Поражение под Москвой не сломило повстанцев. В Калуге вокруг Болотникова собрались новые силы. Болотниковцы успели укрепить Калугу. Они вбили частокол по всему валу, вычистили рвы у стен крепости. Дмитрию Шуйскому не удалось ворваться в Калугу. Более того, он потерпел сокрушительное поражение от Болотникова в двухдневном сражении 11–12 декабря. Спустя несколько дней к Калуге подошел Иван Шуйский, возобновивший осаду города. Привезенная из Москвы тяжелая артиллерия бомбардировала деревянную крепость днем и ночью. Царские ратники засыпали ров и придвинули вплотную к стенам «примет» из хвороста и дров. Болотниковцы прорыли под землею галерею и взорвали на воздух «примет» с находившимися там воинами. В стане братьев Шуйских началась страшная паника. Смелая вылазка из крепости довершила успех восставших. В руки Болотникова попала вся осадная артиллерия и много добычи.

Еще при жизни Лжедмитрия I «царевич» Петр объединил повстанческие отряды в Нижнем Поволжье и возглавил поход на Москву. Узнав о гибели «государя», Петр укрылся «в поле» у донских казаков. Весть об осаде Москвы Болотниковым придала новые силы повстанческому движению на южных окраинах государства. «Царевич» Петр привел в Путивль около четырех тысяч вольных казаков, беглых холопов и крестьян. Слияние главных очагов движения привело к тому, что пожар гражданской войны запылал с новой силой.

В Путивле князю Григорию Шаховскому пришлось уступить руководство казачьему кругу, образовавшемуся подле самозваного царевича Петра. Путивль стал подлинной голгофой для дворян. Прежде их содержали там под стражей в ожидании суда «истинного» Дмитрия. Теперь их казнили именем «истинного» Петра.

Власти Путивля искали помощь повсюду, где только возможно. В путивльском лагере появился Иван Сторовский с литовскими воинскими людьми. Двое ротмистров взялись за формирование польских рот в помощь русским повстанцам.

Между тем царь Василий Шуйский безуспешно пытался завоевать симпатии столичного населения. Сначала он потревожил прах Дмитрия Углицкого. Потом в ход пошли трупы Годуновых. По решению думы и духовенства их извлекли из ямы в ограде убогого Варсонофьева монастыря и отправили для торжественного захоронения в Троице-Сергиев монастырь. Двадцать троицких монахов пронесли их останки по улицам столицы. В траурной процессии участвовали бояре. Они отдали последний долг свергнутой династии. Ксения Годунова, облаченная в черное монашеское платье, шла за гробом отца, рыдая и громко жалуясь на свою несчастную судьбу. Затея имела определенный политический смысл. Обличение злодейства «Дмитрия» укрепляло позиции нового царя.

В обстановке гражданской войны правящие верхи волейневолей должны были объединиться вокруг трона. Бояре вызвали из Старицы низложенного Иова и 16 февраля 1607 года передали на рассмотрение двух патриархов и священного собора утвержденную грамоту об избрании на трон Василия Шуйского. Составители грамоты взялись доказать, что Василий Шуйский был таким же законно избранным царем, как Борис и Федор Годуновы, тогда как Лжедмитрий завладел троном как узурпатор и самозванец.

20 февраля 1607 года бояре собрали на Красной площади весь столичный народ – «из сотен и слобод посадских и мастеровых и прочих людей мужского пола». Гости и торговые люди были затем приглашены в Кремль, в Успенский собор. После богослужения представители посада просили прощения у патриарха Иова за то, что некогда «всем миром» низложили его. Иов отпустил посаду «грех» восстания против Годуновых и заклинал не нарушать верности новому самодержцу.

В дни осады Болотникова в Калуге царь Василий издал указ о продлении срока сыска беглых крепостных крестьян до пятнадцати лет. Землевладельцы с энтузиазмом приветствовали такую меру. Сознавая силу восставших, Шуйский пытался расколоть их ряды. Его указ от 7 марта 1607 года обещал свободу тем «добровольным» холопам, которых господа закабалили насильно.

