4 июня 1944 г. в воздушном бою был сбит и тяжело раненным попал в плен. Освобожден весной 1945 г. Продолжил службу в должности заместителя командира 254-й иад, подполковник.

3 сентября 1949 г. по статье 58 пункт 1 «б» постановлением ОСО осужден на 10 лет ИТЛ за выдачу противнику секретных сведений во время пребывания в плену. Лишен звания Героя Советского Союза 09.05.1950 г. Амнистирован в 1954 г. С того же года в запасе. Жил в г. Ижевске. Восстановлен в звании Героя Советского Союза 04.01.1955 г. Реабилитирован Главной военной прокуратурой 23 октября 2002 г.

Награжден 2 орденами Ленина (17.06.1943, 02.09.1943), орденами Красного Знамени (21.01.1944), Красной Звезды (1957), медалями, в т. ч. «За оборону Москвы», «За оборону Севастополя», «За оборону Кавказа».

Нелегким было начало жизненного пути Василия Меркушева. Оно совпало с Гражданской войной. Отец ушел в партизаны. Однажды, когда он тайком пришел в село повидаться с семьей, его схватили белогвардейцы и расстреляли. Чтобы выжить, с сестрой Шурой ходил с сумой по селам — побирался. С 12 лет начал батрачить у зажиточного мужика, терпел побои. Когда в селе открыли избу-читальню, у него проснулась тяга к знаниям. В 14 лет приняли в комсомол, а в 15 бросил гнуть спину на богатея.

Работал лесорубом. Весной сплавлял лес по Кильмези. Затем стал студентом советско-партийной школы.

Инициативного, энергичного, умеющего вовлекать и вести за собой вожака комсомольцы Ижевска избирают секретарем горкома. По особому набору в числе 22 человек он был направлен на учебу в военную школу пилотов. Учился в Ленинграде, а затем в Одессе. Служил в строевых частях на Украине.

Как один из лучших летчиков соединения был в числе делегатов Украины на VIII Чрезвычайном съезде Советов в ноябре 1936 г.

Начало войны застало Василия Меркушева слушателем Военно-политической академии. На третий день войны он приступил к исполнению обязанностей комиссара одного из вновь формируемых полков МиГ-1. С восьмым, 247-м иап улетел на фронт. В августе 1941 г. полк вступил в ожесточенные бои с врагом. Первые бои шли на ощупь. Техникой пилотирования Меркушев владел, но боевого опыта не было. Летчик вспоминал: «Первые бои с Me-109 были тяжелыми. Летали на задания парадным строем на одной высоте, а противника не видели до тех пор, пока они не открывали огонь. Летчики стреляли, а «мессеру» хоть бы что: кружит и кружит, не достать, казалось, не берет его пуля».

Как-то два звена наших самолетов встретили больше двадцати «юнкерсов» под прикрытием Ме-109. Одно звено пошло на бомбардировщиков, а Меркушев вдвоем принял бой с истребителями. Пришлось туговато, но одного «юнкерса» группа завалила.

13 сентября 1941 г. летчики, которых вел в бой старший политрук Меркушев, при штурмовке передовой линии обороны были атакованы немецкими истребителями Me-109. В групповом воздушном бою наши летчики сбили два Me-109. В тот же день, отражая атаки истребителей, комиссар открыл и личный боевой счет, сбив два Me-109.

На вооружении полка состояли самолеты ЛаГГ-3, которые легко зажигались, и Меркушеву пришлось испытать это на себе. 1 октября 1941 г. он ходил по заданию командующего ВВС 51-й армией генерала Судец на разведку: отыскивать наш стрелковый корпус. Его охраняла четверка. Четыре раза они летали. При возвращении после шестого боевого вылета за день недалеко от Сиваша, в 70 км, пересекли по маршруту немецкую танковую колонну. При обстреле снаряд вражеской зенитки разбил мотор самолета, его правое крыло загорелось. Сам летчик был ранен в руку. Дотянул до Сиваша. Решил садиться на воду: можно было потушить пожар и спасти машину. Когда от суши оторвался, самолет подболтнуло и плоскость переломилась пополам. Самолет перевернулся — и упал на середине Сиваша в воду. До немецкого берега 1,5 км. Летчик был в закрытой кабине, но успел ее открыть, расстегнуть ремни и вынырнуть.

