В нормализации работы ВУЧК было много трудностей, которые требовали от сотрудников украинской ЧК огромного напряжения сил и энергии, проявления стойкости и героизма, преданности интересам своего народа.

Первым председателем ВУЧК правительством Украины был назначен Исаак Шварц («Семен»), бывший литейщик из Николаева, один из организаторов Компартии Украины, руководителей партийного подполья и партизанского движения в период австро-немецкой оккупации территории республики. В июле 1918 года, отправляясь на подпольную работу на Украине, Шварц был принят Лениным. Его заместителем стал Ф. Николаенко (трагически погиб при подавлении куреневского контрреволюционного восстания).

Организационное становление ВУЧК, ее структура и штаты, формирование подчиненных местных чрезвычайных комиссий на территории республики было завершено к середине 1919 года. Центральный аппарат ВУЧК состоял из секретного, юридического, оперативного, иногороднего и инструкторского отделов, подотделов информации и связи, контрольно-ревизионной и вспомогательных технических служб. В марте 1919 года был создан отдел иностранного контроля для борьбы с деятельностью агентуры иностранных государств. В дальнейшем этот отдел, по существу, превратился в разведывательный, положив начало функционированию подразделений украинской разведки.

С самого начала своего основания ВУЧК в своей деятельности получала постоянную и значительную помощь со стороны ВЧК. Российская ВЧК передала личный состав окружного Курского отдела и 29 пограничных чрезвычайных комиссий в подчинение Всеукраинской ЧК.

Хотя органы Украинской ЧК строились с использованием профессионального опыта и при помощи руководящего состава российской ВЧК, на Украине сказывались местные кадровые трудности, засоренность аппаратов органов безопасности малограмотными, не очень способными, порой ненадежными людьми, действия которых нередко вызывали обоснованные протесты украинского населения. В частности, касаясь формирования и деятельности Крымской ЧК, Дзержинский отмечал, что там процветают уголовщина, пьянство и грабежи. Пока в ней будут оставаться деклассированные матросы, «хулиганство не прекратится».

В мае 1919 года в составе ВУЧК создаются Особые отделы — специальные органы военной контрразведки, которые вели активную борьбу с контрреволюцией на фронте и шпионажем в вооруженных частях. Военные контрразведчики руководили работой разведчиков за границей, в тылу белогвардейских войск, на оккупированной иностранными государствами украинской территории.

В 1919 году подрывная деятельность внутренней и внешней контрреволюции приняла особо опасный характер. Об этом свидетельствует телеграмма правительства Украины Ленину, в которой сообщалось о принимаемых мерах по беспощадной борьбе с «бандитизмом… и советским безвластием». В телеграмме также говорилось, что «…без энергичной поддержки Москвы нам придется потратить много времени и затратить больше сил». Украина искала спасения и помощи у России от иностранной интервенции. ВУЧК вела напряженную борьбу против белогвардейского и петлюровского шпионажа, вооруженного бандитизма, по существу, обеспечивала крепость новой советской власти. С учетом этих обстоятельств, а также дальнейшего обострения классовой борьбы правительство обратилось к Ленину с просьбой направить на Украину опытных работников московской и петроградской чрезвычайных комиссий. «Отпустите, — говорилось в телеграмме, — если можете, Лациса, а также направьте отряд опытных чекистов». Ленин с большим вниманием отнесся к этой просьбе. В конце марта на Украину с группой чекистов прибыл, по оценке Владимир Ильича, «один из лучших, испытанных коммунистов» Мартин Лацис, член коллегии ВЧК. 2 апреля правительством Украины он был назначен председателем ВУЧК. Перед отъездом Лациса на Украину Ленин нашел время для встречи и обстоятельного разговора с ним. Для характеристики мировоззрения одного из создателей ВЧК достаточно привести цитату из статьи Лациса в журнале «Красный террор», издаваемом ВЧК: «Мы не ведем войны против отдельных лиц. Мы истребляем буржуазию как класс. Не ищите на следствии материалов и доказательств того, что обвиняемый действовал делом или словом против советской власти. Первый вопрос, который мы должны ему предложить: к какому классу он принадлежит, какого он происхождения, воспитания, образования или профессии. Эти вопросы и должны определить судьбу обвиняемого. В этом — смысл и сущность красного террора».

В мае 1919 года правительство Украины обратило внимание Лациса на необходимость строгого соблюдения чекистскими органами законоположений советской власти.

Деятельность ВУЧК ориентировалась на беспощадность и решительность в пресечении враждебных действий против власти народа, вооруженных выступлений, заговоров и мятежей. Одновременно применялся дифференцированный подход к заблуждающимся лицам, втянутым в преступные действия, по словам Лациса, «из-за недоразумения, из-за науськивания контрреволюционных элементов».

Большое значение придавалось профилактической работе, предупреждению контрреволюционных преступлений. «Перед сотрудниками ЧК ставилась в качестве главной задачи, — говорил Дзержинский, — предупреждение преступлений, что, разумеется, в смысле эффекта производит меньше впечатления, по существу же дает несравненно большие результаты».

В своем первом циркулярном письме Всеукраинской ЧК Лацис потребовал от украинских чекистов применять в борьбе с контрреволюцией более глубокий, классовый подход при определении меры наказания, строго соблюдать социалистическую законность. Он предпринял ряд существенных мер по завершению создания боеспособной ВУЧК, совершенствованию ее деятельности, упразднил уездные ЧК, где было много случайных и малопригодных сотрудников, улучшил подбор кадров из преданных советской власти морально устойчивых красноармейцев, рабочих и крестьян. «ЧК так должна поставить свою работу, чтобы население ее не пугалось, а нуждалось в ней. Каждый честный гражданин должен найти для себя в лице ЧК защитницу от всяких насилий и контрреволюционных опасностей», — отмечал Лацис.

В правовом отношении ВУЧК являлась самостоятельным органом в республиканском механизме исполнительной власти и подчинялась правительству УССР. Назначение руководителей ВУЧК и губернских органов осуществлялось только по решению правительства Украины.

Общие задачи борьбы с внешней и внутренней контрреволюцией порождали необходимость самого тесного сотрудничества российских и украинских спецслужб в интересах единого фронта борьбы с врагами советской власти. Специальным решением украинского правительства ВУЧК получила право оказывать помощь российским органам ВЧК. Наиболее серьезные операции они разрабатывали и осуществляли совместно. Так, когда украинские органы безопасности арестовали верхушку анархистов-махновцев, окончательное расследование по этому делу велось в российской ВЧК.

Летом 1919 года стала создаваться правовая база сотрудничества ВЧК и ВУЧК. Основой для этого стали, прежде всего, договоры братских советских республик России и Украины о военно-политическом союзе от 1 июня 1919 года, а позже — и союзный рабоче-крестьянский договор от 28 декабря 1920 года.

На Украине самым широким образом был использован опыт организации чекистских органов, соответствующие директивные и нормативные материалы повседневной оперативно-служебной деятельности ВЧК. ВУЧК систематически пользовалось нормативными и методическими документами ВЧК, в частности инструкциями, научными и практическими пособиями по вскрытию подрывной деятельности, выявлению шпионажа, производству процессуальных следственных действий. Следует иметь в виду, что в условиях Гражданской войны, по мере обострения классовой борьбы, исключавшей какие-либо компромиссы, ВЧК переходит к крайним мерам — обширной агентурной работе, заложничеству, концентрационным лагерям, красному террору. Безусловно, многие подобные методы стали использоваться и сотрудниками ВУЧК в борьбе с внутренней контрреволюцией.