В 1887 году команда выиграла любительский Кубок Западного Лондона (West London Amateur Cup) и сократила свое название до Fulham Excelsior. С 1891 года команда выступает под современным названием. Первоначально «Фулхэм» играл в белых футболках и трусах, позднее – в комбинированных футболках, одна половина которых была красной, вторая – белой. С 1903 года команда проводит домашние матчи в белых рубашках и черных шортах, но красный цвет, позаимствованный у «Арсенала», и сегодня остается резервным.

В 1896 году клуб переехал на собственный стадион «Крейвен Коттедж», расположенный на территории бывшего охотничьего угодья Анны Болейн (до этого команда арендовала для игр чужие поля). Первым соперником «дачников» на новой арене стал ныне несуществующий «Минерва ФК. 12.12.1898 клуб получил профессиональный статус и был принят во второй дивизион Южной лиги. 01.06.1905 клуб «Фулхэм», который тогда тренировал Харри Брэдшоу, стал членом английской Футбольной Лиги, а в кампании 1907/1908, после того как дважды выиграл чемпионат Южной лиги, был допущен во второй общенациональный дивизион. Свой первый лиговый матч команда провела 03.09.1907 и со счетом 0:1 проиграла клубу «Халл Сити», но уже во втором туре была одержана первая победа, причем, на поле соперника – 7 сентября со счетом 1:0 был повержен «Дерби Каунти».

Первым серьёзным успехом принято считать попадание «Фулхэма» в полуфинал Кубка Англии в сезоне 1907/1908 (поражение от «Ньюкасла» со счетом 0:6). В сезоне 1949/1950 команда впервые вышла в первый дивизион, в котором провела три сезона. После этого были вылет из элиты и новое возвращение в 1959 году, уже на целых девять лет. В 50-е и 60-е годы в составе «дачников» регулярно появлялись талантливые игроки, в том числе экс-капитан сборной Англии Джонни Хейнс (в его честь названа одна из трибун клубного стадиона), чемпион мира 1966 года Джордж Коэн, сэр Бобби Робсон (344 матча, 77 голов в 1950–1956, 1962–1967), Алан Маллери (провел 364 матча и забил 37 голов в 1958–1964, 1972–1976), Родни Марш, Аллан Кларк, но больших успехов клуб добиться не смог.

По итогам сезона 1967/1968 «Фулхэм» покинул высший английский дивизион на долгие 33 года. В это время «дачники» курсировали между вторым и третьим дивизионами, а в 1975 году под руководством Алека Стока добились наивысшего достижения в своей кубковой истории, дойдя до финала Кубка Англии, где проиграли «Вест Хэм Юнайтед» со счётом 0:2. Не помог даже легендарный Бобби Мур, в 1974–1977 проведший за «Фулхэм» 124 лиговых матча.

Через год состав команды пополнил Джордж Бест и в первом же матче поразил ворота «Бристоль Роверс». Всего в составе «Фулхэма» легендарный североирландский футболист в сезонах 1976/1977–1977/1978 провел 47 матчей и забил 10 голов. В 1994 году «Фулхэм» достиг низшей точки в своей истории – четвертого дивизиона.

В 1997 году «Фулхэм», который тогда играл в третьем дивизионе, приобрёл египетский миллиардер Мохаммед Аль-Файед. На пост главного тренера был приглашен французский тренер Жан Тигана, сменивший Кевина Кигана. В сезоне 2000/2001 Титане удалось вывести «Фулхэм» в чемпионы первого дивизиона и завоевать путёвку в Премьер-лигу (с тех пор клуб ее не покидал). Но добиться большего не удалось и вскоре Тигана коллектив покинул.

В сезоне 2008/2009 команда заняла 7-е место в Премьер-лиге и получила право представлять Англию в Лиге Европы УЕФА. 12.05.2010, в первом финале розыгрыша Лиги Европы, в упорной борьбе с мадридским «Атлетико» лондонцы, под руководством нынешнего наставника сборной Англии Роя Ходжсона, в дополнительное время уступили испанцам со счетом 1:2. В этом поединке за «Фулхэм» играли: Марк Шварцер, Пол Кончески, Аарон Хьюз, Крис Бейрд, Бреде Хангеланд, Дэнни Мерфи (капитан, Джонатан Грининг), Золтан Гера, Диксон Этуху, Дэмьен Дафф (Эрик Невланд), Саймон Дэвис, Бобби Замора (Клинт Дэмпси).

Летом 2013 года клуб за 200 миллионов фунтов купил 80-летний пакистанский миллиардер Шахид Хан, а по итогам сезона 2013/2014 он покинул Премьер-лигу.