Колпаковкий, обидевшись на удачливого соперника, решил лишить его и подчиненных заслуженных наград за успешно проведенное дело. Однако Кауфман грудью встал на защиту своего любимца. «Молодецкие дела генерала Скобелева, всего наманганского отряда и пособников генерала Скобелева составляют мою гордость и дают им всем право на горячее ходатайство о награждении отличившихся», – писал он Колпаковскому. Тому не оставалось ничего другого, как подчиниться воле начальника и, уступив славу победителю Скобелеву, довольствоваться торжественной встречей, которая была ему организована Михаилом Дмитриевичем при въезде в Коканд 15 февраля. Сам Скобелев за эту победу был пожалован Золотой саблей с надписью «За храбрость».

Борьба продолжалась. Остатки кокандских войск собрались на востоке ханства у Маргелана и Оша, где вскоре получили подкрепление, оружие и боеприпасы. Они стали угрожать русским территориям и отрядам, подвергая их время от времени опустошительным набегам.

Кауфман, вернувшись из Петербурга, послал против кокандцев войска. 7 сентября русские отряды подошли к Маргелану, и жители открыли перед ними ворота. Азиатские воины, не сумев организовать сражение, разбежались по окрестности, преследуемые конницей Скобелева.

После этой неудачи Коканд уступил России земли по правому берегу реки Нарым, которые образовали новый Наманганский округ. Однако, едва русские войска покинули пределы ханства, как оно было охвачено восстанием. Вожди кокандцев Пулат-хан и Абдурахман провозгласили «газават» – священную войну против иноверцев, и под его лозунги за несколько дней собрали под зеленые знамена ислама около 70 тысяч воинов. Намерения кокандцев были совершенно очевидные.

Кауфман решил упредить противника в нанесении удара. Он организовал экспедицию, поручив командование генералу В. Н. Троицкому. 1 октября русские войска в результате ожесточенного штурма овладели крепостью Андижан, уничтожив при этом около четырех тысяч вражеских солдат. Русские войска потеряли 8 человек убитыми, 38 ранеными и 18 контуженными.

В декабре того же года в Коканде вновь вспыхнуло восстание. Подавление его было поручено начальнику Наманганского округа недавно произведенному в генерал-майоры М. Д. Скобелеву. Михаил Дмитриевич сразу же устремился на отряды Пулат-хана, засевшие в Маргелане. Но на полпути к цели становится известно, что в тылу русских войск, как это было неоднократно и ранее, восстал Наманган. Скобелев принимает решение вернуться и наказать непокорных.

27 октября, после непродолжительного сопротивления, Наманган был взят штурмом, а затем сожжен. Его защитники потеряли почти 4 тысячи человек. Потери отряда Скобелева составили 6 человек убитыми, 32 ранеными.

Закончив с этим делом, Скобелев с отрядом в 2800 человек вновь пошел на Пулат-хана. 31 декабря в сражении на Балыкчанских завалах он разгромил 20-тысячное кокандское войско.

Верещагин писал: «Во время этой кампании Скобелев повторил маневр, прославивший многих кавалеристов, включая израильтянина Гедеона и великого могола Индии Акбара: известясь о том, что поблизости расположилось большое скопище кокандской конницы, рассчитывавшей ударить на нас врасплох, он с отборною сотнею оренбургских казаков под начальством лихого офицера Машина подкрался ночью к неприятельскому стану и без факелов и криков: «Меч Бога и Кауфмана!», с одним «ура!» так налетел на крепко спавших неприятелей, что они в панике, давя и убивая друг друга, разбежались во все стороны, не проявив ни малейшего сопротивления. По словам Скобелева, на другой день было собрано на поле битвы 2000 чалм. Даже если и 1000 только, то дело сделано было недурно».

4 января 1876 года вновь приступом был взят Андижан. Затем к концу месяца добровольно сдался русским властям Абдурахман. Пулат-хан был пойман и за зверства над пленными русскими солдатами повешен.

Таким образом, кокандский поход стал очередной ступенью на пути Скобелева к славе. За боевые отличия М. Д. Скобелев был награжден орденом Святого Георгия 3-й степени и Золотой шпагой, украшенной бриллиантами, а также был причислен к свите Его Величества. 26 ноября 1876 года для всех участников Хивинского похода была учреждена медаль из светлой бронзы «За покорение ханства Кокандского».

Вскоре кокандцы начали собирать новые силы, но наступила зима, а действовать зимой не были готовы, и Скобелев решил использовать это обстоятельство. Он сформировал сильный отряд и повел его за Сырдарью. Русские, не встречая сильного сопротивления, разоряли села. Но кокандцы, разбитые в одном месте, собирали силы в другом.

Тогда Скобелев перешел к другой тактике. Сформировав маневренный отряд, посадив пехоту на арбы, он начал преследовать даже мелкие отряды азиатов. Наконец он вышел на главные силы противника – отряд самого правителя Абдурахмана. Русские внезапно окружили противника. Поняв безвыходность своего положения, Абдурахман сдался на милость победителя и был сослан на жительство в Екатеринославль (ныне Днепропетровск на Украине).

Для окончательного разгрома противника Скобелев из состава главных сил сформировал небольшой отряд и направил его против последнего вожака кокандцев – Фулат-бека. Командиром этого отряда был назначен полковник Меллер-Закамольский, начальником штаба – капитан Куропаткин. Этот отряд дважды догонял и громил Фулат-бека до тех пор, пока и этот вожак не был пленен.

Разгром отряда кокандцев и пленение Фулат-бека стало хорошим толчком для карьерного роста молодого капитана Генерального штаба Алексея Николаевича Куропаткина. За боевые отличия против кокандцев он был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени.

12 февраля был взят Коканд, а его последний правитель хан Насрэддин, лишившись власти, был выслан в Россию. 19 февраля 1876 года Кокандское ханство было официально присоединено к Российской империи и прекратило свое существование. Его земли составили новую Ферганскую область Российской империи, которая также была включена в состав Туркестанского генерал-губернаторства. М. Д. Скобелев был назначен первым генерал-губернатором Ферганской области.

После этого характер деятельности Михаила Дмитриевича резко изменился. После блестящих военных он начал проявлять выдающиеся административные способности. Если до этого он действовал решительно и смело силой оружия, то теперь управлял при помощи добра, мудрости и ласки. Он был доступен для многочисленных посетителей, обиженные находили в нем защитника, обидчики – строгого судью.

Михаил Дмитриевич подчеркнуто уважал местные обычаи. Поступая так, он вселял и укреплял у новых подданных мнение, что с русскими лучше жить в мире, чем во вражде, что созидательный хозяйственный труд приносит больше пользы, чем случайная военная добыча. Вскоре такое мнение стало господствующим среди населения на всем севере Ферганы.

В это время Михаил Дмитриевич проявил себя и как человек, склонный к тонкой политической игре. Юг Ферганской области обрамляли высокие Алтайские горы, за которыми высился Памир. За Памиром был Афганистан – в то время загадочное для русских ханство. Другая часть Памира принадлежала Китаю. Общим для этих горных мест было название Кашгар, общей была властная правительница – «дахты» Курган-джан, общим было название подвластного ей народа – кара-киргизы. Кара-киргизы считались самыми воинственными из племен Ферганы, с которыми считались даже некогда могучие ханы Коканда.