Несмотря на теоретически достаточно четкое разделение ответственности за транспорт между НКО и Генштабом, а также на находящийся в их распоряжении огромный набор транспортных ресурсов, из-за их своей фрагментированности система транспортных сообщений Красной Армии в первые несколько недель войны действовала очень плохо. Например, мобилизация железнодорожных войск в начальный период войны проводилась исключительно хаотично. Хотя формально уже к концу июля они были укомплектованы, большинство железнодорожных частей на этот момент состояло лишь из неподготовленных новобранцев. Поэтому железнодорожные войска оказались не в состоянии осуществить имеющиеся планы разрушения железных дорог и понесли громадные потери во время стремительного наступления немцев.

Этот общий хаос в управлении транспортными войсками и огромные потери, понесенные железнодорожными и автодорожными службами в первый месяц войны, побудили ГКО предпринять серию мер, призванных исправить положение и улучшить управление. Например, 16 июля в составе УВС Генштаба было создано новое Главное автомобильно-дорожное управление (ГАДУ)[84]с генерал-майором 3. И. Кондратьевым в качестве начальника. Одновременно в действующих фронтах были сформированы автомобильно-дорожные отделы для руководства автомобильными подразделениями и частями в составе как самих фронтов, так и их армий{188}.

Через две недели, 1 августа 1941 года, ГКО создал пост начальника Тыла (Службы тыла) Красной Армии. Начальником Службы тыла РККА был назначен генерал-лейтенант интендантской службы А. В. Хрулев, а при нем в качестве основного рабочего органа сформировано Главное управление тыла Красной Армии (ГУТА КА). Одновременно ГКО реорганизовал ЦУВС Генштаба в новое Управление военных сообщений (УПВОСО), назначив его начальником вместо Ермолина военного инженера 1-го ранга И. В. Ковалева. И УПВОСО, и его бывшие управления военных сообщений (такие, как ГАДУ) были также подчинены Хрулеву. Благодаря этой реорганизации УПВОСО сделалось главным орудием Хрулева в деле координации военнотранспортных сообщений.

В дополнение к переводу ГАДУ из Генштаба в УПВОСО ГКО учредил во фронтах и армиях отделы автотранспортной и дорожной служб. Кондратьев остался начальником ГАДУ, получив в качестве заместителя А. А. Славина — бывшего начальника автодорожного отдела Генштаба{189}. На протяжении оставшейся части 1941 года ГАДУ курировало массовую мобилизацию военных и гражданских автомашин, формировало многочисленные автотранспортные бригады, полки, батальоны и роты, начало строительство сети военных автомобильных дорог (ВАД){190}.

Однако эти попытки разрешить транспортные трудности Красной Армии путем централизации управления не привели к успеху — в основном потому, что ответственность за перевозку войск и военного имущества по-прежнему оставалась разбросанной по самому широкому кругу служб снабжения и управлений, а рода войск Красной Армии и управления НКО по-прежнему планировали всю работу автотранспорта раздельно{191}. Помимо напрасной траты времени и ресурсов, их работа большей частью оставалась неэффективной. В результате НКО принялся перестраивать УПВОСО с целью сделать его лучше отвечающим требованиям военного времени. Например, 19 августа НКО сформировал в нем специальный отдел, который должен был распределять транспорт по типу грузов, а в сентябре — отдел медицинской эвакуации. Одновременно в рамках УПВОСО создавались особые группы, ведающие грузами, идущими на снабжение действующих фронтов и армий{192}.

Тем временем ГКО попытался улучшить работу железнодорожного транспорта. Например, 16 сентября он отдал НКПС приказ преобразовать строительный отдел его Военно-мобилизационного управления в полноправное управление, одновременно создав во фронтах и фронтовых тылах 19 военно-восстановительных служб с собственными подвижными восстановительными соединениями{193}. Однако когда зимой 1941–1942 годов Красная Армия перешла в наступление, железнодорожные войска оказались слишком слабы и плохо оснащены для быстрого восстановления железнодорожных путей, а структура железнодорожного транспорта УПВОСО показала себя равно неадекватной{194}.

3 января 1942 года ГКО попытался решить эту проблему, возложив на НКПС ответственность за восстановление и расчистку поврежденных и уничтоженных железнодорожных путей и передав все железнодорожные войска НКО под управление НКПС{195}. Этим же постановлением ГКО в составе НКПС учреждалось Главное управление военно-восстановительных работ или ГУВВР[85], а в самом ГУВВР — Управление железнодорожных войск[86]. С февраля 1942 года и до конца войны начальником железнодорожных войск НКПС служил генерал-майор (с февраля 1944 года — генерал-лейтенант) Н. А. Просвиров{196}.

Кроме Управления железнодорожных войск, в ГУВВР также входили передовые базы снабжения и региональные управления военно-восстановительных и заградительных работ, известные как УВВР. Они контролировались представителями НКПС и отвечали за выполнение всех восстановительных и заградительных работ в действующих фронтах{197}. Хотя начальники УВВР обычно подчинялись фронтам, в случае особых операций они были подчинены начальнику ГУВВР. В свою очередь, отделы передового строительства, подчиненные фронтовым УВВР, контролировали ход всех восстановительных работ на уровне армий.

По существу, хотя за все железнодорожно-восстановительные работы отвечали совместно командующие фронтами и руководство НКПС, железнодорожные полки НКПС в действующих фронтах контролировались оперативными управлениями фронтов, а не ГУВВР или УВВР, в то время как представители НКПС надзирали за всеми железнодорожно-восстановительными и железнодорожными операциями. Таким образом, железнодорожные войска НКПС стали регулярными войсковыми частями Красной Армии, подчиненными всем обычным уставам Красной Армии{198}. И наконец, ГКО запретил командующим фронтами использовать железнодорожные войска и специальные соединения НКПС для выполнения любых иных задач, кроме восстановления железнодорожных путей{199}.

В феврале 1942 года ГКО принял меры для внесения ясности в структуру управления железнодорожно-восстановительными работами, упразднив представителей НКПС при фронтах. После этого, хотя начальники фронтовых УВВР официально продолжали подчиняться ГУВВР НКПС, в действительности они перешли в подчинение фронтов. Однако НКПС все еще определял объем требуемых фронтами ресурсов, устанавливал квоты работ УВВР и регулировал выделение ресурсов НКПС в соответствии с планами командующих фронтами. Эта мера улучшила управление и техническое качество железнодорожно-восстановительных работ и привела к постепенному росту темпов и качества восстановления железнодорожных путей{200}.