Ряд особенностей подпольных партийных организаций вызывал необходимость, чтобы их руководители могли работать в тесном контакте с НКВД. Одной из главных составных частей подполья была широкая сеть диверсионных групп. Эта сеть, которая должна была существовать на всей оккупированной территории, но особенно важной являлась в городах, создавалась территориальными отделениями НКВД обычно из своих информаторов и агентов. Непосредственный контроль осуществлялся работниками НКВД, оставляемыми для работы на оккупированной территории. По всей видимости, контакт с партийным подпольем поддерживался лишь на областном уровне. Сеть состояла из групп численностью от трех до семи человек (в том числе и женщин). Она создавалась в первую очередь для проведения диверсий и выполнения других задач по приказам советского руководства. Члены групп для маскировки тайной деятельности продолжали заниматься своим обычным делом. В целях конспирации каждому члену группы полагалось знать лишь ее командира, который, в свою очередь, знал лишь членов своей группы и единственного вышестоящего начальника.

Организационной связи между партизанским движением и сетью диверсионных отрядов не существовало, поскольку к последним предъявлялось особое требование избегать риска быть обнаруженными из-за контактов с открыто враждебными к немцам элементами, такими как партизаны. Но на практике многие члены диверсионных групп оказывались вынуждены прибегать к помощи партизанских отрядов и искать в них убежища.

Другое направление деятельности НКВД имело прямое отношение к партизанскому движению. 26 июня 1941 года Лаврентий Берия, народный комиссар внутренних дел (НКВД), отдал приказ районным отделениям НКВД формировать отряды народного ополчения, известные под названием «истребительные батальоны». В соответствии с этим приказом истребительный батальон по размерам должен был соответствовать армейской роте (100–200 человек), а его рядовой личный состав в основном должен был включать в себя людей слишком старых, слишком молодых или по иным причинам непригодных для службы в Красной армии. В то же самое время офицеры и большая часть сержантского состава являлись работниками НКВД или заслуживающими доверия членами партии. Общее руководство осуществлялось районным или межрайонным отделением НКВД, при этом Красная армия оказывала содействие, обеспечивая оружием и в отдельных случаях направляя инструкторов для подготовки.

Вполне вероятно, что планы создания истребительных батальонов разрабатывались задолго до начала войны, в то время, когда размах и быстроту продвижения немцев в глубь территории СССР нельзя было предвидеть. Они представляли собой в первую очередь оборонительные подразделения, в чьи задачи входила охрана важных объектов с целью предотвращения диверсий и атак немецких парашютистов. Однако уже в июле 1941 года приказы НКВД предусматривали превращение находящихся в прифронтовой полосе истребительных батальонов в партизанские отряды. При выполнении этой задачи работники НКВД должны были сотрудничать с территориальными партийными организациями, которым официально предписывалось осуществлять контроль за партизанским движением. Тем не менее перед НКВД была поставлена чрезвычайно важная задача по проведению строгого отбора людей для партизанских отрядов. На практике секретарь районного комитета партии назначался областным комитетом для руководства организацией партизанского движения в своем районе. Такое назначение должно было получить одобрение Центрального комитета компартии союзной республики, а в РСФСР – ЦК ВКП(б). Оказание помощи в работе по организации и решению других «военных» вопросов должен был осуществлять «военный отдел» партийного аппарата района, созданный на районном уровне до войны. Но вполне очевидно, что в период организации и развития партизанского движения наиболее существенную роль сыграл именно НКВД.

Офицеры формируемых партизанских отрядов, как и офицеры истребительных батальонов, откуда их по большей части и набирали, были заслуживающими доверия приверженцами советской системы. Большинство среди них составляли партийные работники и государственные служащие, но около одной трети являлись офицерами НКВД. Рядовые бойцы партизанских отрядов также были надежными людьми; наименее полезных членов истребительных батальонов, включая тех, кто был физически непригодным для тягот партизанской жизни, отсеивали. Значительную долю партизан составляли комсомольцы, по возрасту непригодные для службы в армии.

Не все партизанские отряды формировались из истребительных батальонов. В ряде случаев территориальные партийные организации формировали отряды путем прямого призыва считавшихся надежными людей, не привлекая личного состава истребительных батальонов НКВД. В ряде крупных городов истребительные батальоны сформированы не были, но аналогичные им подразделения народного ополчения служили основой для создания партизанских отрядов. При формировании партизанских отрядов использовались и иные методы. Однако, судя по всему, в первые месяцы войны в сельских районах оккупированной территории СССР основным источником живой силы для партизанских отрядов являлись истребительные батальоны.

Будучи сформированным, отряд удалялся в труднодоступное место и создавал там секретный укрепленный лагерь. По всей видимости, первоначальным планом намечались действия одного или нескольких таких отрядов в каждом районе или сосредоточение нескольких отрядов из соседних районов в одном хорошо защищенном месте[116]. В одном случае в качестве ядра партизанского движения и для защиты его областного штаба был сформирован специальный «областной отряд»[117]. Но по всей видимости, первоначальный план предусматривал, что руководство партизанским движением в областях, непосредственно не примыкавших к линии фронта, будет осуществляться секретарями подпольных райкомов и их аппаратами. Такой аппарат не входил в партизанский отряд, а должен был действовать в подполье.

Вероятно, командир районного отряда должен был руководить особыми тревожащими противника операциями, а находящийся в подполье партийный секретарь должен был получать и передавать директивы Центрального комитета компартии союзной республики, находящегося за линией фронта. Но это лишь предположение, ибо общая система управления партизанским движением, по существу, так и не была налажена. Большое количество районных отрядов, как и планировалось, отошло в свои убежища и приступило к проведению операций против сил немцев. По меньшей мере в одном случае секретарь подпольного обкома посещал партизан в своем регионе и давал указания, но вскоре он исчез. В других случаях контакта с выделенными для подпольной работы секретарями партизанам установить так и не удалось, поскольку секретари либо почти сразу были арестованы немцами, либо были вынуждены уйти из своих областей вместе с беспорядочно отступающими частями Красной армии. Отсутствие необходимого радиооборудования помешало большинству районных отрядов установить прямую связь с неоккупированной территорией Советского Союза. В результате большинство отрядов, удаленных от линии фронта, не могло координировать свои операции с общим планом действий.