Год спустя после начала войны одна из высших чиновниц в российской судебной иерархии не ведала о каком-либо изменении официальной политики в отношении «служителей культа». Причина очевидна: реального изменения политики в отношении верующих не произошло.

Какое-либо влияние религии или религиозных институций в армии не допускалось. К примеру, военной цензурой Сталинградского фронта конфисковывались направленные на фронт «религиозные» письма наряду с «упадническими», содержащими «побуждение к дезертирству», «жалобы семей военнослужащих», «сообщения о результатах бомбежек вражеской авиацией». Все они маркировались как содержащие «отрицательные высказывания».

Открыть и содержать свой лазарет прихожанам Князь-Владимирского собора в Ленинграде не разрешили: «подобная конкретная благотворительная деятельность осталась под запретом и после начала войны. Приходам позволяли перечислять деньги только в общие фонды: Красного Креста, обороны и т. п.» В апреле 1943 года по предложению епископа Калужского Питирима местные «церковники» приняли шефство над одним из госпиталей. Это быстро вызвало соответствующую реакцию НКГБ. Уже 12 мая 1943 года зам. наркома НКГБ СССР Б. З. Кобулов докладывал А. С. Щербакову: «НКГБ СССР приняты меры к недопущению впредь попыток со стороны церковников входить в непосредственные сношения с командованием госпиталей и ранеными под видом (курсив мой. — О. Б.) шефства».

Мало что в этом отношении изменилось и после «примирения» с Церковью в сентябре 1943 года. Капитан М. М. Коряков, военный корреспондент при штабе 6‐й воздушной армии, 21 мая 1944 года сообщил старосте церкви местечка на Волыни, в котором стояла редакция его газеты, о кончине патриарха Сергия. В тот же день в церкви отслужили панихиду. Это было интерпретировано его начальством как то, что Коряков панихиду заказал. В ходе проработки ему разъяснили «политику партии»: «Если мы сейчас даже с такой сволочью, как Черчилль, находимся в коалиции, то могли войти на время в соглашение и с попами… после войны мы сведем счеты и с поповской сволочью». Коряков был отстранен от литературной работы как «идеологически чуждый человек» и отправлен в пехоту.

Снижение масштабов и смягчение жестокости репрессий против «церковников и сектантов» не означало их прекращения. В 1942 году были репрессированы 1106 человек. При этом численность населения, оказавшегося на оккупированных территориях, в то время достигала своего максимума — приблизительно 68 млн человек. Не прекращались репрессии даже в блокадном Ленинграде. По данным Управления НКВД по Ленинградской области на 1 октября 1942 года, с начала войны в Ленинграде было «вскрыто и ликвидировано 625 контрреволюционных групп и формирований, из них 7 церковносектантских». В июне — июле 1942 года были арестованы 18 членов нелегальной общины иосифлян во главе с архимандритом Клавдием (К. С. Савинским). Третьего августа 1942 года ВТ войск НКВД Ленинградского округа приговорил архимандрита Клавдия, монахиню Евдокию (Е. П. Дешкину) и А. Ф. Чистякова к расстрелу (казнены 18 августа), остальных 15 подсудимых — к различным срокам заключения.

Продолжалось истребление верующих женщин в лагерях. Свердловский облсуд 4 июля 1942 года приговорил к расстрелу Елену Стребкову, Марию Кузнецову, Анну Гаврилову и Дарью Назарову за то, что они «под прикрытием религиозных убеждений категорически отказались выходить на работу». Осужденные отказались не только подписать приговор, но и выслушать его. Четырнадцатого сентября 1942 года их расстреляли. Двадцать девятого июля 1942 года Карагандинский облсуд приговорил к расстрелу Марию Быковскую, Агафью Буркину, Афимию Гудееву-Атапину, Елену Дуванскую за организацию «контрреволюционной группы», в которую они «вовлекали новых участников, проводя среди заключенных под видом религиозных собеседований антисоветскую агитацию». Все «агитаторы», трое из которых были неграмотными, а одна — малограмотной, были расстреляны 20 октября 1942 года.

