Одержав победу на Угре, русский народ покончил с ненавистным иноземным игом. Знаменитое «стояние на Угре» явилось важнейшей вехой в истории России.

Завоевание Новгорода неизбежно усилило вмешательство светской власти в церковные дела. Церемония выборов иерархов различалась в Москве и Новгороде. Митрополита избирал священный собор, при этом решающее слово почти всегда принадлежало московскому государю. Из претендентов нередко одерживал верх тот, кто мог заплатить в казну больше денег. В Новгороде право назначения кандидатов принадлежало новгородскому вече. Шансы на успех имели лишь наиболее популярные в республике и авторитетные иерархи. Вече определяло трех кандидатов, после чего проводилась жеребьевка. Тем самым ограничивалось влияние враждующих партий на исход выборов. Московский митрополит и священный собор не имели права вмешиваться в церковные дела Новгорода.

После смерти архиепископа Ионы в 1470 г. партия Марфы Борецкой приложила все силы, чтобы ввести в Софийский собор своего ставленника — Пимена, ключника умершего владыки. Про Пимена говорили, что он передал Марфе много денег из архиепископской казны, использованных для подкупа народа. Придерживаясь пролитовской ориентации, Пимен предпочитал получить сан не в Москве, а в Киеве. Киевским владыкой был Григорий, единомышленник митрополита Исидора, согнанного с московской митрополии за подписание Флорентийской унии. Григорий получил сан митрополита от константинопольского патриарха, признавшего папу римского главой вселенской православной церкви. Пролитовская партия потерпела на вече поражение, в результате чего Пимен был взят под стражу. Бывшего ключника подвергли пытке и заставили заплатить штраф в 1000 руб. Деньги предназначались для пополнения растраченной им владычной казны.

Победу на выборах одержал нейтральный кандидат — протодьякон Феофил. Новгороду грозило московское вторжение, поэтому он не сразу выехал в Москву на подавление. Тем не менее после жеребьевки новгородцы направили послов к Ивану III за «опасными грамотами» для своего нового архиепископа. Избежать войны не удалось, и вместо поездки в Москву Феофилу пришлось, следуя решению веча, снаряжать полк для войны с великим князем. Однако в битве на Шелони он запретил своему полку сражаться с войском Ивана III. Феофил возглавил мирные переговоры с московским великим князем, завершившиеся полным подчинением Новгорода Москве. Два года спустя Феофил был арестован по подозрению в крамоле. Он якобы принял участие в заговоре новгородских бояр, пытавшихся возродить республику с помощью польского короля Феофил был человеком осторожным и никогда не принадлежал к пролитовской партии. Поэтому выдвинутые против него обвинения кажутся сомнительными. Скорее всего архиепископ пострадал из-за попыток настоять на соблюдении условий договора с Москвой. Иван III обязался «не выводить» новгородцев из их города и «не вступаться» в их вотчины, но постоянно нарушал договор.

После ареста Феофила власти наложили руку на сокровищницу Софийского дома. Траты старца Пимена не шли ни в какое сравнение с новой напастью. Иван III забрал всю казну Феофила, «множество злата и сребра и съсудов его». Архиепископа увезли в Москву и держали там в заточении более двух лет без суда и следствия.

Наконец зимой 1482–1483 гг. власти принудили Феофила сложить сан. В прощальной грамоте владыка объявил, будто оставил кафедру по причине «убожества своего ума». Только после этот Феофила освободили из заточения и перевели в келью Чудова монастыря в Кремле, где он вскоре умер.

Вече в Новгороде прекратило свое существование. Преемник Феофила был избран в Москве из московских святителей. Иван III позаботился о соблюдении новгородской традиции, вернее, ее видимости. Кандидатами стали три московских монаха, в том числе чудовский архимандрит Геннадий и троицкий инок Сергий. После жеребьевки сан достался Сергию.

В нарушение новгородских обычаев Иван III назначил для управления Софийским домом своего боярина, казначея и дьяка. При таких условиях новгородский владыка должен был стать послушным проводником московской политики в Новгороде.

Конфискация казны и земель Святой Софии породила финансовые затруднения. Новый владыка пытался поправить дела с помощью поборов, обычных в Московской земле. Как записал псковский летописец, Сергий «многи игумены и попы исъпродаде и многы новыя пошлины введе».

В силу давнего соперничества между Москвой и Новгородом московское духовенство сохранило немало предубеждений против новгородской церкви. Сергий всецело разделял эти предубеждения и не намеревался скрывать их от паствы. По пути в Новгород владыка сделал остановку в Михайловском монастыре на Сковородке. Первые же заявления Сергия обнаружили его крайне непочтительное отношение к местным святыням, нежелание приравнять их к московским. Когда игумен провел архиепископа к гробу основателя монастыря, святителя Моисея, тот велел при себе тотчас открыть гроб для освидетельствования мощей. Получив отказ, Сергий бросил фразу: «Кого сего смердовича и смотрети?»

При всем своем высокомерии и резкости Сергий не обладал ни достаточным характером, ни силой воли. Попав во враждебную среду, пастырь оказался не в силах справиться с психологическим давлением и впал в «изумление»: рассудок его помутился. Причиной расстройства было то, что «не хотяху новгородци покоритися ему, что не по их мысли ходит», «они же (новгородцы. — Р.С.) отнята у него ум волшебством, глаголаше: Иоанн чюдотворец, что на бесе ездил, тот створи ему». Болезнь владыки стала предметом множества толков в Новгородской земле. Одни считали, что провидение покарало Сергия, согласившегося занять место Феофила при его жизни, за нарушение канонических правил. По мнению других, владыка пострадал за пренебрежение к местным святым — архиепископу Иоанну, «святителю Моисею» и др. Похороненные в Софии подвижники стали являться Сергию «овогда во сне, овогда яве» с обличением его «безумной» дерзости и под конец «во многыя недуги вложиша его». Сергий водворился в Новгороде в трудный момент. В 1483 г. новгородские бояре в последний раз исполнили свои обязанности в качестве правителей Новгорода. По поручению Ивана III они ездили в окрестности Нарвы и заключили мир с ливонцами. Едва наступила зима, Иван III приказал арестовать «больших бояр новгородских и боярынь и казны их и села все велел отписати на себя», В 1478 г. новгородцы присягнули на верность великому князю, а тот гарантировал неприкосновенность их вотчин. Гарантом соглашения выступила церковь. Теперь Иван III провел конфискации, грубо нарушив договор, а архиепископ Сергий санкционировал его действия. Все это навлекло на Сергия презрение новгородцев.

Пробыв в Новгороде менее года, владыка сложил архиепископский сан, признав свою неспособность справиться с паствой. В прощальном послании от 26 июня 1484 г. Сергий утверждал, что покидает кафедру «за немощью». Вернувшись в Троицкий монастырь, «немощный» Сергий пришел в себя и прожил еще 20 лет.

При избрании нового владыки в Новгород Иван III отказался от жеребьевки и решил дело в пользу Геннадия Гонзова. Этот последний, облеченный доверием монарха, был человеком решительным и смелым, а кроме того, мог заплатить в казну немалые деньги за свое избрание. Менее чем через год после получения сана Гонзов в письме к князю Борису Волоцкому пытался очиститься от подозрений в том, что «принял имением (за мзду. — Р.С.) сан святительский или мирских князей помощью». Однако современники был и уверены, что владыка купил себе сан. По словам осведомленного летописца, чудовский архимандрит получил архиепископство за мзду, «а дал от того (за назначение. — Р.С.) две тысячи рублев князю великому».