когда делу был дан законный ход, Уваров, выйдя однажды из дому, бесследно исчез. Его жена продолжала хлопоты о признании завещания брата незаконным, ссылаясь на то, что оно вынуждено правилами тайного общества и оглашение этого завещания «может породить вредные толки» и что оно вообще противоречит законному «общему порядку». В конце концов Комитет министров признал завещание М. Лунина недействительным, поставив имение передать тому, кто «по наследству» имеет ближайшие законные права.

Некоторые наблюдения заставляют думать, что Уваровой об исчезновении мужа было известно более, чем она старалась показать. Ссылка ее в официальном документе на то, что «главнейшей причиной» исчезновения мужа было павшее на него подозрение в корыстолюбии, — неубедительна и страдает недоговоренностью; выражение «главнейшая» причина предполагает существование какой-то и другой причины, в бумаге не указанной. Не напрасно князь П. А. Вяземский писал, что «объяснительной причины к исчезновению его никто придумать не мог», — очевидно, Уварова что-то скрывала. По мнению одного лица, знавшего лично С. Ф. Уварова и его сына (врача М. С. Уварова), «старик Уваров, как и его мать, знали тайну, но не любили об этом говорить и никому ее не открыли». Очень странно, что после Ф. А. Уварова у детей не сохранилось никаких писем или бумаг отца — «все это куда-то исчезло». Не оказалось даже и его портрета, словно чья-то тщательная рука уничтожила или скрыла его от сличения с оригиналом, может быть исчезнувшим, но не погибшим.

По семейным преданиям, исчезновение Уварова объяснялось трояко: 1) было предположение, что он утонул в Неве, 2) что бежал в Америку и будто бы туда ездила к нему Е. С. Уварова и 3) что он был тем «таинственным» старцем Даниилом, «которого знали в Сибири многие декабристы».