Спустя три года по прибытии в Херсонес Мильтиад, вместе со всеми соседними греческими городами, должен был подчиниться власти персидского царя Дария, шедшего против скифов, и сопровождать его флот со своими кораблями. Мильтиад был в числе тех тиранов, которые охраняли мост на Дунае, и более других говорил за разрушение моста и за уничтожение персидской армии. Гистией Милетский, который тогда спас царя, конечно, поспешил выставить перед царем свои собственные заслуги и открыть ему измену Мильтиада. С тех пор власть Мильтиада была ненадежна. Но прежде всего он должен был покинуть свою страну перед скифами, которые, преследуя Дария, проникли в Херсонес и на некоторое время прекратили персидское господство во Фракии.

Тотчас же после нашествия скифов Мильтиад снова возвратился в Херсонес и снова утвердил там свою власть. Он искал себе союзника в соседнем фракийском предводителе Олоре, на дочери которого и женился. От этого второго брака родился Кимон. Время Ионийского восстания, когда персидское владычество в Эгейском море прекратилось, Мильтиад употребил на завоевание отпавшего от персов Лемноса; он передал остров своему отечественному городу, Афинам, в том убеждении, что собственными своими силами не в состоянии будет защитить его от персов. Но когда после падения Милета, в 494 году, персидский флот обратился на север Эгейского моря, к Геллеспонту, Мильтиад должен был подумать и о собственном спасении. В Кардии он нагрузил всеми своими сокровищами пять трехвесельных судов и бежал в Афины. Дорогой он наткнулся в Имбросе на неприятельский флот; сам Мильтиад с четырьмя судами ушел, но пятый корабль, на котором находился его старший сын Метиох, был захвачен финикиянами. Метиох представлен был к царю Дарию, который, однако же, не сделал ему ничего худого, а напротив, подарил ему дом и поместье и женил на персиянке.

Когда Мильтиад возвратился в Афины, имея более 60 лет, но еще бодрый и крепкий, тогдашние правители государства, Ксантипп, сын Арифрона, отец Перикла, Аристид, сын Лисимаха, и другие стали смотреть на него подозрительно. Род Филидов имел в Аттике обширные владения, сам Мильтиад возвратился с огромными богатствами, был популярен за передачу городу острова Лемноса, известен своими тираническими стремлениями и своей решительностью. Не следовало ли опасаться, что человек, привыкший к неограниченной власти, опираясь на свое богатство, будет угрожать свободе и спокойствию государства? Враги привлекли Мильтиада к суду за то, что он в Херсонесе тиранически обращался с афинянами. Но народный суд оправдал завоевателя Лемноса. Таким образом, Мильтиад спокойно остался в Афинах — не для того, чтобы подчинить афинян тираническому ярму, но чтобы свергнуть с них и со всей Греции чужеземное иго, которым уже грозили персы. По прекращении Ионийского восстания Дарий решился увеличить армию, усмирившую азиатских греков, и подчинить своей власти Фракию, Македонию и Европейскую Грецию, в особенности же отмстить жителям Эретрии и Афин, которые осмелились было перенести оружие в его государство. Когда Дарию донесли, что афиняне вместе с ионянами сожгли Сарды, он натянул лук и пустил стрелу вверх, сказав: «О Зевс, дай мне отмстить афинянам!» Тогда же он отдал приказ своему слуге каждый день, лишь только он станет садиться за стол, троекратно повторять: «Государь, помни афинян!» Кроме того, Иппия, прибывший из Сигейона в Сарды ко двору Артаферна, уже целый год возбуждал персидского царя против Афин, имея в виду с помощью персов снова сделаться тираном.

Дарий поручил главное начальство над морскими и сухопутными силами, которые предназначались для завоевания Европы, Мардонию, молодому человеку и близкому своему родственнику. Он был зять царя и незадолго перед этим женился на его дочери Артазостре. В 493 году из Геллеспонта двинулись сухопутная армия и флот, чтобы поднять против Греции Фракию и Македонию. Но флот, вследствие чрезвычайно рано наступившей и жестокой зимы с 493 на 492 год, потерпел страшное крушение при мысе Афонском, причем погибло 300 кораблей и 20000 человек. В то же время сухопутная армия, при которой находился Мардоний, подверглась в Македонии нападению фракийского племени вригов и была отчасти истреблена; сам Мардоний был ранен. После страшных потерь Мардоний не отважился идти дальше в такое дурное время года в таком суровом климате; он отвел войско и флот в Азию, и Афины были на этот раз спасены. Мардоний впал у царя в немилость, хотя его завоевания во Фракии и Македонии были довольно значительны и, пока Дарий был жив, не требовали новых военных предприятий.

