Будучи в России, Максим написал множество оригинальных сочинений. Его толкования церковных писателей древности стали одним из немногих источников, откуда русские люди могли черпать разнообразные сведения, включая античную мифологию.

Максим Грек не дал втянуть себя в распри, терзавшие русскую церковь. Это позволило ему многие годы заниматься переводом церковных сочинений и исправлять старые русские книги.

В начале XVI в. сторонники церковной унии не прекращали своей деятельности в Москве. Одним из них был медик Никола Булев, приглашенный греками из Рима. По свидетельству монахов Иосифо-Волоколамского монастыря, Булев написал письмо брату Иосифа Волоцкого Вассиану. В письме он отстаивал идею единства веры и «приводил» истинное русское православие «к соединению латынскому». Рассчитывая на поддержку греков, лейб-медик просил Максима Грека изложить историю разделения христианской церкви, чтобы вразумить русских. Философ был самого высокого мнения об удивительной мудрости Булева, однако резко осуждал его приверженность католицизму.

Сын Дмитрия Грека Траханиота Юрий Малый Траханиотов сделал в Москве блестящую карьеру, став казначеем и одновременно печатником, или хранителем государственной печати. Австрийский посол называл его главным советником Василия III, «мужем выдающейся учености и многосторонней опытности». Как и отец, Ю. Д. Траханиотов был приверженцем унии. Посол прусского ордена Д. Шонберг вел длительные беседы с казначеем о соединении церкви. Из этих бесед посол вынес впечатление, что русские согласны на унию с католической церковью. О своих впечатлениях Шонберг немедленно сообщил в Рим. Имперский посол Франческо де Колло тогда же беседовал с Н. Булевым и также заключил, что Москва готова принять унию.

Папа римский в 1519 г. передал Василию III предложение принять титул царя и присоединиться со всей землей к церковной унии. Московский великий князь отклонил предложение.

Василий III сознательно старался создать на Западе представление, будто Россия готова вступить в антитурецкую лигу. Одновременно он деятельно хлопотал о мире и союзе с Портой. Главная цель его дипломатической игры состояла в том, чтобы использовать союз со Священной Римской империей для войны с Польшей. Но в окружении великого князя были люди, искренне желавшие сближения с католическим Западом. К их числу принадлежали греки.

Московские иерархи прощали грекам их симпатии идее объединения христианского мира, пока видели в католиках союзников в деле Искоренения иудаизма в Европе. После расправы с еретиками положение изменилось. В правление Василия III все больше сокращались культурные связи с Италией, падал интерес к достижениям западного мира. Наметившийся поворот в сторону Запада так и не совершился.

Положение греков в Москве отличалось некоторой двусмысленностью. По традиции московские книжники продолжали видеть в них своих учителей. Одновременно сторонники национальной церкви отказывались подчиняться авторитету константинопольского патриарха.

Мысль о превосходстве русского православия над греческим обрела после падения Византийской империи многих сторонников в России. В 1514–1521 гг. монах псковского Елиазарова монастыря Филофей обратился к Василию III с важным посланием. Следуя тезису о богоустановленном единстве всего христианского мира, Филофей доказывал, что первым мировым центром был Рим старый, за ним Рим новый — Константинополь, а в последнее время на их месте стал третий Рим — Москва. «Два Рима падоша (пали), — утверждал Филофей, — а третий стоит, а четвертого не бывать». В основе концепции Филофея лежало представление о некоем «Ромейском царстве нерушимом», сложившемся в эпоху Августа, к которой относились деяния и земная жизнь Христа. «Великий Рим» сохранил свое физическое бытие, но утерял духовную сущность, будучи пленен католичеством. Оплотом православия стало греческое царство, но оно попало под власть «неверных». Крушение двух царств расчистило место для московского православного царства.

