После занятия территории противника задачи органов военной контрразведки заключались в захвате работников вражеских разведывательных и контрразведывательных органов, документов, принадлежащих этим органам; в создании агентурно-осведомительной сети среди гражданского окружения частей Красной Армии с целью выявления вражеских намерений.

Однако и в этом указании содержались недостаточно четкие ориентировки. В связи с тем, что войска действующей Красной Армии к тому времени отступали по всему фронту, нереальными были такие задачи, как подготовка и заброска на территорию противника моторизованных групп для захвата сотрудников и документов вражеских разведывательных и контрразведывательных органов, вербовка агентов среди военнослужащих армий противника, задержание руководителей и ответственных сотрудников разведывательных и контрразведывательных органов противника и передача их оперативно-чекистским группам НКГБ СССР.

Непонятно была определена 100-километровая зона засылки агентуры органов госбезопасности в тыл противника, поскольку именно в этой зоне были сосредоточены войска и контрразведывательные органы противника. Разведшколы и другие формирования фашистской разведки, для внедрения в которые выводились советские агенты, были расположены в глубоком тылу.

Таким образом, несмотря на то что в указаниях 3-го Управления от 22 и 27 июля 1941 г. содержались отдельные недостаточно обоснованные установки, в целом эти указания помогли руководящему и оперативному составу органов военной контрразведки в основном правильно организовать агентурно-оперативную работу в сложной обстановке начала войны.

Народный комиссариат государственной безопасности СССР в начале войны не издавал директив, в которых бы содержались общие задачи органов госбезопасности. НКГБ СССР в своей деятельности руководствовался соответствующими постановлениями Коммунистической партии и Советского правительства.

30 июня 1941 г. НКГБ СССР был издан приказ «Об агентурно-оперативной работе на железнодорожном транспорте и предприятиях оборонной промышленности»[217]. Согласно этому приказу в целях обеспечения успешной борьбы с вредителями, диверсантами и шпионами на железнодорожном транспорте и на предприятиях оборонной промышленности» во 2-м управлении НКГБ создавались специальные отделения.

Задача борьбы с вредителями в тот период не вытекала из политической и оперативной обстановки. Во время войны советские люди отдавали все свои силы на разгром врага, всемерно укрепляли обороноспособность страны.

В связи с объединением НКГБ и НКВД СССР в единый Народный комиссариат внутренних дел СССР органы государственной безопасности руководствовались в своей работе приказами, инструкциями и указаниями НКВД СССР.

В сложной обстановке войны остро встал вопрос о необходимости централизованного руководства обеспечением безопасности государства и его Вооруженных Сил. ЦК ВКП(б), Государственный Комитет Обороны СССР и СНК СССР признали целесообразным объединить усилия органов государственной безопасности, внутренних дел и военной контрразведки и направить их на отпор врагу: борьбу с подрывной деятельностью разведки фашистской Германии, оказание всемерной помощи Вооруженным Силам в проведении боевых операций против немецко-фашистских войск, обеспечение охраны тыла страны от подрывных действий вражеской агентуры, беспощадную борьбу с дезертирами, паникерами, распространителями провокационных слухов, организацию широкой разведывательно-диверсионной и контрразведывательной работы в тылу врага.

В Указе Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 г. говорилось: «В связи с переходом от мирного времени на военные условия работы признать целесообразным объединение Народного комиссариата внутренних дел и Народного комиссариата государственной безопасности в единый Народный комиссариат внутренних дел. Соответствующее объединение органов НКВД и НКГБ произвести в союзных и автономных республиках, в краях и областях».[218]

17 июля 1941 г. и 10 января 1942 г. постановлениями Государственного Комитета Обороны органы военной контрразведки армии и флота были выделены из НКО СССР и НКВМФ СССР, преобразованы в особые отделы и подчинены НКВД СССР. В НКВД СССР на базе ранее существовавших 3-х управлений НКО и НКВМФ было образовано Управление особых отделов НКВД СССР, в составе которого находился отдел по обслуживанию Военно-Морского Флота.[219]

Данная структура органов государственной безопасности просуществовала до апреля 1943 г.

Весной 1943 г. военно-политическая обстановка существенно изменилась. Планы фашистской Германии на «молниеносную войну» против СССР провалились. Перед органами госбезопасности вставали новые задачи, связанные с организацией работы на освобожденной советской территории, в тылу врага и на территории сопредельных государств. Однако существовавшая структура НКВД СССР не отвечала возросшим требованиям. Надо было, как и накануне войны, освободить органы госбезопасности от выполнения несвойственных им функций.

В апреле 1943 г. Народный комиссариат внутренних дел был реорганизован. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 14 апреля 1943 г. вновь образован Народный комиссариат государственной безопасности СССР. Постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 г. Управление особых отделов НКВД СССР было передано в Народный комиссариат обороны СССР, где на его основе было образовано Главное управление контрразведки Смерш НКО СССР. Отдел Управления особых отделов НКВД СССР по обслуживанию Военно-морского флота был передан в Народный комиссариат Военно-морского флота СССР. На базе этого отдела было образовано Управление контрразведки Смерш НКВМФ СССР.[220]

Государственный Комитет Обороны СССР Постановлением от 21 апреля 1943 г. утвердил положения о ГУКР Смерш НКО СССР и УКР Смерш НКВМФ СССР, в которых определил систему и структуру органов военной контрразведки, права и обязанности ее сотрудников, взаимоотношения с военным командованием. Начальник ГУКР Смерш НКО СССР одновременно являлся заместителем народного комиссара обороны СССР, а начальник УКР Смерш НКВМФ СССР — заместителем народного комиссара Военно-морского флота СССР.[221]

Положение о Народном комиссариате государственной безопасности СССР выработано не было. Задачи органов госбезопасности определялись в Указании НКГБ СССР № 232/3 от 11 мая 1943 г.[222]