В марте 2004 года МГБ и МВД Грузии провели совместную операцию против криминальных авторитетов — членов семьи Апрасидзе. Семья Апрасидзе проживала в средневековой крепости, оснащенной всеми видами оружия, включая противовоздушное, и пользовалась поддержкой населения близлежащего села Эцера. Уголовные дела против главы семейства и трех его сыновей были возбуждены в 1992 году, однако попыток задержать представителей группировки до этого не предпринималось. Преступный клан Апрасидзе подозревается в причастности к похищению Левана Каладзе — брата известного грузинского футболиста Кахи Каладзе. Члены семьи замешаны в многочисленных убийствах, разбоях и похищениях людей как в Сванетии, так и по всей Грузии.

Отряд спецназа вылетел утром из Кутаиси на десяти вертолетах. Для сохранения секретности, командиры спецподразделений не знали сути операции и пункта назначения, задача была поставлена уже в воздухе. Когда вертолеты приблизились к крепости, Апрасидзе открыли шквальный огонь из пулеметов и гранатометов. Тем не менее, спецназ сумел десантироваться и вступил в бой. В ходе спецоперации в селе Эцери Местийского района произошла перестрелка с Евгением Апрасидзе и тремя его сыновьями — Гочей, Омехом и Шванги. В результате перестрелки трое преступников были ликвидированы, Шванги Апрасидзе ранен. Во время боя был серьезно поврежден корпус одного из вертолетов, высадивший группу спецназа в селе Эцери. Со стороны правоохранительных органов потерь не было.

В июне 2006 года утром грузинские силовики провели крупномасштабную операцию по задержанию криминальных авторитетов в ряде районов региона Имерети (Западная Грузия), которую возглавил лично министр внутренних дел Грузии Гиорги Барамидзе. В ходе операции было задержано 16 криминальных авторитетов.

Кроме того, был задержан владелец 17 бензоколонок и телекомпании «Кутаиси», депутат Бондо Шаликиани. По данным МВД Грузии, в доме Шаликиани находился бежавший заключенный, «объявленный в розыск», и «по этой причине в доме Шаликиани был проведен обыск, в ходе которого информация о том, что там скрывается заключенный, не подтвердилась», однако «было изъято две единицы автоматического огнестрельного оружия, взрывчатые вещества и противотанковый снаряд». Следует отметить, что, согласно имеющимся данным, Бондо Шаликиани является родственником крупного грузинского криминального авторитета Тариэла Ониани и долгое время поддерживает с ним дружеские отношения.

Министерство государственной безопасности Грузии предъявило жителю города Марнеули Тамазу Мумладзе обвинение в приобретении, хранении и транспортировке оружия. В «деле Мумладзе» фигурируют действующие за рубежом террористические организации. По данным следствия, в прошлом году он передал водителю грузовой машины, гражданину Турции, крупную партию оружия и взрывчатки. Машина следовала из Ирана через Грузию в Турцию и была задержана турецкими спецслужбами при въезде в страну. Турецкая сторона предполагает, что оружие и взрывчатка предназначалась для организаций курдских экстремистов, действующих на территории этой страны. МГБ Грузии, проводя расследование, поддерживает контакты с турецкими властями. Во время обыска в доме Мумладзе были найдены два автомата, винтовка и боеприпасы в большом количестве.

Другой большой проблемой Грузии была коррупция в правоохранительной системе. До прихода Саакашвили, полицейские в Грузии занимались тем, что вымогали взятки, похищали и убивали людей, торговли наркотиками. Михаил Саакашвили уничтожил старое МВД и на его месте создал новое — менее коррумпированное, но не менее могущественное. Он объявил открытую войну коррупционерам в погонах.

Уже в апреле 2004 года был арестован бывший руководитель Антитеррористического центра МГБ Грузии генерал-майор Леван Кенчадзе. Он обвинялся в злоупотреблении служебным положением — речь идет о списании и планируемом затем уничтожении специального оружия МГБ — однако в ходе следствия выяснилось, что это оружие не было уничтожено». У грузинских спецслужб была версия, что это оружие было продано в Панкисском ущелье чеченцам». В то же время, по неофициальной информации, обвинение в злоупотреблении служебным положением может быть не единственным обвинением, которое будет предъявлено бывшему руководителю Антитеррористического центра. Возможно, Кенчадзе предъявят обвинение в причастности к похищению в Грузии испанских бизнесменов, а также к делу, связанному с типографией, где печатались фальшивые документы сотрудников правоохранительных органов.

Причем, впервые о связях Кенчадзе с криминальным миром открыто заговорили испанские бизнесмены Антонио Треминьо и Франсиско Родригес, которые находились в заложниках в Панкисском ущелье. Сами испанцы в своем похищении обвиняли непосредственно Кенчадзе. Верховный суд Грузии приговорил бывшего руководителя Антитеррористического центра МГБ Грузии генерал-майора Левана Кенчадзе к 8 годам лишения свободы.

В мае 2004 года был задержан руководитель службы вооружения Министерства госбезопасности Грузии Василу Натрошвили. Ему было предъявлено обвинение в незаконной перевозке и торговле огнестрельным оружием. Из его машины было изъято огнестрельное оружие. Затем, в декабре 2004 года сотрудники МГБ Грузии задержали начальника отделения тбилисского аэропорта департамента охраны государственной границы Грузии, капитана Георгия Шарикадзе. Поданным пресс-центра МВД Грузии, Георгий Шарикадзе подозревается в злоупотреблении служебными полномочиями.

Затем, в августе 2004 года МГБ Грузии задержало несколько высокопоставленных офицеров Минобороны Грузии. Арест офицеров был связан с фактами коррупции и предательства, имевшие место в ходе последних событий в Цхинвальском регионе. Тогда, во время боевых операций в Цхинвальском регионе сотрудники краевой полиции региона Шида Картли в партии боеприпасов обнаружили ящики с камнями и песком.

В апреле 2004 года было совершено покушение на Командующего Группой российских войск в Закавказье (ГРВЗ) генерал-майора Александра Студеникина чуть было не отправили на тот свет в центре Тбилиси. В то время, когда он входил в подъезд дома, в котором проживает, взорвалось самодельное взрывное устройство. В Совбезе Грузии это совпадение считают не случайным. Генпрокурор и грузинские силовики обсуждают со своими российскими коллегами множество вопросов, в том числе совместное патрулирование грузино-российской границы, сотрудничество в области борьбы с организованной преступностью, незаконным оборотом оружия и наркотиков. Грузинская сторона также лоббирует задержание на территории России грузинских преступников и передачу их Тбилиси. Кто-то кровно заинтересован в том, чтобы посеять между силовиками двух стран недоверие.

Впрочем, существуют и неофициальные версии. Первая: Студеникин «наступил на хвост» коррупционерам в Группе российских войск в Закавказье. В частности, недавно сгорела коммунально-эксплуатационная часть ГРВЗ, а с ней и документы, касающиеся распределения жилья. Против командующего части полковника Широкого возбуждено уголовное дело, он «болен» и отлеживается в госпитале. Вторая: Студеникин прослужил в Чечне в общей сложности три года, и не исключено, что ему мстят. Третья: Тбилиси и Москва договорились о передаче Грузии четырех объектов ГРВЗ; это, в основном, пустующие склады. К этому имуществу проявляют интерес некоторые криминальные структуры как внутри Грузии, так и за ее пределами.