В послании государеву дьяку Мисюрю Мунехину Филофей уточнил свою идею следующим образом: греческое царство «разорися» из-за того, что греки «предаша православную греческую веру в латинскую». Русскому двору импонировали рассуждения об исключительной исторической миссии Москвы. Но не удается обнаружить доказательств того, что теории Филофея приобрели характер московской официальной доктрины. Василий III был по матери греком и гордился своим родством с византийской императорской династией. Греки, близкие к великокняжескому двору, нападки на византийскую церковь встретили с понятным возмущением. Мать Василия III воспитывалась в Италии. Сам Василий, не чуждый духа греко-итальянской культуры, покровительствовал Максиму Греку и поощрял его деятельность по исправлению русских книг. Сомнения в ортодоксальности греческой веры ставили его в щекотливое положение.

По наблюдению П. Паскаля и В. Водова, в «русском христианстве» версия христианских идей и текстов приобрела ярко выраженный национальный характер. За полчека существования русская церковная культура неизбежно должна была приобрести некоторые самобытные черты. Не менее существенно и другое обстоятельство. Первоначально византийская церковь следовала Студийскому уставу, ставшему основой русского. Однако в XII–XIII вв. в Византии преобладание получил Иерусалимский устав. Московские митрополиты из греков Фотий и Киприан затеяли реформу с целью введения этого устава на Руси, но не довели дело до конца. Разрыв с Константинополем после Флорентийской унии увековечил древневизантийские черты в русской церковной культуре. Помимо всего прочего, старые славянские переводы греческих книг содержали множество ошибок и искажений. Таким ученым богословам, как Максим Грек, вооруженным методом филологической критики, нетрудно было обнаружить эти ошибки.

Среди московских образованных монахов деятельность Максима поначалу вызывала сочувствие, тем более что греку покровительствовал сам великий князь. Однако в 1522 г. Максим Грек подверг критике процедуру избрания московского митрополита Даниила, что изменило отношение к нему властей. После отказа подписать Флорентийскую унию русские митрополиты перестали ездить «на поставление» в Константинополь. Максим не мог смириться с вопиющим нарушением прав главы вселенской православной церкви. Даниил был избран на московскую митрополию без благословения патриарха, а следовательно, в нарушение закона. Максим Грек доказывал ошибочность решения московского собора не принимать назначения на митрополию «от цареградского патриарха, аки во области безбожных турок поганого царя». Ученый инок опровергал идею о «порушении» греческого православия под властью турок и отстаивал мысль о неоскверняемой чистоте греческой церкви. Философ без обиняков говорил, что считает избрание Даниила «безчинным».

Ученые греки пытались вернуть русскую церковь в лоно греческой. Ортодоксы увидели в их домогательствах покушение на независимость московской церкви. Споры о «чистоте» и «изрушении» греческой веры побуждали ученых греков все резче отзываться о «заблуждениях» московитов и ошибках в их богослужебных книгах. В свою очередь, московские монахи, отстаивая ортодоксальность старых русских книг и обрядов, стали обвинять греков в ереси.

Василий III понимал, сколь важна для него поддержка московской ортодоксальной церкви, и, когда жизнь поставила его перед выбором прослыть сторонником греческой «прелести» или главой истинного православного царства, он недолго колебался. Некто Марк Грек подвизался в Москве как лекарь и купец. Русские дипломаты хлопотали в Константинополе о том, чтобы султан разрешил жене Марка выехать на Русь. Впоследствии Константинополь пытался вызволить самого Марка из плена. Судя по тому, что Марк вел доверительные беседы с государем, он был одним из придворных лекарей. По словам С. Герберштейна, Марк Грек первым осмелился высказать Василию III резкие замечания по поводу тяжких заблуждений русского православия. За это он был тотчас взят под стражу и бесследно исчез. Ю. Д. Траханиотов также пытался отстаивать красоту греческой веры, а заодно вызволить Марка из беды. За это его отрешили от всех должностей. Впрочем, своего любимца монарх наказал лишь для вида. Очень скоро его вернули ко двору и ввиду его болезни позволили носить на носилках «наверх» в комнаты государя.