По праздникам подданные ударяли челом государю многочисленными подарками, в основном серебряными кубками и деньгами, и в ответ получали царское угощение — калачи, вино и пр. На прием к Алексею Михайловичу, любившему общение с людьми в самых разных формах, с поздравительным челобитьем стремились все. Русские современники оставили меньше письменных отзывов о нем, чем иноземцы, но они практически сходятся в оценках. Даже Григорий Котошихин, бежавший из страны и сделавший для шведов нелицеприятное описание русского общества, о царе высказался довольно аккуратно: «Гораздо тихий». Определение «тихий» выступает антитезой «грозному». В понятие царской «грозности» входило не только негативное, но и позитивное начало, так как государь, по представлениям народа, и должен быть грозным по отношению к врагам, сильным и суровым, чтобы защитить народ. Сам же Алексей Михайлович называл Богородицу «грозным воеводой»! «Грозными» именовали летописцы и Александра Невского, и Ивана III, но закрепилось это прозвище в истории только за Иваном IV, ставшим «грозой» не столько для чужих, сколько для своих; следовательно, негативная составляющая в этом именовании перевешивала позитивную. Известный историк С. Ф. Платонов справедливо подчеркивал, что царь был тих не умом, а добротой. Определение «тишайший» можно смело заменить определением «добрейший». Именно доброту царя Алексея и подчеркивали подданные, побывавшие у него на приеме с поздравительным челобитьем.

Трудно переоценить значение, которое имела Церковь в Древнерусском государстве. Перенятая у Византии симфония, подразумевающая нерасторжимый союз властей светских и церковных, предопределяла их теснейшую связь. Московские государи в XVII веке крепили ее всеми возможными способами. Волею судеб отец первого царя из дома Романовых стал патриархом, что наложило особый отпечаток на взаимоотношения Церкви и государства. После Смуты авторитет царской власти был сильно поколеблен «узурпатором» Борисом Годуновым, самозванцем Лжедмитрием I, непопулярным Василием Шуйским; авторитет же Церкви, напротив, был чрезвычайно высок. Избранному царю требовалась каждодневная поддержка предстоятеля и архиереев, чтобы утвердиться на престоле, с целью ликвидации последствий Смуты проводить непопулярные меры (введение чрезвычайного налога — «пятинной деньги» и пр.). Похоже, что и в личном плане такая поддержка была жизненно необходима молодому и не уверенному в себе Михаилу Федоровичу, с радостью уступившему патриарху первенство в управлении страной.

Теперь царь в письмах обращался к Филарету официально. «Честнейшему и всесвятейшему о Бозе отцу отцем и учителю православных велений, истинному столпу благочестия, недремательну оку церковному благолепию, евангельской проповеди рачителю изрядному и достохвалному, преж убо по плоти благородному нашему отцу, ныне ж по превосходящему херувимскаго Владыки со ангелы равностоятелю и ходатаю ко всемогущему и вся содержащему, в Троице славимому Богу нашему, и того повеления и человеколюбия на нас проливающу великому господину и государю, святейшему Филарету Никитичю, Божьею милостию патриарху Московскому и всеа Русии, сын ваш, царь и великий князь Михайло Федорович всеа Русии, равноангильному вашему лицу сердечными очыма и главою, целуя вашего святительства руку и касаяся стопам вашего преподобия, челом бью» — это начало самого первого послания, написанного 25 августа 1619 года по дороге в Макарьев монастырь на Унже, куда Михаил Федорович поехал по обету на богомолье с матушкой. Старица Марфа также послала грамоту с дороги. Из сравнения этих двух посланий видно, что обращение царя к отцу-патриарху повторяет обращение его матери. И тот и другая первым делом подчеркивают дистанцию, которая теперь разделяет родственников: Михаил Федорович пишет, что Филарет — «преж убо по плоти благородный наш отец», а старица Марфа адресует письмо «преж убо по сочетанию законного брака свету очию моею государю и супругу». Скорее всего, послание царя было составлено под диктовку матери. Конечно, высокопарный стиль обращений царя к патриарху определяется поведенческим каноном, саном того и другого. Но в частных письмах царь вполне мог ограничиваться обращением «драгий отче и государь мой», а не употреблять напыщенные определения и метафоры. Видимо, авторитет сильной и жесткой личности Филарета определял дистанцию, которую держали его родные при общении с ним.

