1 мая 1906 года лейтенант Колчак приказом по морскому ведомству был прикомандирован к Морскому Генеральному штабу – основному органу руководства флотом, только что созданному «по высочайшему повелению». Начался новый этап в жизни и деятельности полярного исследователя, получившего вскоре чин капитан-лейтенанта и должность заместителя начальника отделения статистики оперативного управления Морского Генштаба.

2 октября 1906 года начальник Морского Генерального штаба капитан 1 ранга (с января следующего года контр-адмирал) Л. А. Брусилов, младший брат генерала от кавалерии А. А. Брусилова, представил императору доклад о ближайшей перспективе развития российского флота: укрепление наличных боевых сил и средств, создание за четыре-пять лет на Балтике и Черном море преимущественно миноносных флотов, способных противостоять германскому и турецкому флотам при ведении оборонительной войны. На основе этих соображений Морской Генеральный штаб к апрелю 1907 года разработал четыре варианта судостроительной программы, из которых Николай II одобрил так называемую малую, рассчитанную на создание оборонительного, в основном миноносного флота.

На Балтике к конкретизации морской программы и ее реализации приступили с большим энтузиазмом. Особая заслуга в этом принадлежала начальнику соединений отряда Балтийского флота (с 1908 года начальнику Морских сил Балтийского моря, с 1911 года командующему Балтийским флотом) контр-адмиралу Николаю Оттовичу Эссену[10]. Одним из его помощников стал Александр Васильевич Колчак, назначенный сперва начальником статистического отдела, а затем отдела по разработке стратегии защиты Балтийского моря. Помимо ревностного выполнения служебных обязанностей в штабе он принимал активное участие в деятельности Петербургского военно-морского кружка и вскоре вошел в его руководящий состав. Домой на Большую Зеленину возвращался, к огорчению жены, поздно вечером, а ведь она стала матерью, подарив мужу дочь. Правда, к службе мужа относилась с пониманием.

За два года службы в Морском Генеральном штабе Колчак разработал самостоятельно и при участии сослуживцев ряд важных документов оперативного и организационного характера, участвовал в разработке судостроительных программ, в том числе «малой», составил значительное количество различных справок, представительствовал от Морского Генштаба в нескольких комиссиях и совещаниях. Основные тезисы его труда «Дифференциальные морские силы» были по указанию Н. О. Эссена взяты за основу при разработке плана перспектив строительства новых судов. Его Александру Васильевичу пришлось защищать в качестве эксперта по военно-морским вопросам в Государственной Думе.

Характеризуя обстановку весной 1907 года в Государственной Думе, один из ее членов Н. В. Савич писал:

«Положение депутатов было трудное. Денег было мало… Поэтому испрашиваемая морским ведомством сумма казалась колоссальной. При этом же позор японской войны, страшный удар, нанесенный нашему флоту при Цусиме, глубоко уязвили национальное чувство общества, возлагавшего всю ответственность за происшедшее… на порядки и привычки, прочно гнездившиеся в центральном учреждении Морского министерства и в его береговых органах. Все, казалось, осталось там по-прежнему, ответственнейшие места продолжали занимать старики или люди, имя коих было связано с недавним недоброй памяти прошлым. Единственным новшеством был организованный адмиралом Брусиловым новый орган – Морской Генеральный штаб. Туда собралось все то лучшее из молодежи, что могли выделить уцелевшие остатки боевого флота. Тут кипела жизнь, работала мысль, закладывался фундамент возрождения флота, вырабатывались понимания значения морской силы, законов ее развития и бытия. Вот с этими-то элементами морского ведомства нам и пришлось впервые столкнуться в ноябре 1907 года.

Среди этой образованной, убежденной, знающей свое ремесло молодежи особенно ярко выделялся молодой, невысокого роста офицер. Его сухое, с резкими чертами лицо дышало энергией, его громкий мужественный голос, манера говорить, держаться, вся внешность выявляли отличительные черты его духовного склада, волю, настойчивость в достижении, умение распоряжаться, приказывать, вести за собой других, брать на себя ответственность. Его товарищи по штабу окружали его исключительным уважением, я бы сказал даже – преклонением; его начальство относилось к нему с особым доверием. По крайней мере, во все для ведомства тяжелые минуты – а таких ему тогда пришлось пережить много – начальство всегда выдвигало на первый план этого человека, как лучшего среди штабных офицеров оратора, как общепризнанного авторитета в разбиравшихся вопросах. Этот офицер был капитан Александр Васильевич Колчак. Трудно было найти более блестящего защитника столь неблагодарной задачи, каковая тогда была возложена морским ведомством на Колчака, а именно: отстоять требование об ассигновании суммы на постройку четырех броненосцев».

Комиссия по обороне внесла определенное и категорическое решение – средства на постройку современного броненосного флота будут даны лишь тогда, когда прекрасные слова и благие намерения Морского Генерального штаба воплотятся или, по крайней мере, начнут воплощаться в дело, в реальное осуществление реорганизации и реформы ведомства, всех его технических и береговых органов.

«То, что так блестяще доказывал Колчак, в определенной степени было усвоено, – отмечал Н. В. Савич. – Но для момента вывод наш был диаметрально противоположен его выводу. Он и его товарищи рисовали картину, при которой начнется правильное развитие морской силы, и для начала этого процесса требовали кредитов, говоря, что остальное само собой устроится. Мы требовали, чтобы процесс реорганизации, возрождения ведомства начался немедленно, вылился в осязаемые формы, и только тогда мы согласились давать деньги. Колчак был страстным защитником скорейшего возрождения флота, он буквально сгорал от нетерпения увидеть начало этого процесса, он вкладывал в создание морской силы всю свою душу, всего себя целиком, был в этом вопросе фанатиком. И, естественно, с ним происходили наиболее жаркие словесные схватки; чаще всего ему оппонировать приходилось мне. Мы оба – он и я – шли к одной заветной цели – созданию боевого флота, способного выполнить те задания, кои на него будут возложены стратегической обстановкой вероятного конфликта. Но шли мы к этой цели разными путями, и отсюда неизбежность острого конфликта мнений. При всем том наши личные отношения ни на один миг не помрачались. Он был для меня авторитетом в его специальности, человеком энергии и знания, качеств, столь редких у нас вообще, а в его среде в особенности.