Перед сдачей крепости на рейде были затоплены эскадренный броненосец «Севастополь», крейсера «Разбойник» и «Джигит». Погибли к этому времени от вражеской бомбардировки четыре эскадренных броненосца, три крейсера, ряд других судов. 19 декабря прорвались в нейтральные воды шесть эсминцев и миноносцев, не пожелавших сдаться врагу. Они были разоружены в нейтральных портах. Среди них был и миноносец «Статный», вывезший боевые знамена порт-артурских полков, архивы и другие наиболее важные документы, вошедший утром следующего дня в китайский порт Чифу. «Редко кое-где слышны отдельные ружейные выстрелы или отдельные удары взрывов, – сделал 20 декабря очередную запись в дневнике Александр Васильевич Колчак. – Порт и город скрылись в густом тумане и дыме горящих судов. Получено вторичное приказание ни под каким видом не открывать первыми огня – очевидно, японцы получили такое же приказание… После полудня стоит мертвая тишина – первый раз за время осады Артура. Вскоре показался перед входом во внутренний рейд «Севастополь». Он стал тонуть, через пять минут исчез под водой. Суда взорвали… Вечером нас известили, что крепость сдалась. Мы получили приказание ничего более не взрывать и не портить… Флот не существует – все уничтожено, вход в гавань прегражден затопленными мелкими судами, кранами и землечерпальными машинами».

Японцы взяли в плен свыше 30 000 русских солдат и офицеров. Им было передано 530 орудий, 35 000 винтовок, оставшиеся в крепости боеприпасы и запасы продовольствия. 329 дней гарнизон Порт-Артура мужественно отражал удары многократно превосходящих сил противника. Проявив непоколебимую стойкость, воинское мастерство, защитники крепости почти на 11 месяцев сковали под ее стенами крупную группировку вражеских войск, насчитывавшую до 200 тысяч человек, а также основные силы японского флота, тем самым оказывая большое влияние на общий ход боевых действий в Маньчжурии. В боях за Порт-Артур неприятель потерял безвозвратно свыше 110 тысяч человек, 15 боевых кораблей. Потери русских войск убитыми и ранеными исчислялись в 27 тысяч солдат и офицеров.

Еще в ноябре у Колчака обострились проявившиеся несколько ранее боли в суставах – явное последствие вынужденных купаний в ледяной воде во время последнего санно-шлюпочного перехода. Воспользовавшись окончанием военных действий в Порт-Артуре, он лег в госпиталь. Японцы, однако, подняли его с постели и вместе с другими защитниками отправили сначала в Дальний, затем в лагерь для военнопленных в Нагасаки. Там японское командование предложило больным и раненым пленным пользоваться лечебными учреждениями Японии или же через Соединенные Штаты Америки возвратиться на родину. Александр Васильевич избрал второй вариант. Его мужественные действия во время Русско-японской войны были отмечены не только орденом Св. Анны 4-й степени, но и орденом Св. Станислава 2-й степени с мечами, а также золотой саблей с надписью «За храбрость». В 1906 году Колчак получил серебряную медаль «Памяти русско-японской войны», а в 1914 году – нагрудный знак «Защитник Порт-Артура».

4 июня 1905 года в Петербург из японского плена возвратилась очередная партия раненых и больных русских офицеров, проделавших далекий путь от Нагасаки через Тихий океан, Канаду, Атлантический океан и Балтийское море. Поскольку пароходное сообщение между японскими и дальневосточными портами России из-за продолжавшейся Русско-японской войны было прервано, прямая дорога через Сибирь стала невозможна. Полуторамесячное путешествие измотало страдающих от ран и разных недугов армейских и морских офицеров. Одни из них, не выдержав тяжелого пути, нашли могилу в пучине океана, другие, благополучно добравшись до родной земли, обрели приют в госпиталях и богадельнях.

Возвратился из Нагасаки и больной лейтенант Александр Васильевич Колчак. Первые дни он находился дома, в небольшой квартире, снятой Софьей Федоровной на Петроградской стороне, на Большой Зелениной, 3. За несколько суток пребывания в домашней обстановке, благодаря заботам жены, вниманию отца и сестры, изнуренный болезнью моряк отдохнул душой и телом, почувствовал себя намного бодрее. Однако боль в суставах не давала ему покоя, и он, следуя заключению японской медицинской комиссии, решил продолжить лечение в стационаре. Врачи морского госпиталя определили у больного обостренную форму суставного ревматизма. Лечащий врач выразил также опасение в связи с обострением раны, полученной в Порт-Артуре.

– Конечно, мы вас подлечим. Желательно, однако, чтобы вы поехали на воды, на юг, погрелись на солнышке, хорошо отдохнули, набрались сил, – завершил он свою первую беседу с больным.

Колчак не впервые попадал на госпитальную койку. Утешением в таких случаях всегда служили книги, а теперь, к счастью, и свидания с женой и с родными. Вскоре его навестил и коллега по полярной экспедиции барона Толля зоолог Александр Александрович Бялыницкий-Бируля. Он передал больному другу привет и добрые пожелания от академика Феодосия Николаевича Чернышева, в записке которого выражалась надежда, что «уважаемый Александр Васильевич по выздоровлении до конца выполнит свои обязательства перед Академией наук и завершит обработку собственных экспедиционных материалов». Колчак и сам понимал необходимость этого, горя желанием продолжать работу над своей «ледовой» монографией.

С того дня развлекательное чтение сменилось штудированием близкой к теме русской и иностранной литературы, которую приносила супруга по составленному им списку. Из прочитанных книг Колчак извлекал сведения о прошлых ледовых наблюдениях, проведенных в арктических морях до экспедиции барона Толля соотечественниками и иностранцами. Он начал набрасывать карту льдов в Карском море и к востоку от него. Такое занятие было, пожалуй, единственно доступным в госпитальных условиях. Творческую работу больного лейтенанта прерывали неизбежные врачебные осмотры и лечебные процедуры, спонтанные подскоки температуры, а порой и вспыхивающие в палате жаркие дискуссии на различные, больше политические темы. Поводом для последней послужило сообщение о восстании матросов на броненосце «Князь Потемкин Таврический».

За дни пребывания в госпитале Александр впервые испытал и радость, и муки творчества, доводящие порой до головной боли. Утомленный, но удовлетворенный успешным началом, он в таких случаях откладывал в сторону книги и рукопись и давал себе отдых. Но возбужденный мозг продолжал работать. Мысли от рукописи перескакивали на житейские дела. Туманным Колчаку представлялось будущее. Особенно заботила болезнь. Если, не дай бог, ему суждено остаться инвалидом, то наперед он уже решил стать ученым, к сожалению, кабинетным. Другое дело прошлое. Там все ясно и свежо в памяти. Осмысливая его, Колчак имел основание сделать вывод, что прошедшие годы прожил не зря. От этого он получал заряд бодрости.

Политикой Александр Васильевич интересовался крайне мало и имел о ней весьма смутное представление. Чувства патриота, переживающего за судьбу отечества и обиженного его военными неудачами, заменяли всякие научные подходы в области его политологии. Примерно такие же настроения были и у большинства других армейских и флотских офицеров, прошедших огонь Русско-японской войны. Их разделяли и ветераны старших поколений.