Тучи гражданской войны, нависшие над страной, еще более сгустились. Дворянство успело оценить выгоды крепостного режима, расширившего их власть над крестьянством до невиданных ранее пределов. Но крестьяне не желали мириться с возмутительными новшествами. Справедливость, традиция и обычай были на их стороне. Право крестьянского перехода существовало веками. Отменив Юрьев день, дворяне преступили закон и справедливость. Мольбы и просьбы были бесполезны. Социальный взрыв давно назрел. И хотя Лжедмитрий I много обещал, но мало сделал, монархические иллюзии не покидали деревню. Если истинный царь, считали крестьяне, не дал им обещанной воли, то это значит, что ему помешали лихие бояре. Убиение царя от бояр служило лучшим тому доказательством. Царь стал жертвой той самой злой силы, от которой страдал и народ. Природные господа на поверку оказались государевыми изменниками.

Восстание против Василия Шуйского получило грозный размах по той причине, что в нем слились разнородные социальные потоки. В провинции многие служилые люди, не видевшие своими глазами убитого Отрепьева, поверили слухам о спасении законного государя. Поместное дворянство давно почувствовало свою силу и рвалось к рычагам власти. Лжедмитрий во время своего кратковременного царствования инстинктивно чувствовал это и афишировал свою особую заботу о «воинском чине». Он вызывал из уездов дворянских представителей, чтобы лучше знать их нужды, не жалел казны для служилых людей. Опасались, что с устранением «сына Грозного» продворянскому курсу придет конец. Таковы были причины самого широкого участия в антиправительственном мятеже служилых и ратных людей всей южной окраины от Путивля до Тулы и Рязани.

В Путивле мятежное войско возглавил мелкий помещик Истома Пашков, служивший прежде стрелецким сотником в Веневе неподалеку от Тулы. В Рязанщине выступил Прокофий Ляпунов. Дворяне, стрельцы, казаки, посадские люди стекались под знамена Пашкова и Ляпунова из разных уездов.

В Осколе восставшие убили преданного Шуйскому воеводу Бутурлина, в Борисове-городе – Сабурова. Из Ливен окольничий Шеин едва «утек душой и телом». В руках разрозненных повстанческих отрядов оказались Астрахань и некоторые другие поволжские города.

В июле 1606 года Москва напоминала вооруженный лагерь. Солдаты вкатывали на башни орудия и готовили крепость к осаде. Ежедневно в столицу прибывали отряды ратников. Власти пытались скрыть от народа правду насчет восстания, охватившего юг России. Царь Василий велел объявить, будто Москве угрожает нападение крымского хана. Но очень скоро столичное население узнало правду. Московский гарнизон готовился биться не с татарами, а с восставшим народом. 20 июля на улицах столицы появились новые подметные письма от «Дмитрия». Царские полки получили приказ подавить силой восстание в южных городах. Главным пунктом борьбы вскоре стала небольшая степная крепость Елец.

Подготовляя поход на Азов, Лжедмитрий отправил в Елец много пушек, запасы амуниции и продовольствия. Василий Шуйский пытался склонить восставший гарнизон на свою сторону. Марфа Нагая прислала в крепость брата, чтобы обличить самозванство убитого царя. Но уговоры не помогли. Тогда Шуйский послал к Ельцу воеводу Воротынского с ратью.

Движение в пользу «доброго Дмитрия» вновь возглавили жители Путивля. Понимая значение Ельца, путивляне собрали ополчение и направили его к осажденной крепости. Возглавил восстание Истома Пашков. Он окружил лагерь Воротынского, а затем наголову разбил его пятитысячную рать.

Между тем Путивль рассылал во все стороны гонцов. Призыв к восстанию не остался гласом вопиющего в пустыне. В Путивль прибыл с Украины атаман Иван Исаевич Болотников с большим отрядом запорожских казаков. Как и Истома Пашков, Болотников происходил из среды мелких детей боярских. Судьба послала ему много суровых испытаний. Нужда загнала его в кабалу на боярский двор. Но он не смирился с холопской долей и бежал к вольным казакам на дикое поле. Там счастье окончательно изменило ему. Татары захватили его в плен и продали на невольничьем рынке в Турции. Несколько лет Болотников плавал на турецких галерах, прикованный цепями к скамье. Гребцов-невольников выручили моряки из Западной Европы, захватившие галеру в бою. После скитаний Болотников попал к украинским казакам и сражался под польскими знаменами против турок в Венгрии. Казаки оценили храбрость и распорядительность недавнего невольника и выбрали его атаманом. После заключения мира с турками отряд Болотникова вернулся на Украину. По дороге атаман заехал в Самбор и виделся там с человеком, которого ему представили как спасшегося «царя Дмитрия». Обитатели самборского замка не прочь были возродить самозванческую интригу. Они дали приют Михаилу Молчанову и помогли ему мистифицировать Болотникова. Мнимый Дмитрий снабдил атамана письмами на имя Шаховского и запечатал их печатью, украденной из кремлевского дворца.

К началу осени Болотников с запорожцами добрался до Путивля. Жители заставляли его вновь и вновь рассказывать о свидании с «добрым Дмитрием» в Польше. Восстание получило новый мощный импульс. Посадские люди провозгласили Болотникова «большим воеводой». Костяк его армии составляли люди, не обученные военному делу, но одушевленные идеей борьбы за справедливость. Из Путивля повстанческая армия выступила через Комарицкую волость к Кромам. Многие крестьяне, наспех вооружившись дубинами и топорами, последовали за атаманом.

Армии Болотникова еще предстояло приобрести боевой опыт. Пока же она терпела неудачи в стычках с царскими воеводами. Защитники Кром признали власть Дмитрия, и у стен города немедленно появились правительственные войска. Болотников пытался прорваться на помощь восставшим. Оба войска бились с ожесточением, пролилось много крови. Исход боя оставался неопределенным. Но в царской армии нарастал разброд. Новгородские и псковские дворяне потянулись в родные края. Воевод обескуражил разгром Воротынского у стен Ельца. Опасаясь завязнуть под Кромами на всю осень, бояре отступили к Орлу. Но там вскоре обнаружилась «шатость». Восстание в Орле привело к окончательному распаду рати. Не встречая более сопротивления, Болотников предпринял наступление на Калугу. Царь Василий выслал навстречу ему своего брата Ивана Шуйского с полками и артиллерией. 23 сентября 1606 года Иван Шуйский дал бой повстанцам и помешал им переправиться за реку Угру. Войско Болотникова потеряло много людей. Но царские воеводы не сумели использовать свой успех. Повстанцы снеслись с калужанами. В приокских городах «стала смута», и Ивану Шуйскому пришлось отступить к Москве.

После остановки в Серпухове Болотников предпринял наступление на Москву, но был разгромлен воеводой Скопиным-Шуйским на реке Пахре.

Дворянское войско одерживало верх над болотниковцами. Но моральный перевес был на стороне восставших. Невзирая на то, что наступила глубокая осень и дороги покрылись непролазной грязью, воины Болотникова продвигались вперед. Они вновь и вновь вступали в бой с хорошо вооруженной дворянской конницей. Неудачи следовали одна за другой, но после каждой неудачи Болотников делал новый бросок к Москве. Будучи принужден отступить с поля боя, он не опускал рук, но действовал с удесятеренной энергией, приводил в порядок свою расстроенную рать, формировал новые отряды.