24 сентября 1863 г. (по ст. стилю) эскадра Лесовского вошла в Нью-Йоркскую гавань, где ее уже ждал фрегат «Ослябя», пришедший туда из Средиземного моря.

Вскоре фрегат «Александр Невский» под флагом контр-адмирала Лесовского в сопровождении фрегата «Пересвет» и корвета «Витязь» отправился в Карибское море и Мексиканский залив, то есть в районы, буквально кишевшие английскими торговыми судами. Фрегат «Ослябя», корвет «Варяг» и клипер «Алмаз» были оставлены в портах США. Командовать ими было поручено командиру фрегата «Ослябя» капитану 1-го ранга Бутакову.

В пути отряд Лесовского разделился. «Пересвет» посетил южные порты Кубы. «Витязь» посетил Британский Гондурас, Гавану, порт Рояль (на острове Ямайка), Кюрасао и Картогену. Сам адмирал на «Александре Невском» посетил северные порты Кубы. Следует заметить, что испанцы с удовольствием снабжали русских углем и продовольствием. С одной стороны, наши моряки платили золотом, а с другой – испанцы недолюбливали англичан.

Между тем корабли отряда Бутакова также не стояли на одном месте, а постоянно перемещались вдоль восточного побережья США. Они заходили в крепость Мойр, в Балтимор, в Аннаполис и т. д. Таким образом, англичане не смогли бы внезапно заблокировать русские крейсерские суда.

9 февраля 1864 г. «Александр Невский» покинул гостеприимную Гавану и пошел в Нью-Йорк. 6 апреля в Нью-Йорк после крейсерства у Больших Антильских островов и захода в Гавану возвратился «Пересвет». Вместо него к Антильским островам отправился «Варяг».

А теперь перенесемся из Америки на другую сторону земного шара, в Николаевск-на-Амуре – главную базу Сибирской флотилии. 8 июля 1863 г. там получили срочный приказ из Петербурга от адмирала Краббе: «Немедленно сосредоточить силы, чтобы по получении известия об открытии военных действий немедленно направить их на слабые и уязвимые места противника». Контр-адмирал Попов отправил в Петербург достойный ответ: «В случае нужды мы будем в состоянии сделать много вреда неприятелю, прежде чем понадобится нас исключить из списков флота».

Русские крейсера поодиночке пересекли Тихий океан и встретились все вместе на рейде Сан-Франциско. К 27 октября 1863 г. здесь собрались корветы «Калевала» (флагман), «Богатырь» и «Рында», клипера «Абрек» и «Гайдамак».

К сожалению, по пути из Хакодате в США погиб корвет «Новик», которым командовал капитан-лейтенант Скрыплев. 14 сентября 1863 г. в сильный туман «Новик» налетел на камни у мыса Лос-Рейес севернее Сан-Франциско. Мичману Гертнеру удалось добраться до берега, а оттуда – в Сан-Франциско и обратиться за помощью к русскому консулу Клинковстрему. Тот обратился за помощью к американским властям и получил в свое распоряжение пароход «Шабрик».

Когда «Шабрик» подошел к корвету, все команда его уже находилась на берегу в бухте Драк. После краткого совещания консул, командир «Шабрика» и капитан-лейтенант Скрыплев решили не проводить спасательные работы. Экипаж «Новика» был переправлен на «Шабрик» и доставлен в Сан-Франциско. Позже по приказу контр-адмирала Попова вся команда корвета была распределена по другим судам эскадры. Остатки разбитого корвета были проданы с аукциона за 1700 долларов.

16 октября 1863 г. при входе клипера «Абрек» на рейд Сан-Франциско был замечен небольшой пароход, имевший какой-то странный флаг на корме: белые и красные полосы, но не вдоль, как на американском флаге, а поперек, а в углу американский гюйс. Когда «Абрек» приблизился к пароходу, то увидели, что с парохода сделали выстрел. Но командир «Абрека» не принял это на свой счет, тем более что, находясь в прошлом году в Сан-Франциско, командир клипера Пилкин знал правила этого порта. Но вскоре после первого выстрела последовал второй ядром, давшим рикошет под бушпритом клипера, и это привело Пилкина в полное недоумение. Так как флаг парохода был незнаком, то Пилкин решил, что часть города Сан-Франциско захвачена южанами, приказал прибавить ходу и остановил клипер перед носом парохода. Тем временем с парохода спустили шлюпку с офицером, который, пристав к борту клипера, объяснил, что это их новые правила по случаю нападений крейсеров южных штатов, и что пароход этот занимает брандвахтенный пост и имеет флаг, присвоенный судам этого рода.

Когда клипер стал на якорь, то к нему подошел на шлюпке и командир брандвахты и принес свои извинения. Такого объяснения было достаточно, и дело осталось без последствий.

Присутствие эскадры Попова внесло реальный вклад в безопасность порта Сан-Франциско от набегов каперов конфедератов. В начале Гражданской войны правительство Североамериканских Штатов послало один из своих броненосцев в Сан-Франциско для охраны его от нападения южан. Вскоре после прихода Тихоокеанской эскадры этот броненосец погиб, оставив, таким образом, город практически не защищенным, поскольку имеющиеся там береговые батареи были слишком слабы для оказания эффективного отпора. В связи с этим контр-адмирал Попов предписал командирам своих судов следующее. Если на рейде покажется какой-нибудь корсар, старший из присутствующих офицеров делает сигнал: «Приготовиться к бою и развести пары!» и одновременно посылает офицера на пришедшее судно, чтобы передать требование оставить рейд, а в случае отказа должен силой удалить его. Если же ворвавшийся корсар прямо откроет огонь, то старший на рейде делает сигнал: «Сняться с якоря по способности!», а сам, подойдя к пришедшему кораблю, требует прекращения военных действий, а в случае отказа немедленно атакует его.

Копия с этого предписания была отослана управляющему Морским министерством, который передал его вице-канцлеру Горчакову для отзыва. Тот ответил, что не может одобрить этого предписания, так как Россия должна держаться строго нейтралитета, о чем и было сообщено контр-адмиралу Попову.

8 марта 1864 г. вся эскадра выходила на 5 дней в море для артиллерийской стрельбы и возвратилась обратно в Сан-Франциско. 21 марта по получении тревожных известий из Китая корвет «Калевала» был послан в Гонолулу, чтобы в случае надобности он мог появиться в китайских водах, и в то же время быть вблизи эскадры. Корвет «Абрек» 8 марта отправился в Ситху, а корвет «Рында» пошел в южное полушарие для отвлечения внимания иностранных держав.

Весной 1864 г. в европейских и американских газетах появились воззвания французского капитана Маньяна к матросам российского флота польского происхождения. Капитан призывал их к службе на корсарских судах, вооруженных им для нападения на русские военные суда в Старом и Новом Свете, а также для пресечения нашей морской торговли.

Поэтому Краббе отдал распоряжение начальникам обеих эскадр принять соответствующие меры предосторожности, войти в непрерывные сношения по этому поводу с русским посланником в Вашингтоне и со всеми нашими консулами в Америке. Кроме того, послать в крейсерство вдоль берегов наши корабли и в случае появления корсаров принять самые решительные меры к их уничтожению.

Вскоре появились слухи, что в Ванкувере собирается много поляков, которые замышляют нападение на суда Русско-Американской компании на Аляске и северо-восточной части Тихого океана. Контр-адмирал Попов упомянул об этом в своем рапорте. Для проверки этих слухов корвету «Абрек» было приказано из Ситхи зайти в Ванкувер.