ВС Мордовской АССР 20 июля 1942 года приговорил к расстрелу девять женщин — Акулину Бакурееву, Анастасию Балахонову, Матрену Малышенкову, Феклу, Ольгу и Прасковью Минькиных (возможно, родственников), Василису Огареву, Наталью Пакшину, Раису Старостину по статьям 58–10, ч. 2, 58–11 и 58–14. Председатель ВС РСФСР рекомендовал применить смертную казнь только в отношении «организатора контрреволюционной группы», которой была сочтена Пакшина, заменив ее остальным осужденным новым сроком заключения. Однако это вызвало протест зам. председателя ВС СССР, не усмотревшего в деле каких-либо смягчающих обстоятельств. Возможно, сыграла роль бескомпромиссная позиция осужденных, не выразивших никакого раскаяния. Пакшина, согласно выписке из дела, заявила следующее:

Все осужденные были из крестьян-единоличников, неграмотные или малограмотные. Пятнадцатого октября 1942 года все они были расстреляны.

В 1943 году число репрессированных «церковников и сектантов» снизилось до 539, однако в статистике НКВД появились в качестве отдельных категорий мусульманское духовенство и «муссекты» (43), буддийское (9) и еврейское (2) духовенство. Снижение числа репрессированных было вызвано становившимся все более очевидным поворотом в государственной политике в отношении РПЦ. В январе 1943 года Церкви впервые разрешили открыть счет для сбора пожертвований на оборону страны, что означало де-факто «дарование» РПЦ статуса юридического лица. Четвертого сентября 1943 года состоялась встреча Сталина и Молотова с митрополитами Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем), во время которой иерархам было сообщено о радикальном изменении государственной политики в отношении РПЦ. Сталин намеревался использовать РПЦ прежде всего для достижения внешнеполитических целей.

С Церковью не примирились, ее использовали. Курировал РПЦ тот же полковник НКВД Г. Г. Карпов, только теперь он именовался председателем Совета по делам РПЦ при СНК. Показательно отношение к просьбе митрополита (вскоре ставшего патриархом) Сергия об амнистии арестованных иерархов. Сергий поднял вопрос об этом во время встречи со Сталиным, тот предложил передать список Карпову. Патриарх передал список из 26 архиереев 28 октября 1943 года. Он, конечно, не мог знать, что 25 из них были расстреляны в 1937–1938 годах. В живых оставался только архиепископ Николай (Могилевский). Казалось бы, освободить находившегося на положении «вольного ссыльного» в Казахстане архиепископа Николая не составляло труда. Однако увидеть своего исповедника или узнать о его освобождении патриарху не довелось: архиепископ был освобожден по решению Особого совещания при НКВД лишь 19 мая 1945 года.

«Примирение» не изменило принципиального отношения НКВД к «служителям культа» и верующим как враждебным элементам. Продолжалась, как и до «примирения», «агентурно-оперативная работа» по выявлению «антисоветского элемента среди церковников». УНКГБ по Ленинградской области докладывало, что во втором полугодии 1944 года на «антисоветский элемент среди церковников в гор. Ленинграде заведено представляющее оперативный интерес агентурное дело „Теософы“», продолжалась работа по агентурному делу «Иосифляне», были выявлены «отдельные факты вражеской работы антисоветского элемента из числа церковников и сектантов среди молодежи». Шла «зачистка» освобожденных территорий от «ненадежных элементов», выявление и наказание коллаборационистов. Сотрудничество с оккупантами носило массовый, хотя во многих случаях вынужденный характер: только в Краснодарском крае по состоянию на 25 марта 1943 года по обвинению в коллаборационизме содержались под стражей свыше 10 тыс. человек. Учитывая эти обстоятельства, прокуратура СССР и ВС СССР в 1942–1943 годах приняли ряд постановлений, разъясняющих, что лица, «занимавшиеся своей профессией», не подлежат привлечению к уголовной ответственности. Практически все «занимавшиеся своей профессией» служители Церкви были вынуждены в той или иной форме взаимодействовать с оккупантами. Среди них были и коллаборационисты, и люди, стремившиеся максимально дистанцироваться от «политики», и патриоты, оказывавшие помощь партизанам.