Церковная жизнь Византии во время Комнинов и Ангелов вызывает интерес, во‐первых, при взгляде на отношения между церковью и государством и, во‐вторых, когда речь заходит об отношении Восточной церкви к Западной.

В одной из редакций «Истории» Никиты Хониата содержатся такие слова Исаака Ангела: «На земле нет никакого различия во власти между Богом и императором; царям все позволительно делать и можно нераздельно употреблять Божие со своим, так как они получили царскую власть от Бога и между Богом и ими нет расстояния». Тот же писатель, говоря о церковной деятельности Мануила Комнина, изрекает общее суждение о византийских императорах, которые считают себя «непогрешимыми судьями дел божеских и человеческих». Эту точку зрения поддерживали во второй половине XII века и духовные лица. Известный греческий канонист и комментатор так называемого Псевдо-Фотиева Номоканона (канонического сборника XIV века) антиохийский патриарх Феодор Вальсамон, живший при последних Комнинах и первом Ангеле, писал: «Императоры и патриархи должны быть уважаемы, как учители (церкви), ради силы святого помазания. Отсюда‐то происходит власть правоверных императоров наставлять христианский народ и, подобно священникам, приносить Богу воскурение… Мощь и деятельность императоров касаются тела и души (человека), тогда как мощь и деятельность патриарха касаются только одной души». Тот же автор заявляет: «Император не является субъектом ни законов, ни канонов».

Первые два Комнина, являясь вообще защитниками восточной православной веры, тем не менее соглашались, под давлением политических причин, на некоторые уступки в пользу католической церкви. Третий же Комнин, Мануил, уже слишком усердно приносил интересы Восточной церкви в жертву своей несбыточной западной политике.

Во внутренней церковной жизни империи главное внимание государей было обращено на борьбу с догматическими заблуждениями и еретическими движениями. Одна сторона в церковной жизни смущала императоров – чрезмерный рост церковного и монастырского имущества, против чего правительство и принимало время от времени соответствующие меры.

Алексей Комнин для нужд государственной обороны и для вознаграждения лиц, помогших ему овладеть престолом, конфисковал часть монастырских имений и перечеканил в деньги некоторые церковные сосуды. Однако, уступая возникшему вследствие этого недовольству, император возвратил церквам стоимость взятых сосудов и осудил свое поведение специальной новеллой «О неупотреблении священных сосудов на общественные надобности». Дальше него пошел Мануил – восстановлением отмененной новеллы 964 года императора Никифора Фоки он положил предел дальнейшему увеличению церковной и монастырской собственности, хотя затем вынужден был по возможности смягчать суровые для духовенства последствия данного распоряжения.

Непорядки и моральный упадок в духовном сословии тревожили сердце Алексея Комнина, который в одной из своих новелл объявлял, что «христианская вера подвергается опасности, так как церковный чин с каждым днем приходит все в худшее состояние», и намечал целый ряд мер для поднятия нравственного значения духовенства. Далеко не всегда, однако, императору удавалось проводить свои благие начинания в жизнь.

Выступая иногда против чрезмерного увеличения церковной собственности, Комнины в то же время являлись нередко покровителями и основателями монастырей.

При Алексее Афонская гора была объявлена свободной до скончания века от всяких податей и других притеснений, причем указывалось, что «гражданские чиновники не должны иметь никаких сношений со Св. Горой». Как и прежде, Афон не зависел ни от какого епископа – прот, то есть председатель совета игуменов афонских монастырей, рукополагался самим императором, и, таким образом, Афон находился в прямой зависимости от самого государя. При Мануиле русские, жившие уже раньше на Афоне и имевшие там небольшой монастырь, получили по постановлению протата (совета игуменов) обитель Пантелеймона47.

Тот же император Алексей Комнин помог монаху Христодулу основать на острове Патмос, где, по преданию, Иоанн Богослов написал Апокалипсис, монастырь во имя этого святого. Изданным по этому делу хрисовулом император подарил означенный остров Христодулу в вечную, неотъемлемую собственность, освободил его от всяких налогов и запретил доступ на остров всяким государственным чиновникам. Строжайший режим жизни был введен в монастыре. По словам Ф. Шаландона, «остров Патмос сделался маленькою религиозною, почти независимою республикой, где могли жить одни монахи». Но атаки сельджуков заставили Христодула покинуть Патмос и искать спасения на Эвбее, где Христодул и умер в конце XI века.

Иоанн Комнин построил в Константинополе монастырь Вседержителя (Пантократора) и учредил при нем для бедных мирян в высшей степени благоустроенную больницу на пятьдесят кроватей, внутреннее устройство которой, подробно описанное в опубликованном по этому делу императором уставе (типиконе), являет собой пример «может быть, самого трогательного, что история сохранила насчет гуманитарных понятий в византийском обществе» (Успенский). Интеллектуальная жизнь времени Комнинов отличалась усиленной деятельностью. Некоторые ученые называют даже эту эпоху временем эллинского возрождения, подготовленного такими выдающимися людьми империи, как, например, ученый, автор философских и исторических трудов Михаил Пселл. Это умственное оживление выразилось при Комнинах, между прочим, в появлении различных еретических учений и догматических заблуждений, с которыми императоры, как защитники истинной веры, должны были неминуемо вступить в борьбу. Эта черта эпохи Комнинов нашла отражение в перечне еретических имен и противоцерковных учений, который ежегодно читается в Восточной церкви в праздник Торжества православия, когда еретики и противоцерковные учения предаются анафеме. Значительное число упоминаемых отреченных имен и учений относится именно ко времени Алексея и Мануила Комнинов. Главная борьба Алексея была направлена против павликиан и богомилов, утвердившихся, как уже говорилось выше, на Балканском полуострове, особенно в округе Филиппополя. Однако ни преследования еретиков, ни организованные императором публичные прения с ними, ни сожжение главы богомильского учения монаха Василия не привели к истреблению противоцерковных учений, которые, не имея, правда, большого распространения в империи, продолжали существовать.

Большое внимание привлекло к себе начатое при Алексее Комнине дело ученого, философа Иоанна Итала, родом из Италии, ученика Пселла, обвиненного в том, что он внушал «своим слушателям превратные теории и еретические мнения, осужденные церковью и противные Священному Писанию и преданию Отцов Церкви, что он не чтит святых икон» и т. д. Делопроизводство по обвинению Иоанна Итала в ереси, описанное Ф. И. Успенским, открывает интересную страницу в интеллектуальной жизни эпохи первого Комнина. На соборе, разбиравшем дело Итала, в его лице предстал не только еретик, проповедовавший опасное для церкви учение, но и профессор высшей школы, преподававший науку людям зрелого возраста, находившийся под влиянием идей Аристотеля, отчасти Платона и других философов. В суд было вызвано также несколько его учеников. Разобрав мнения Итала, собор признал их соблазнительными и еретическими. Патриарх, которому для наставления в истине был передан Итал, сам сделался, к великому соблазну для церкви и народа, последователем его учения. По приказанию императора был составлен тогда список заблуждений Итала. В конце концов одиннадцать пунктов его учения, признанных еретическими, и сам еретик были преданы анафеме.