У царя накапливалось раздражение, вызванное властностью и бесцеремонностью патриарха. Но поводом к тому, что Никон внезапно во время церковной службы в Успенском соборе покинул патриаршую кафедру, послужил тривиальный конфликт между его людьми и царскими слугами. 6 июля во время торжественной встречи грузинского царевича Теймураза, на которую Никона «забыли» позвать, Б. М. Хитрово, расчищая дорогу кортежу важного гостя, ударил палкой патриаршего стряпчего князя Мещерского, а когда он возмутился, то получил еще один удар — в лоб, что было явным бесчестьем. И без того уязвленный предстоятель пожаловался царю и просил наказать виновного. Алексей Михайлович пообещал, но выполнять обещание не спешил. Когда через два дня, во время праздника Казанской иконы Божией Матери, он не явился на литургию в Успенский собор, Никону стало ясно, что назревает конфликт. 10 июля царь проигнорировал церковную службу в честь праздника Ризоположения, зато после заутрени в храм пришел князь Юрий Ромодановский и заявил, что Алексей Михайлович гневается на патриарха, добавив от себя, что патриарх «пренебрегает государем… называет себя великим государем, а у нас един великий государь — царь». В этих словах и была вскрыта суть конфликта. Сначала Никон попробовал возразить, что, дескать, сам царь и даровал ему этот титул, на что получил категоричный ответ: «Царь почте тебя, яко отца и пастыря, но ты не уразумел, и ныне царское величество повеле… отныне не пишешься и не называешься великим государем, а почитать тебя впредь не будет». После этих слов патриарху ничего не оставалось, как покинуть собор со словами: «Иду де». Хотя, конечно, у него была альтернатива: либо покаяться в присвоении чужой власти и притвориться смиренным, либо уйти с гордо поднятой головой. Царские «сильненькие», плотным кольцом окружавшие трон, прекрасно разбирались в характере патриарха и, скорее всего, намеренно провоцировали его. Но был момент, когда Никон колебался. Он взял бумагу и стал судорожно что-то писать, вероятно, пытаясь дать царю объяснения, но потом вдруг остановился и порвал письмо в клочья. Именно такой реакции от него и ждали придворные интриганы, да и, скорее всего, сам Алексей Михайлович.

Конечно, Никон погорячился — уехал в Новоиерусалимский монастырь, не встретившись с государем. Скоре всего, он рассчитывал, что Алексей Михайлович, поостыв, первым пойдет на примирение, но не вышло… Царский врач Самуил (Сэмюэл) Коллинс, хорошо изучивший придворные интриги, считал, что бояре всячески настраивали царя против Никона. Можно только предполагать, какое множество врагов имел он при дворе. Еще не будучи патриархом, он с такой силой давил на окружающих, что царю приходилось мягко его урезонивать. Получив полноту власти, Никон уже не сдерживался ни в гневе, ни в наказании ослушников. Первые пять лет своего пребывания на патриаршем посту он только и делал, что подавлял сопротивление своим реформам и своей личной власти, утверждался перед царем, а за счет царя — перед боярством, церковными иерархами, народом.

Пользуясь своей властью, в 1654–1655 годах Никон провел в Москве настоящий крестовый поход против икон «франкского письма» (ренессансного стиля). Дьякон Павел Алеппский был свидетелем расправы, учиненной Никоном в Успенском соборе над иконами, написанными на западный лад: он поднимал иконы над головой, показывая присутствующим, называл имена владельцев (ими оказались высокопоставленные чины), затем с размаха бросал на каменный пол, разбивая и попирая ногами, а под конец дал указание сжечь. Однако по просьбе царя костер был заменен на сырую землю, куда были закопаны разбитые иконы. Присутствовавшие при этой экзекуции антиохийский и сербский патриархи вынуждены были по настоянию Никона предать анафеме и отлучить от церкви изографов, осмелившихся написать подобные иконы, и их покупателей, посмевших поместить их у себя в домовых церквях. Еще до этой расправы Москва узнала грозный нрав нового патриарха, приказавшего выскребать лики с икон нового письма, выкалывать глаза, стирать надписи, считавшиеся обязательным атрибутом святости образа. Разосланные по городу стрельцы показывали изуродованные иконные доски, предупреждая: «Кто отныне будет писать иконы по этому образцу, того постигнет примерное наказание». Недовольство москвичей, толпы, собиравшиеся в Кремле у Красного крыльца с «цками» (досками) от изуродованных образов, угрозы в адрес Никона — всё это явилось предысторией анафемы «франкским ликам» в Успенском соборе, доказывавшей победу патриарха в борьбе с новшествами в иконописи. Когда летом 1654 года в Москве началась чума, горожане принесли в Кремль образ Спаса Нерукотворного с выскребенным по указу Никона ликом, крича, что Господь наслал на город моровое поветрие за такое надругательство над иконами. По словам дореволюционного церковного историка Н. Ф. Каптерева, «образовались скопища, враждебные патриарху, которые покушались убить его, ибо в это время царя не было в Москве, и в городе оставалось мало войск».

При всём том Никон не чурался портретного искусства — позировал вместе с клиром датскому живописцу Даниилу Вухтерсу для группового портрета; бережно хранил в Воскресенском монастыре свое живописное изображение, приписываемое искусствоведами голландскому художнику Гансу Детерсону. Его фигура была запечатлена на большом колоколе, отлитом в 1658 году, и на тафтяном портрете — своеобразном коллаже из кусочков шелковой ткани и живописных фрагментов.

До конфликта с Алексеем Михайловичем Никон играл большую роль в делах государственного управления, а во время войны с Польшей, когда царь отправлялся в военные походы, становился фактическим главой правительства. Теперь же царь, вместо того чтобы призвать к примирению, повелел созвать церковный собор для осуждения действий своевольного патриарха и лишения его архиерейства и даже священства. Но всё же было решено передать дело Никона на суд восточных патриархов. Алексей Михайлович попросил газского митрополита Паисия Лигарида опровергнуть католический тезис «священство выше царства» и утвердить византийский вариант симфонии властей, при котором царь как носитель святости, обусловленной богоизбранностью, становится лидером в союзе Церкви и государства. В 1662 году были посланы приглашения восточным патриархам, откликнувшись на которые в 1666 году в Москву приехали Паисий Александрийский и Макарий Антиохийский.

Большой московский церковный собор 1666–1667 годов осудил «самосмышленного» предстоятеля, самовольно покинувшего престол и совершившего массу других прегрешений, лишил его сана и сослал в Ферапонтов монастырь под Вологдой. Но, несмотря на осуждение деятельности патриарха, его богослужебные реформы были признаны правильными, а их противники заклеймены. В этом был некий парадокс: Никон осужден за то, что многое делал неверно, но главное дело его жизни — реформы, вызвавшие огромное недовольство и противодействие народа вплоть до самосожжений, — было признано законным и правомерным. Подобная неувязка не смущала участников собора, скорее всего, потому, что не смущала и царя, заинтересованного в унификации русских и греческих обрядов ничуть не меньше реформатора-патриарха.

После смерти Алексея Михайловича положение опального не улучшилось, а, напротив, ухудшилось — его перевели под более строгий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь. Только в 1681 году тяжелобольной Никон получил разрешение вернуться в Новый Иерусалим, однако скончался по дороге. Царь Федор Алексеевич получил у восточных патриархов разрешение вернуть Никону звание патриарха посмертно.