Дарий, однако же, не покидал своих планов относительно Греции. В 491 году все приморские города персидского царства получили повеление приготовить свои военные суда и построить транспортные для лошадей. Во избежание трудностей и опасностей на северном море теперь предполагалось плыть от азиатских берегов по Эгейскому морю, мимо Кикладских островов, прямо к Эвбее и Аттике, и дорогой покорить Киклады. Но предварительно Дарий отправил послов на острова и европейский материк с приказанием требовать земли и воды, в знак подчинения. Жители островов дали землю и воду; то же сделали и многие города на материке; но раздраженные спартанцы бросили персидских послов в колодезь, насмешливо прибавив, что здесь они найдут для себя и землю, и воду, а афиняне, по предложению Мильтиада, свергли их в Варафрон — пропасть, в которую обыкновенно бросали преступников! Такое нарушение международного права повело к разрыву с персами.

Персидский флот, который должен был принять на себя сухопутную армию с бесчисленной конницей, собрался весной 490 года в Киликии. В нем было 600 трехвесельных судов. Во главе войска Дарий поставил Артаферна, меньшего сына своего брата Артаферна, наместника Сард, а в советники ему назначил пожилого человека из Лидян, по имени Датис. «Идите на Грецию, — говорил им Дарий, — поработите этих упрямцев и приведите их ко мне». Флот двинулся от Самоса через Киклады. Наксос, так храбро выдержавший прежде нападение персидского флота, под начальством Аристагора, был опустошен, а город его был предан огню; напротив того, Делос, остров лучезарного Аполлона, был пощажен и даже удостоился почестей, потому что персы считали свет верховным божеством. Остальные острова были наказаны, и флот направился к Эретрии. В течение шести дней стены города безуспешно были штурмованы; на седьмой день два знатнейших человека, Эвфорб и Филагр, предали свой отечественный город варварам. Он был разграблен и сожжен, остаток жителей обращен в рабство.

Отправив пленных и раненых эретрийцев на маленький остров Эгилею в Эвбейском проливе, персидское войско, руководимое Иппией, высадилось на берег Аттики, в Марафонском округе, несколько в стороне от Эвбеи. В Марафонском округе Писистратиды имели некогда самых верных приверженцев, и Иппия рассчитывал, что к нему немедленно присоединятся все и что он, как то было 48 лет тому назад, при его отце, быстро и победоносно пройдет отсюда в Афины. Как только корабли пристали к берегу, армия тотчас же нашла место, удобное для лагеря и для того, чтобы вытащить суда на сушу. Артаферн разбил свою палатку на возвышенности, у морского берега, в северном углу Марафонской равнины, откуда можно было сразу обозреть все поле.

Стотысячная армия страшного воинственного народа расположилась лагерем на аттической земле и опустошала берега вверх до самой Виотии; бежавшие поселяне толпами устремились в главный город, распространяя повсюду смятение и ужас. Но о переговорах, о подчинении не думал никто; было решено защищать свободу и отечество до последней крайности, хотя нельзя было рассчитывать на какую бы то ни было поддержку от ближайших соседей, которые отчасти даже держали сторону персов; помощь Спарты была далека и сомнительна. Спасение нужно было ожидать от собственной храбрости, благоразумия и единодушия людей, стоявших во главе войска. Десять стратегов или предводителей, выбираемых ежегодно из 10 фил, составляли вместе с архонтом-полемархом — главнокомандующим — военный совет, причем каждый предводительствовал гоплитами своей филы. В числе таких предводителей в настоящем году были лучшие из афинян — Каллимах (он был полемархом), Аристид, Фемистокл, Стесилай, Мильтиад. На Мильтиада в настоящих затруднительных обстоятельствах обращены были все взоры. Он был известен за человека великой опытности, за храброго и умного предводителя; в прежнее время он имел достаточно случаев ознакомиться с образом войны и с вооружением персидской армии; притом он уже доказал на Дунайском мосту, до какой степени была близка его сердцу свобода греков и его отечества. Мильтиад был жестоким врагом персов и привезенного ими Иппии; после своего поступка на мосту, после завоевания Лемноса, которым владели персы, после умерщвления; персидских послов, он не мог ожидать для себя от варваров ничего хорошего. Мильтиад был за борьбу до последней крайности; он надеялся, что греческое мужество победит дикие полчища азиатцев, и его решительность, его уверенность наполняли радостью сердца афинян.