В основном храм построен из известняка, и лишь кое-где нижний ряд кладки выложен из песчаника. Известняк, вероятно, доставляли прямо из каменоломни, но песчаник взят из развалин прилегающего храма Ментухотепа III. Камни преимущественно небольшого размера. Ограда нижнего двора сделана из небольших известняковых блоков, некоторые из которых стоят на подножии из песчаника, которая, в свою очередь, лежит на кладке, состоящей из глиняных кирпичей. Стена строилась так, как обычно в Древнем Египте строилось множество толстых стен: сначала на необходимом расстоянии ставили две тонких параллельных стены, затем промежуток заполняли мелкими камнями и строительным мусором, никак не скрепляя их с внешними стенами, после чего сверху клали нечто вроде гребня.

В храм можно войти через аллею сфинксов с равнины, а ворота стояли в тени священных персей. Через ворота (А) верующий попадал на большой передний двор (В), теперь настолько разрушенный, что едва можно различить его очертания. Здесь тоже были посажены деревья, а кроме того, разбиты цветочные клумбы и устроены пруды с растущим в них папирусом. Возможно, на это место намекает царица в надписях, где говорит о «саде моего отца Амона». Корни и пни этих древних деревьев найдены в ямах, куда их сажали, также определены места клумб и папирусных прудов. Колоннады тянутся по западной стороне двора, в середине их прерывает пандус или наклонная мощеная площадка (С), которая ведет в средний двор. В колоннадах по двадцать две колонны (D), стоящие в два ряда по одиннадцать колонн в каждом; как и другие колонны храма, они сделаны из известняка и с течением времени приобрели чудесный янтарный оттенок. В первом ряду находятся квадратные колонны, во втором – шестнадцатигранные. Стена за колоннадами имеет наклон и украшена скульптурными рельефами. Северная сторона сильно обветшала, и на ней удается рассмотреть только сцену ловли птиц, но на южной стороне есть очень любопытная сцена, изображающая перевозку обелисков из каменоломен в Фивы.

Пандус с обеих сторон огражден парапетом, что являлось необходимой предосторожностью. Средний, или внутренний, двор (Е) в его западном конце украшают колоннады, также ряд колонн располагается с каждой из сторон в средней части пандуса. Средний двор шире в северной стороны пандуса, чем в южной, а к колоннаде пристроена молельня, посвященная Анубису (F), заполняющая пространство до внешней стены (илл. XXIX, 1). Молельня, посвященная Хатор, находится в южном конце южной колоннады (G) и более-менее соответствует молельне Анубиса, хотя она существенно больше и находится за стеной.

Северная колоннада (Н) состоит из двойного ряда квадратных колонн, по одиннадцать в каждом ряду, они установлены на платформе, к которой можно подойти по короткой лестнице, так как она более чем на три фута возвышается над уровнем двора. Каменный потолок, по которому рассыпаны желтые пятиконечные звезды, изображает ночное небо и выкрашен в синий цвет. Задняя стена имеет явный уступ, что необходимо для сопротивления давлению расположенного сверху двора; на нижней половине стены находятся рельефы и надписи, говорящие о непорочном зачатии и божественном рождении царицы. Фараоны считали себя сыновьями бога и смертной женщины, и эти верования встречаются уже в эпоху V династии, когда цари назывались сыновьями бога солнца и жрицы. Запись Хатшепсут сообщает подробности, пропущенные в древних текстах, о том, как бог, желая произвести на свет ребенка-человека, посетил царицу, которую выбрал на роль матери божественного младенца, как царица радостно приняла бога, как другие боги готовились к великому событию и радовались рождению младенца. Хотя скульптурные изображения сильно повреждены, историю можно проследить при помощи аналогичных сцен и надписей в луксорском храме, ибо Аменхотеп III почти дословно повторяет эти записи, изменив только имена матери и ребенка. Подобные сцены и надписи встречаются в тех зданиях периода Птолемеев, которые в настоящее время известны как «храмы рождения». В той сцене, где царицу Яхмос ведут в родильную комнату божества рождения, отдельного упоминания заслуживает прекрасная голова беременной женщины. Это одна из нескольких скульптур, уберегшихся от идолоборческого рвения какого-то разрушителя храма в XVIII династии и почти столь же убийственных попыток отреставрировать ее в следующей династии.