Пока восставшие использовали имя доброго царя как лозунг, их руки были развязаны. С появлением «царевича» Петра ситуация стала меняться. Ко двору мнимого царевича потянулись титулованные авантюристы. По иронии судьбы главным боярином нового самозванца стал боярин князь Андрей Телятевский, которому Болотников служил некогда в качестве холопа. Восстание застало Телятевского на воеводстве в Чернигове, и выбирать ему не приходилось.

Из Путивля «царевич» Петр перешел в Тулу. Воротынский был послан в Тулу, чтобы захватить самозванца. Но на его пути встал боярин Телятевский, и знатный воевода едва унес ноги. Возглавив отряд донских и запорожских казаков, Телятевский пошел на выручку к осажденной Калуге. Истома Пашков пытался остановить его. Сражаясь в рядах повстанцев, веневский сотник не знал поражений. Под Калугой Пашков был разгромлен наголову и позорно бежал с поля боя. Болотников использовал победу Телятевского. Он предпринял вылазку из Калуги и вынудил к отступлению братьев царя.

Телятевский не пошел в Калугу на соединение со своим бывшим холопом, а поспешно возвратился в Тулу. Туда же под защиту каменного кремля перешел со своим поредевшим войском и Болотников.

В мае 1607 года Шуйский, собрав огромную рать, лично возглавил поход на Тулу. Четыре месяца повстанцы успешно обороняли город, совершали дерзкие вылазки и громили дворян. Осаждавшие не могли взять Тулу силой. Тогда они выстроили запруду на реке Упе и затопили осажденный город. Среди бояр «царевича» Петра начался разброд. Восставшие упрятали в тюрьму Григория Шаховского. Болотников убеждал население не сдавать крепость до последней возможности. «Если вам нечем будет питаться, – говорил он тулякам, – я отдам вам на съедение свой труп». Но положение в городе становилось все более отчаянным. Запасы продовольствия, уцелевшие после наводнения, были съедены. Смерть принялась косить войска и население.

Чтобы спасти жизнь уцелевшим ратным людям, Болотников решил прекратить сопротивление. Шуйский клятвенно обещал не причинять вреда сдавшимся тульским сидельцам.

10 октября 1607 года Тула открыла ворота перед царскими воеводами. Василий Шуйский распустил пленных по домам. Однако многие из повстанцев были удержаны в его лагере, а затем разосланы в заточение по городам. «Царевича» Петра увезли в Москву и там казнили, а Болотникова отправили в ссылку в Каргополь. В пути дворяне грозили пленнику тем, что закуют его в цепи и затравят. Тот гордо отвечал: «Я скоро вас самих буду заковывать и в медвежью шкуру зашивать». Что касается его отношения к «доброму» царю Дмитрию, оно претерпело перемены. В течение многих месяцев Болотников обращался с настойчивыми призывами о помощи к тому, кто вручил ему командование повстанческой армией. В Туле он понял наконец, что мнимый Дмитрий бросил его на произвол судьбы. И Болотников признал всенародно, что не может сказать точно, истинный или мнимый царь тот человек, которому он присягнул в Самборе.

Дворянам Болотников внушал страх даже в заточении. В итоге царь Василий приказал сначала ослепить его, а несколько позже – «посадить в воду».

Властям удалось удержать от выступления столичный посад. В стороне от восстания остались Новгород Великий, Казань, Смоленск и некоторые другие крупные города.

В нижегородской округе от царя Василия Шуйского отпали лишь небольшие города Арзамас, Алатырь, Свияжск и Муром. В составе повстанческих отрядов там сражались дворяне, боярские холопы, казаки, мордва и черемисы. Все свои усилия они направили на то, чтобы овладеть центром края – Нижним Новгородом. Повстанцы окружили город со всех сторон. Людей, пытавшихся проникнуть в крепость либо покинуть ее, они захватывали и отправляли на расправу в Путивль.