В ответ на это Толстой пишет Ушакову: «Государь мой Андрей Иванович! Присланные от вас пункты Его Императорское Величество изволил подписать, которые при сем прилагаю, и ваша милость изволит чинить по оной резолюции; о бабушке изволил говорить: буде Королек с третьей пытки с ней не заговорит, то де можно и оную попытать, и того ради на оный пункт изволил подписать, чтоб розыскивать. Об Акулине для того не изволил ничего подписать, что можете и вы окончать, чего будет надлежать; чтоб дело сие отдать в Преображенский приказ, я докладывал, на что изволил сказать, чтоб вы при себе окончили только самую важность; по делу Лебедкину и, буде коснется до Резанского, чтоб и то также при вас окончать; и Королькова дело вам же надлежит окончать; а Левина и других, кого он оговорил, когда уже важности не будет, отослать в Преображенский приказ. Однако же о том ныне письма ко князю Ивану Федоровичу послать не изволил, и без письма, чаю, он не примет; и ваша милость изволь трудиться, как можно скорейше оные дела оканчивать; буде же увидишь, что будут продолжаться, то изволь ко мне писать, чтоб вам и Петербургских дел не упустить. Покорный слуга Петр Толстой, из Коломны мая 16 дня 1722 года».

При письме этом Толстой прилагал и самый «экстракт» с написанными на нем своеручными резолюциями Петра; против первого пункта Петр написал: «на Пензе», против второго — «следовать и смотреть, дабы напрасно кому не пострадать, понеже сей плут глупый временем мешается»; против третьего — «то же что и Левину»; против четвертого — «когда важное касаться будет, тогда Сенату придти в Синод и там допрашивать и следовать, чему подлежит»; против пятого пункта стоит резолюция: «розыскивать»; шестой, седьмой и восьмой пункты остались без резолюции.

Из всего вышеизложенного видно, что Петр и здесь, как и при присутствии своем в Тайной канцелярии, слушал подносимые экстракты по делам и ставил свои резолюции; в разговоре точнее выяснялся смысл и значение некоторых кратких резолюций; тут же давались указания по вопросам, возникавшим у министров при ведении некоторых дел; все это в совокупности производит впечатление близкого вмешательства и руководства царя делами Тайной канцелярии даже при его отъездах из Санкт-Петербурга. Кроме того, иногда Петр давал указания и общего характера; например: «Его Величество изволил рассуждать, что с раскольниками, которые в своей противности зело замерзли, надобно поступать вельми осторожно, гражданским судом». Бывало, что по прошествии некоторого времени Петр изменял свои резолюции и тогда об этом сообщал «министрам»; например, в одном письме к Ушакову Петр делает следующий постскриптум: «…ежели вологоцкому попу экзекуция не учинена, то обожди ею, пока увидимся со мною». Экзекуция эта — смертная казнь — была постановлена по резолюции самого Петра. Также Петр изменил свою резолюцию о фискале Санине, сначала решив его казнить, а потом велел даже колесовать.

Нередко Петр передавал эти указы через третьих лиц; чаще всего это делалось через кабинет-секретаря Макарова; который обычно писал кому-либо из канцелярских министров, в большинстве случаев — при передаче дел в Тайную канцелярию. «Благородный господин бригадир и майор от гвардии! — писал Макаров Ушакову в феврале 1720 года. — Царское величество указал отослать к Вам раскольщика дьякона Александра и с его доношением, которое он подал Его Царскому Величеству; а что оный расколыдик в допросе сказал, тому записка при сем також прилагается; и оного колодника изволите приказать посадить в город; а что с ним надобно делать, о том я Вам донесу сам. Слуга Ваш моего государя А. Макаров». Такие письма далеко не редкость в делах Тайной канцелярии; вот еще пример: в 1722 году 21 апреля Макаров адресует Ушакову письмо, при котором препровождает человека, сказавшего за собой «государево слово», по указу Петра, в Тайную канцелярию, и в конце этого письма пишет: «…хотя то дело Его Императорское Величество изволит считать за неважное, однако… надобно сыскать и допросить в том, в каком случае он такие слова говорит». Но бывало, что Макаров устно в Тайной канцелярии объявлял указы Петра, которые тогда за подписями министров записывались в канцелярскую указную книгу. Иногда передавали указы Петра о принятии дела в Тайную канцелярию и другие лица (например, Румянцев).

Время от времени Петр давал указы собственноручными записками, наскоро набросанными. «Дьякона пытать, — писал Петр в феврале 1720 года в Тайную канцелярию, — к кому он сюда приехал и приставал и кого здесь знает своего мнения потаенных; а по важных пытках послать с добрым офицером и солдаты от гвардии в Нижний и там казнить за его воровство, что мимо выбранного старца воровски учинил. Другого, Иону, пытать до обращения или до смерти, ежели чего к розыску не явится». Мы видим, что тут не простая резолюция, а в кратких чертах намечен весь ход розыска со включением условно и приговора.

Подводя итог всему вышеизложенному, нельзя не прийти к заключению о существовании тесной связи, которая, видимо, никогда не прекращалась, между императором и Тайной канцелярией. Если Петр был в Петербурге, то он раз в неделю в подробном докладе обстоятельно выслушивал в Тайной канцелярии доклады о ее делах, сам иногда просматривал следственный материал, даже принимал в следствии личное участие. Если его не бывало в Санкт-Петербурге, то он все-таки слушал присылаемые ему экстракты по делам в докладе кого-либо из министров и также подробно входил в дела. Насколько вообще Петр входил в дело, видно уже из того, что Тайная канцелярия иногда подготавливала только материал, а уже «что чинить» решал сам Петр, как бы в таких случаях вступавший в роль настоящего ее начальника, а не только играя роль высшей санкционирующей власти. Конечно, подобного рода роль Петра проявлялась только в особо важных делах, однако и в производстве более мелких дел Петр иногда принимал участие.

Словом, Тайная канцелярия работала не только под непосредственным контролем царя, но и при непосредственном его участии; другой вопрос, насколько все это гарантировало правильность и законность ее действия, насколько даже и при таком способе Петр мог ручаться за отсутствие злоупотреблений.

При таком тесном общении Петра с Тайной канцелярией и явном стремлении того времени каждое слово царя приравнивать юридически к именному указу понятно, что способы закрепления всех даваемых Петром инструкций были различными. Конечно, если указ Петр писал собственноручно, хотя бы на клочке бумаги в виде нескольких отрывочных фраз, или на экстракте, в виде повелительных отдельных выражений, или в виде письма к одному из министров — то вопрос закрепления разрешался сравнительно просто: сохранялся подлинник, или в указную книгу вносили точную копию за рукой министра. Сложнее дело обстояло с изустными указаниями.

Если мы внимательно рассмотрим указные книги Тайной канцелярии — книги, на обложке и корешке которых значится: «Именные указы», то, во-первых, натолкнемся на указы, заранее по известной форме заготовленные, которые только подписывались собственноручно Петром. Сила и значение таких указов, конечно, совершенно несомненны; такой вид является наиболее как бы правильным типом указа; но в одной из указных книг вслед за целым рядом таких указов идет приписка: «Отселе вниз указы вошли за руками Тайной Канцелярии министров». Из этого видно, что указы Петра еще могли записываться и закрепляться как бы в их правильности руками министров Тайной канцелярии. Кроме того, в этой же книге встречаются указы, кем-либо «объявляемые» от имени императора, причем объявляющий министр канцелярии обычно и подписывал указ с такой, например, прибавкой: «Сей Его Царского Величества указ в Тайной Канцелярии объявил я, Иван Бутурлин».