Верхняя половина стены изображает церемонию коронации, когда Хатшепсут стала царицей. Сначала ее годы записала богиня Сешат – видимо, такую же церемонию описывает канцлер Ну, утверждая, что она будет мистически совершена для него после смерти: «Я поместил мое имя в Большом Доме. Я сделал так, что мое имя помнят в Доме Огня в эту ночь счета лет и счисления месяцев». Затем два бога окунули царицу в Воду Жизни и посадили на колени Амону, чтобы он дал ей свое благословение. Потом она вместе со своим отцом Тутмосом I отправляется в паломничество по крупным религиозным центрам Верхнего Египта, раньше являвшимся столицами независимых государств, где получает соответствующие знаки власти. Настоящая коронация, видимо, имела место по возвращении Хатшепсут в Фивы: здесь она изображена между двумя жрецами, представляющими Хора и Сета, которые возлагают венцы Верхнего и Нижнего Египта на ее голову. На стене южной колоннады (I) сохранилась запись о знаменитой торговой экспедиции в землю Пунт, которую отправила Хатшепсут.

Колоннады двух боковых молелен лишь придают общему виду особую прелесть, однако план здания несимметричен. Из гипостильного зала, в котором стоят двенадцать шестнадцатигранных колонн, создавая прекрасную перспективу, можно попасть в небольшую молельню Анубиса. Святилище украшено ярко расписанными сценами приношений и других ритуалов. Среди самых знаменитых сцен – парящие сокол и коршун, символизирующие соответственно богов Верхнего и Нижнего Египта, прикрывающие фараона распростертыми крыльями.

Молельня на южной стороне не только значительно больше молельни Анубиса, но, кроме того, сильно отличается по своей архитектуре. В нее можно попасть либо со двора, у которого она расположена, либо по лестнице с наружной стороны храмовой стены. Входили в нее через две крытые колоннады, состоявшие, соответственно, из шестнадцатигранных и хаторических колонн. Внутренняя часть молельни вытесана из монолитной каменной глыбы и состоит из двух вестибюлей и святая святых. Все скульптуры изображают Хатшепсут или Тутмоса III в присутствии богини Хатор в образе коровы. Вероятно, в узком святилище находилось каменное изображение коровы, подобное статуе, найденной в примыкающем храме Ментухотепа III.

Пандус (J), аналогичный тому, что ведет из нижнего двора, подходит к самому высокому двору, занимающему в этом храме место вестибюля. Пандус оканчивается гранитным дверным проемом, и отсюда посетитель может обозреть всю фиванскую равнину, раскинувшуюся у его ног. Фрагмент с гранитным дверным проемом сейчас стоит отдельно, но когда-то, видимо, он являлся входом в гипостильный зал (К), в настоящее время лежащий в руинах. Колонны протянулись по всей ширине двора и при взгляде снизу производят впечатление двухэтажной колоннады, так как они находятся непосредственно над колоннадой среднего двора. За гипостильным залом начинался открытый двор с колоннами (L), вокруг которого стояли молельни и небольшие залы для заупокойных служб. С западной стороны двор заканчивается у самой скалы, в которой располагаются несколько ниш, замечательных живописными сценами из жизни Хатшепсут и Тутмоса III в присутствии различных богов. В некоторых из этих ниш, видимо, помещались статуи царицы. В середине скалы находится вход в высеченное в ней святилище (М), перед которым когда-то стоял гранитный портик. Само святилище состоит из трех комнат, теперь уже сильно разрушенных; самая дальняя была либо вырублена, либо восстановлена во времена Птолемеев и посвящена двум обожествленным смертным: Имхотепу и Аменхотепу, которые, по всей видимости, почитались как боги медицины и пророчеств.