В лагере заключенный написал несколько писем на имя К.Е. Ворошилова и И.В. Сталина. В одном из них Меркушев признавался: «Мне неописуемо тяжело оттого, что я поставлен в ряды изменников, трусов и маловеров. Прошу освободить меня от незаслуженного позора и дать мне свободу… Я чист душой. Вот моя правда. Если нет мне больше доверия, прошу меня расстрелять…».

Первого июня 1954 г. заключенный Меркушев был амнистирован. В общей сложности он пробыл в тюрьме и ИТЛ 5 лет 4 месяца и 8 дней. Приехал в родной Ижевск и стал добиваться справедливости.

В 1957 г. 8-е управление Генштаба МО СССР посчитало, что «сведения, полученные немцами от Меркушева, не представляют никакой ценности…». Его восстановили в звании Героя Советского Союза, правах на другие награды, вручили орден Красной Звезды за выслугу лет, в военном билете сделали запись «подполковник запаса». Но судимость так с него и не была снята.

В 1966 г. выдали вновь настоящую Золотую Звезду Героя, правда с надписью «дубликат» на обороте. До этого он носил муляж.

Чуть тяжеловатый на шаг, поседевший, рука крепкая, теплая, у виска давний шрам — таким запомнили его родные и близкие. Последние годы своей жизни Меркушев провел в инвалидной коляске — он был парализован. Честное имя воина постепенно возвращалось из небытия: в 1970 г. вышла книга «В воздухе — Меркушев». Не забывали его и следопыты, краеведы.

Не прожив и 65 лет, Герой умер и был с воинскими почестями торжественно захоронен на Хохряковском кладбище г. Ижевска.

В 2002 г. в рамках Закона «О реабилитации жертв политических репрессий» Главная военная прокуратура приняла решение о полной реабилитации Василия Афанасьевича Меркушева.

Список воздушных побед BA. Меркушева

Дата боя Тип сбитого самолета Район падения 13.09.41 2 Me-109 (в группе) Армянск 11.10.41 1 Хе-113 Совх. «Красный Перекоп» 28.10.41 1 Me-109 Джуричи 17.01.42 1 Ю-88 М. Мама Русская 09.05.42 1 Me-109 Балка Песчаная 09.05.42 1 Me-109 Черная Балка 11.05.42 1 Ю-88 М. Казантин 19.07.42 1 Me-109 Ермаковская 07.07.43 1 ФВ-190 Яковлево 09.07.43 1 Хе-113 Терновка 25.07.43 1 Me-109 Юго-зап. Калинино 03.08.43 1 ФВ-190 Покровка 06.08.43 1 Me-109 Вост. Архангельское 08.08.43 1 Ме-110 Алисовка 08.08.43 1 Me-109 Дементеевка 06.09.43 1 Me-109 Крестище 07.10.43 1 Me-109 Сошня-2 20.10.43 1 Ю-87 Желтое-Яковлевка 20.10.43 1 Me-109 Зеленое 07.12.43 1 Me-109 Аджамка 31.05.44 1 ФВ-190 Вултуру 04.06.44 1 ФВ-190 Район г. Яссы

Всего сбитых самолетов — 25 (лично)