Еще в 1977 г. финский исследователь С. Мюллюниеми тщательно изучил эту проблему и показал, что вышеприведенные утверждения явились результатом недобросовестных выводов в условиях «Холодной войны». В западной литературе убедительным доказательством целенаправленных действий Советского Союза против националистического подполья в июне 1941 г. считается «Инструкция о порядке проведения операции по выселению антисоветского элемента из Литвы, Латвии и Эстонии», которая, как утверждают, была подписана заместителем наркома государственной безопасности СССР комиссаром государственной безопасности 3-го ранга И.А. Серовым 11 октября 1939 г. Однако совершенно очевидна ошибка в датировке. Когда немцы летом 1941 г. заняли Прибалтику, они захватили много русских документов о массовых депортациях. Вышеупомянутая инструкция Серова была опубликована в своей первоначальной форме на русском языке уже в 1942 г. Прежде всего, бросается в глаза, что сам документ не датирован, так что приходится датировать его на основе других документов.

Ошибочная датировка восходит к заявлениям созданного Палатой представителей Конгресса США Специального комитета по расследованию коммунистической агрессии и насильственного включения государств Прибалтики в СССР, который в 1954 г. в своем исследовательском отчете опубликовал инструкцию Серова и другие документы и сделал вывод о том, что речь идет о приказе наркома внутренних дел СССР № 001223 от 11 октября 1939 г. Затем эта датировка Комитета без всякой критики была принята исследователями. При этом не было принято во внимание, что датировка находится в противоречии с известными фактами. Например, комиссар государственной безопасности 3-го ранга И.А. Серов стал первым заместителем наркома государственной безопасности СССР лишь в связи с проведенной в 1941 г. организационной реформой. Анализ содержания инструкции в первоначальной русскоязычной форме показал, что в ее тексте употребляются сокращения как НКВД, так и НКГБ. Это ясно указывает на то, что подписанная комиссаром государственной безопасности 3-го ранга И.А. Серовым инструкция могла появиться лишь после 3 февраля 1941 г., так как с этого момента НКВД был разделен на два наркомата. Приказ наркома внутренних дел № 001223 от 11 октября 1939 г. является совершенно другим документом, который, правда, относится к обращению с антисоветскими элементами на принадлежавших в то время Советскому Союзу территориях (возможно, бывших польских территориях), но чье содержание остается точно не известным[1876].

Теперь, спустя еще 30 лет, можно более точно установить многие даты этой запутанной истории. Публикация приказа НКВД СССР № 001223 «О введении единой системы оперативного учета антисоветских элементов, выявляемых агентурной разработкой» от 11 октября 1939 г. показала, что все связанные с ним фантазии совершенно безосновательны[1877]. Вопрос о разделении НКВД СССР на два наркомата прорабатывался на уровне правительства с конца января 1941 г. и 3 февраля Политбюро ЦК ВКП(б) утвердило изданное в тот же день соответствующее постановление СНК СССР[1878]. Комиссар государственной безопасности 3-го ранга И.А. Серов был назначен первым заместителем наркома государственной безопасности СССР 25 февраля 1941 г. и в начале лета 1941 г. занимался операцией по выселению антисоветских и социально опасных элементов из Прибалтики[1879]. Подготовка этой операции началась с того, что 12 мая 1941 г. нарком государственной безопасности Литовской ССР направил в Москву докладную записку с предложением выселить из республики активный антисоветский элемент, уголовников и проституток[1880]. 16 мая наркомы внутренних дел и государственной безопасности СССР направили в ЦК ВКП(б) докладную записку № 1394/б, в которой поддержали это предложение. Однако, видимо, в ходе обсуждения этого вопроса было решено распространить подобную меру на все республики Прибалтики. Внеся в текст документа соответствующую рукописную правку, И.В. Сталин наложил резолюцию: «т. Меркулову. На подготовку»[1881]. Соответственно в тот же день нарком государственной безопасности СССР направил в ЦК ВКП(б) докладную записку № 1687/м, содержавшую проект постановления ЦК ВКП(б) и СНК СССР «О мероприятиях по очистке Литовской, Латвийской и Эстонской ССР от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента», которым как раз и предусматривалась разработка специальной инструкции «о порядке проведения арестов и ссылки»[1882].

Хотя до сих пор остается неизвестной точная дата утверждения советским руководством этого предложения, 19 мая нарком государственной безопасности СССР направил НКГБ Литовской ССР указание № 77 «О подготовке и проведении операций по очистке территории республики от антисоветского, уголовного и социально опасного элемента»[1883]. В немецкой публикации, на которую ссылается С. Мюллюниеми, опубликован еще один документ, позволяющий установить время введения этой инструкции в действие. Это указания наркома государственной безопасности Литовской ССР старшего майора государственной безопасности П.А. Гладкова о подготовке операции по выселению, которые вместе с подписанной Серовым инструкцией были направлены 6 июня 1941 г. всем оперативным тройкам уездных отделов и отделений НКГБ республики[1884]. Таким образом, совершенно очевидно, что вышеупомянутая инструкция была подготовлена и подписана И.А. Серовым в конце мая – начале июня 1941 г. Вместе с тем, в литературе высказаны сомнения в подлинности этого документа, выявить который в Центральном архиве ФСБ РФ не удалось[1885].