Внутри царства все было спокойно. Федор только значился царем. Фактически всеми государственными делами управлял Годунов, «закрывавший своей колоритной фигурой слабую тень венценосца». Он поддерживал значение Федора как царя на такой высоте, на какой ему было это выгодно. Правительство занималось переписью людей и пашенных земель, налоговой политикой, заселением пустующих земель, постройкой городов. В 1584 году московские воеводы Нащекин и Волохов основали на берегу реки Северная Двина город Архангельск. Астрахань укрепили каменной стеной. Оживилось строительство в Москве. Был основан город Уральск; около 1584 года 600 или 700 волжских казаков выбрали себе место жительства на берегах реки Яик. Это было время расцвета в истории донских и волжских казаков. От Азова до Искера гремела их слава, раздражая турецкого султана и крымского хана. Казаки смиряли ногаев и утверждали власть московских царей за Уралом, в Сибири. В Сибири с успехом продолжалось покорение и колонизация страны, были построены Тюмень, Тобольск.

Не пытаясь вершить государственными делами, Федор Иоаннович всецело отдался своим склонностям. Простой, тихий, чрезвычайно набожный, очень ласковый и милостивый царь вставал около четырех часов утра и после туалета принимал своего духовного отца с крестом, который лобызал. Затем крестовый дьяк вносил в комнату икону Святого, празднуемого в тот день, перед которой Федор молился около четверти часа… Любил он вкусно поесть и обязательно отдыхал два или три часа днем. Весь день проводил он в моленьях, службах, ласковых беседах с боярами и нежном ворковании с супругой. Вечер проводил с шутами, карлами и карлицами. После ужина умиротворенно молился и отходил ко сну…

После смерти короля польского (Речи Посполитой) Стефана Батория (1586 год) у некоторой части литовско-польских панов возникло желание посадить на освободившийся престол московского государя Федора Иоанновича, объединив под началом единого короля Литву, Польшу и Россию. Идея эта всячески поддерживалась Годуновым. И если бы русская сторона выплатила 200 тысяч рублей, сумму, требующуюся для успеха Федора на выборах в сейме, избрание его было бы вполне вероятным. Но денег в казне не нашлось. Сейм избрал королем Речи Посполитой шведского королевича Сигизмунда, того самого, чье участие в делах России в смутное для нее время будет особенно заметным.

Царствование Федора Иоанновича было довольно мирным: ни царь, ни правитель войны не любили и брались за оружие лишь в случае крайней необходимости. И все-таки однажды пришлось прибегнуть к силе. В вялотекущей войне со Швецией (1590–1595) русским удалось вернуть Иван-город, Яму, Копорье и Корелу, отнятые у России при Иоанне Грозном.

Не все спокойно было и в некоторых районах страны: Казань доставляла немало хлопот; какое-то брожение наблюдалось в черемисских лесах. По решению правительства, на горной и луговой сторонах Волги были построены города-крепости: Цивильск, Уржум, Царевгород на Кокшаге, Санчурск и другие. С их заселением в этих, еще недавно бедственных землях, стало спокойнее и тише.

15 мая 1591 года царевич Дмитрий был убит в Угличе, по официальной версии, смертельно ранив себя ножом во время эпилептического припадка. Добрый Федор неутешно плакал по брату. По факту убийства была назначена следственная комиссия, в которой одним из главных исполнителей был боярин Василий Иванович Шуйский.

Как ни старался Годунов показать свою невинность в смерти Дмитрия, в народе крепло убеждение, что сделал это именно он. И народ, несмотря на все благодеяния и милости, которые делал для него хитрый правитель, не мог простить ему мученической смерти царевича, последнего отпрыска царского дома. Историки до сих пор делятся на тех, кто считает Бориса Годунова организатором убийства царевича Дмитрия, и тех, кто связывает его гибель с несчастным случаем.

Нападение крымского хана Казы-Гирея в июне 1591 года на Русь несколько отвлекло народ и Бориса от дум о Дмитрии. Хан, уверяя, что идет на Литву, неожиданно с большими силами подошел к столице. Борьба с татарами шла прямо на московских полях и закончилась поражением хана. В память о спасении Москвы был заложен Донской монастырь, от имени святой иконы Богоматери, которая была с Дмитрием на Куликовском поле и с Годуновым в московской битве с Казы-Гиреем. Вся честь победа должна была приписываться Борису: об этом велено было рассказывать и в чужих землях.

Через год после убийства Дмитрия у Федора родилась дочь Феодосия, которая вскоре умерла. Среди народа, недоверчивого к Годунову, распространился слух, что Ирина родила сына, но Борис подменил его девочкой, чтобы не было претендентов на престол. Говорили, что и в смерти девочки он также виновен.

Самым важным и печально памятным делом Годунова в царствование Федора было прикрепление крестьян к земле. Недостаток рабочих рук для обработки больших земельных площадей приводил к тому, что крестьяне, недовольные своими хозяевами, перебегали от одного землевладельца к другому. До сих пор переход крестьян разрешался в течение двух недель около осеннего Юрьева дня. Стремясь расположить к себе служилых людей, в основном мелких помещиков-землевладельцев, Годунов от имени царя запретил всяческие переходы крестьян от помещика к помещику. «Вот тебе, бабушка, и Юрьев день!» – горькая шутка-ирония надолго стала крестьянской поговоркой. А в 1598 году вышел указ, по которому вольные слуги, прослужившие у господина более полугода, становились его холопами. Они прикреплялись уже не к земле, а к господину, отдаваясь в его полную власть. Несчастное крепостное право в России сформировалось…

Борис, стараясь удержать народонаселение в середине государства, нуждался, однако и в расширении его на окраинах. Нашествие крымского хана убеждало его в необходимости умножать число городов на юге и населять ратными людьми. Таким образом, в конце 1593 года Борис расселил крестьян вниз по реке Осколу – Белгород, Оскол, Валуйки.

В царствование Федора Иоанновича в России было учреждено патриаршество. До этого русские первосвятители носили титул митрополита. Назначение митрополита всегда утверждалось константинопольским патриархом. Но со второй половины XV века, особенно после захвата турками Царьграда (Константинополя) в 1453 году, значение константинопольского патриарха, ставшего как бы пленником турецкого султана, стало падать. Русская церковь стала вполне самостоятельной, а московский митрополит и по власти, и по средствам был несравненно выше лишенного власти и средств патриарха. Первым русским патриархом был назначен (26 января 1589 года) митрополит Иов. Собор восточных патриархов через два года учредил введение патриаршества в России…

В конце 1597 года Федор тяжело заболел. Царь постепенно лишился зрения и слуха. 7 января 1598 года Федор Иоаннович скончался.

Перед смертью простился он наедине с нежной супругой своей Ириной, а на печальный вопрос патриарха, кому оставляет он царство, подданных и царицу, прошептал в ответ: «в царстве, в вас и в моей царице волен Господь Всевышний…» Борис Годунов объявил позднее, что Федор вручил державу Ирине, а главными советниками ее назначил патриарха Иова, двоюродного брата своего Федора Никитича Романова и шурина, Бориса Годунова.

Девятого января совершилось погребение Федора в храме Архангела Михаила, рядом с могилой Иоанна IV Грозного.