Патриарх вершил церковные дела смело и решительно, лишь изредка прибегая к помощи и благословению предстоятелей вселенских — Константинопольского, Иерусалимского и Антиохийского. Так, например, иерусалимский патриарх Феофан приезжал в Москву на избрание Филарета в 1619 году и подписал специальную Ставленую грамоту, хотя и без его участия выбор был бы легитимен. Филарет добился, чтобы его «стольники» в правах на поместья были приравнены к служилым людям государя, подчеркивая тем самым свой статус второго государя. При нем симфония властей достигла апогея. Наконец, он потребовал называть себя не только по имени, но и по отчеству, что никогда не практиковалось по отношению к церковным иерархам. Словосочетание «патриарх Филарет Никитич» в XVII столетии наверняка резало слух.

При Алексее Михайловиче отношения светской и церковной властей прошли разные стадии, от определенного противостояния при патриархе Иосифе до полного подчинения первой и главенства второй при патриархе Никоне — правда, недолгого, до 1658 года, когда Никон покинул кафедру; затем наступил период, когда царь взял на себя управление церковными делами.

В первые семь лет царствования Алексей опирался в основном не на патриарха Иосифа, а на своего духовника, протопопа Благовещенского собора Стефана Вонифатьева. Шестнадцатилетний государь, только что потерявший отца, не нашел взаимопонимания с престарелым патриархом, не сумевшим, по-видимому, заручиться его доверием. Иосиф сильно отличался от того образа предстоятеля, который закрепился в сознании москвичей благодаря суровому и решительному Филарету. Возвышение Иосифа можно считать случайным. С 1639 года он был архимандритом Симонова монастыря и мог бы остаться им до конца жизни, если бы в 1642 году не была вытянута бумажка с его именем. Это были первые выборы патриарха по жребию. Сначала царь собственноручно написал имена шестерых иерархов, запечатал каждую записку своей печатью и отправил на церковный собор. Их в два приема по три штуки закладывали в наперсную икону-панагию, которую носили предыдущие патриархи, клали ее перед иконой Владимирской Божией Матери, совершали молебен и затем вынимали одну из трех бумажек; в третий раз вытянули один из двух оставшихся жребиев и, не распечатывая, отправили царю, который и огласил имя нового патриарха.

Камнем преткновения между Алексеем Михайловичем и патриархом Иосифом стал вопрос об отмене церковного многогласия. Кружок «ревнителей Древлего благочестия», возглавляемый Стефаном Вонифатьевым, в который помимо царя входили архимандрит Новоспасского монастыря Никон, епископ Коломенский Павел, настоятель Казанского собора на Красной площади Иван Неронов, протопопы Аввакум, Логгин, Лазарь и Даниил, а также окольничий Федор Михайлович Ртищев, боролся за восстановление древней традиции читать и петь всю церковную службу полностью, в один голос, а не в два или три голоса одновременно в разных местах храма разные части службы. Возврат к длительной и утомительной единогласной службе, по всей видимости, не отвечал ни потребностям прихожан, ни желаниям священнослужителей. В 1649 году Иосиф созвал церковный собор, осудивший Вонифатьева за противодействие церковному синклиту, однако царь не утвердил это решение. Для Алексея Михайловича это было дело принципа: он прилагал все усилия, чтобы вернуть в храм проповедь, прекратить разговоры и смех во время богослужения, поощрял издание церковно-учительной литературы нового образца, стремился изгнать из жизни народа языческие и еретические обряды и праздники. Поначалу патриарх Иосиф поддерживал начинания ревнителей благочестия — увеличил издание богослужебной литературы, изгонял из городов скоморохов и т. п., — но затем рассорился с ними. Вонифатьев «лаял» его и весь Освященный собор за отказ от введения единогласия. Когда патриарх попросил царя наказать своего духовника за бесчестье церковных иерархов, то получил отказ. Отношения царя и предстоятеля окончательно испортились, Алексей Михайлович подыскивал нового кандидата на святительский престол, так как Иосиф был уже очень стар. Государь остановил выбор на своем «собинном друге» Никоне.