За его посадкой наблюдали с обеих сторон фронта. С немецкой стороны к берегу устремились два мотоциклиста. Над головой пилота просвистели пули. Хвост самолета чуть-чуть торчит из воды, как гребешок. Держась за стабилизатор, летчик разделся, одежду к нему прикрепил. Рядом — буль-буль-буль. Это продолжают немцы бить. Наши артиллеристы оказались на высоте и двумя выстрелами уничтожили их. Машут флажками, показывают, куда лучше плыть. Ночью сплавали за одеждой. Утром Меркушев пришел на свой аэродром. Там митинг: «Наш комиссар… геройски… Не забудем, товарищи! Отомстим!»

11 октября Меркушев возвращался с задания и увидел «Хейнкель-111», который шел без прикрытия в наш тыл на разведку. Комиссар не стал торопиться: «Забрался повыше, примерно на 1000 м. Убедился, что никто не преследует. Взял угол пикирования, так и пошел на него. Скорости у меня было достаточно. Шел, как по наземной мишени, под одним углом. Когда метров на 400 приблизился, открыл огонь. Долго держал гашетку. Вижу, от «хейнкеля» ничего уже не осталось. Он развалился, падая осколками на землю».

Весной 1942 г. комиссар отличился в районе Знаменки — стратегически важного железнодорожного узла. Болея малярией, он оставался на боевом посту.

9 мая 1942 г. во время очередного боевого вылета Меркушев был неожиданно атакован Me-109, но вовремя заметил атаку, скользнул и перевернулся через крыло. Немец набрал высоту и снова пошел в атаку. Меркушев пошел на боевой разворот. Из-за густых облаков появился Me-109. Самолеты стремительно сближались, но в последнюю секунду немецкий пилот круто взмыл вверх. Меркушев успел нажать на гашетки. Немецкий ас успел выпрыгнуть из горящего самолета, который упал у блиндажа командующего армией. Пилот, а им оказался кавалер Рыцарского Железного креста Герман Норке, был пленен.

Через два часа после этого боя Меркушев пошел на сопровождение штурмовиков, которые атаковали танковую колонну. Шесть ЛаГГ-3 с ходу атаковали свыше двадцати Me-109. Минут десять кружились в карусели. Одного из Me-109 поджег старший лейтенант Базаров. За другим, не выдержавшим и отвалившим из круга, устремился лейтенант Смагин и сбил его. В азарте погони летчик не заметил, как три Me-109 зашли ему в хвост и взяли в клещи. Летчик к тому времени расстрелял все патроны и решил было пойти на таран, но на помощь ему пришел Меркушев.

«Держись, брат! Атакую твоих конвоиров», — передал Меркушев и сразил того, что шел сзади.

В третьем боевом вылете за этот день, отражая налет бомбардировщиков, группа ЛаГГов (Меркушев, Смагин, Базаров, Шупин, Ветерок, Лажипин) в течение 50 минут вела с ними и сопровождавшими их истребителями бой. Лейтенант Буряк сбил Me-109, летчик с которого выпрыгнул на парашюте и был взят в плен.

С 7 по 13 мая 1942 г. подразделение Меркушева в воздушных боях сбило семь Me-109 и два Ю-87, а потеряло всего один самолет.

За отличную боевую работу на Крымском фронте и восемь лично сбитых самолетов противника комиссар Меркушев был награжден орденом Ленина. С сентября 1942 г. он участвовал в боях на Закавказском фронте, а в январе 1943 г. его назначили заместителем командира авиаполка по политчасти.