Командуя дивизией, Моро овладел несколькими важными крепостями в Бельгии, в том числе Менен, Ньюпор (Ньивпорт), Остенде, и приобрел известность как один из лучших дивизионных генералов революционной армии.

Среди этих славных побед ему пришлось пережить тяжелый удар судьбы — гибель отца, казненного якобинцами. Упавшего духом и впавшего в депрессию молодого генерала спасли от неминуемой расправы как «сына врага народа» его боевые заслуги, репутация убежденного патриота, а также заступничество командующего Северной армией генерала Ш. Пишегрю, находившегося в близких отношениях со многими вождями якобинцев. Последнему удалось ободрить своего подчиненного, вдохновить его на дальнейшее служение Революции и вернуть к прежней активной боевой деятельности.

В Голландском походе 1794 года Моро командовал правым крылом Северной армии, а после завоевания Голландии сменил Пишегрю на посту командующего армией. Был ему в то время 31 год.

В 1796 году Моро возглавил Рейнско-Мозельскую армию, которая в то время считалась главной армией Французской республики. Перед ним была поставлена задача во взаимодействии с Самбро-Мааской армией (генерал Ж. Журдан) разгромить австрийцев в Южной Германии и нанести удар в направлении Вены.

Перейдя Рейн, Моро вторгся в Германию, где одержал ряд побед над австрийскими войсками, но медлительность и чрезмерная осторожность в действиях не позволили ему в полной мере воспользоваться результатами своих побед. Австрийский главнокомандующий эрцгерцог Карл умело воспользовался разобщенностью действий французских армий, не объединенных единым командованием. Сосредоточив свои основные силы против Самбро-Мааской армии, он нанес ей поражение сначала при Амберге (22 августа), а затем при Вюрцбурге (3 сентября) и отбросил Журдана за Рейн. Под угрозой с левого фланга и тыла Моро был вынужден оставить Германию и также начать отступление за Рейн. Отступление это было проведено им в образцовом порядке. В ходе его Моро одержал победу при Биберахе, но потерпел неудачу под Эммендингеном, а затем вновь добился успеха при Шлингене.

В целом же кампания 1796 года в Германии оказалась для Франции неудачной, что вызвало резкое недовольство Директории. Не считая себя виновным в неудаче, обиженный Моро подал в отставку и получил ее. В то время, когда основные силы французской армии, действовавшие в Германии под командованием Моро и Журдана, потерпели поражение и вынуждены были перейти к обороне на Рейне, Итальянская армия генерала Наполеона Бонапарта, которая не рассматривалась Директорией как серьезная боевая сила и которой в силу ее ограниченных возможностей в кампании 1796 года отводилась лишь вспомогательная роль — отвлечь на себя часть сил противника, совершила непостижимое. Она не только нанесла австрийцам и их союзникам целый ряд тяжелых поражений, но и заставила австрийское командование перебросить в Италию своих лучших генералов и крупные силы с основного театра военных действий, а также завоевала почти всю Северную Италию.

На дымно-кровавом европейском небосклоне конца XVIII века взошла и засверкала ослепительным светом новая, неведомая до того звезда — звезда Наполеона Бонапарта. Буквально за считанные месяцы, в течение всего одной кампании, никому неизвестный 27-летний генерал Бонапарт (или как его тогда называли — Буонапарте) стремительно ворвался на авансцену истории и превратился в национального героя Франции, стал самым знаменитым полководцем Республики. В ярких лучах наполеоновской славы как-то сразу померкла слава самых знаменитых полководцев республиканской армии — Гоша, Пишегрю, Журдана и Моро.

Победоносно завершив Итальянскую кампанию 1797 года и принудив Австрию к заключению мира, Наполеон Бонапарт окончательно утвердил за собой статус «первой шпаги» Французской республики.

А Моро в это время прозябал в отставке. В 1798 году его снова пригласили на службу. Сначала он получил должность генерал-инспектора пехоты, а затем был назначен членом совета, занимавшегося стратегическим планированием. В начале 1799 года Директория направила его в Северную Италию заместителем командующего Итальянской армией генерала Б. Шерера, которого Моро вскоре заменил на посту командующего (апрель 1799 года).

Едва вступив в должность и не успев еще собрать свои войска, разбросанные на широком фронте прежним командующим, он был разбит А. В. Суворовым в сражении на реке Адда [15—17 (26) апреля 1799 года] и отступил в Пьемонт, а затем в Ривьеру.

Возглавляемые Суворовым союзные русско-австрийские войска в течение двух месяцев после начала кампании в Северной Италии заняли Ломбардию и Пьемонт. Когда Суворов с главными силами своей армии обратился против выдвигавшейся из Южной Италии французской армии генерала Ж. Макдональда, то Моро, воспользовавшись этим, разбил австрийский корпус генерала Г. Бельгарда при Казин-Гроссе (20 июня 1799 года) и освободил от осады Тортонскую цитадель. Но поддержать Макдональда, разбитого Суворовым на реке Треббия [6—8 (17—19) июня 1799 года], он не сумел и вновь был вынужден отступить в Ривьеру.

После этого Моро был заменен на посту командующего Итальянской армией генералом Б. Жубером, а сам получил назначение на должность командующего Рейнской армией. Прибыв в армию, Жубер попросил Моро задержаться на несколько дней с отъездом из Италии, чтобы помочь ему разобраться в обстановке и подготовиться к переходу в наступление.

4 (15) августа 1799 года произошло сражение при Нови, в самом начале которого Жубер был убит, и Моро вновь вступил в командование Итальянской армией. Французы в этом сражении потерпели сокрушительное поражение от Суворова.

Моро при Нови проявил большое мужество и отвагу, под ним были убиты 3 лошади, а сам он ранен, но остался в строю и ценой неимоверных усилий спас основные силы Итальянской армии от полного уничтожения.

Когда он прибыл во Францию, его репутация как полководца, несмотря на поражение, понесенное в Италии от Суворова, в общественном мнении не была поколеблена. Однако нового назначения после выздоровления Моро не получил (должность командующего Рейнской армией была уже занята другим генералом).

В 1799 году внутриполитическая обстановка во Франции была очень сложной. Авторитет Директории, возглавлявшей страну, упал до самого низкого уровня. В воздухе носилась идея государственного переворота с целью отстранения от власти опостылевшей всем Директории и установления нового, более прочного режима. Главным идеологом заговора против Директории был ее же член Э. Сийес. Уже в течение нескольких месяцев он искал «шпагу» (популярного генерала) для осуществления своего замысла. Такой генерал летом 1799 года им был найден — это был Жубер. Но его неожиданное назначение в Италию, срочный отъезд туда и последующая гибель там привели к отсрочке реализации плана Сийеса.

Он снова приступил к поискам кандидата на роль руководителя военного переворота. Однако его попытка привлечь на свою сторону Моро окончилась неудачей. Известный своими твердыми республиканскими убеждениями и далекий от политических амбиций Моро уклонился от предложенной ему роли. В то же время и Директория пыталась найти в нем опору для удержания своей власти. Но и ее постигла неудача.