Раковинные кучи впервые обнаружил американский зоолог Эдвард Сильвестр Морс в 1877 году. Морс, нанятый новым правительством Мэйдзи для модернизации системы образования, заметил большой холм из окна поезда между Йокогамой и Токио. В сентябре 2016 года в пещере на островах Окинавы был найден древнейший в мире рыболовный крючок возрастом около 23 000 лет, изготовленный из раковин морских улиток.

Археологические раскопки выявили полуоседлые поселения, представляющие собой небольшое скопление землянок, рассчитанных на пять-шесть человек; пол в них находится заметно ниже уровня земли, а в центре расположен очаг. Иногда в таких поселениях встречаются расставленные по кругу высокие каменные палицы — вероятно, они использовались для деревенских ритуалов, связанных с охотой и рыболовством. Общины Дзёмон, возможно, вели натуральное хозяйство, однако торговля, видимо, тоже имела место: соль из прибрежных районов находят в горных поселениях, а обсидиан и другие горные минералы, использовавшиеся для изготовления инструментов, обнаруживаются в прибрежных деревнях. Также в этот период начинается примитивное земледелие, по-видимому подсечно-огневого типа — в небольших количествах выращиваются бобовые, бахчевые и зерновые, например ячмень и просо.

Могилы были небольшими и представляли собой простые ямы, в которые помещали тела. Как жилища, так и погребения в поселениях не имеют значительных различий между собой, вследствие чего ученые предполагают, что общество эпохи Дзёмон не имело классового или имущественного расслоения. Вероятно, еды в тот период производилось недостаточно для того, чтобы прокормить элиты, которые не были бы заняты трудом.

Одни из самых поразительных предметов эпохи Дзёмон — каменные и керамические фигурки, называемые догу. С особым искусством их делали в северо-восточной части страны на протяжении среднего и позднего периода Дзёмон. Догу с ярко выраженными антропоморфными чертами отличаются выпученными глазами — иногда их называют «глазами в виде кофейных зерен» или «глазами в защитных очках», поскольку по форме они похожи на традиционные снежные очки северных народов. Одни фигурки изображают беременных женщин с выдающейся грудью, а некоторые, судя по всему, были намеренно разбиты. Археологи предполагают, что такие фигурки могли использоваться знахарями в ритуалах родовспоможения или лечения ран и болезней.

Внедрение и распространение организованного сельского хозяйства и других технологий улучшили повседневную жизнь обитателей островов. Выращивание поливного риса, металлообработка, ткачество и новые приемы в гончарном деле чрезвычайно улучшили материальную сторону жизни. Период Яёй назван так по местности в районе современного Токио, где впервые был обнаружен новый тип керамики — менее землистый и органический, чем сосуды периода Дзёмон; для него характерны сглаженные линии и поверхности. Люди эпохи Яёй уже, судя по всему, начали использовать гончарные круги и улучшенную технику обжига, что позволило производить керамику более изящную и тщательно обработанную, нежели в период Дзёмон. Если керамике Дзёмон свойственна обильная орнаментация, то для глиняной посуды Яёй гораздо важнее форма и функция. Многие предметы вообще никак не украшены, на некоторых встречается простой геометрический орнамент. По этой керамике заметно, что разные типы сосудов использовались в различных целях: для приготовления пищи, хранения, ритуальных приношений и т. д. Керамику использовали также в погребальных ритуалах. Огромные кувшины, которые могли сделать только особо искусные гончары, устанавливались близко друг к другу для человеческих погребений. Существовали, однако, и другие типы захоронений, например каменные гробы, сверху которых возводили прямоугольные насыпи — предтечи огромных курганов IV–V веков н. э. В отличие от захоронений периода Дзёмон, в которых погребения не отражают социального статуса умершего, погребальный инвентарь Яёй, например бронзовые зеркала, бусы из полудрагоценных камней, индивидуальные орнаменты, оружие, вероятно, свидетельствует о социальной иерархии.

Внедрение поливного рисоводства имело долговременные социальные последствия, влияющие на жизнь в японской деревне и по сей день, поскольку такая технология требует сложной координации труда. В Китае выращивали рис по меньшей мере с 5000 года до н. э., а на Корейском полуострове — примерно с 1500 года до н. э. Скорее всего, переселенцы или торговцы с Азиатского континента привезли эту культуру в Западную Японию. Поначалу рис выращивали в естественной болотистой местности. Такие поля засевали семенами, а дальше полагались на дождь, который принесет богатый урожай. Но со временем выращивать рис начали более системно. Крестьяне огораживали заливные поля, обеспечивая их водой из специально построенных оросительных каналов. Сначала отдельно выращивали рассаду, а потом высаживали ее на поля аккуратными рядами, чтобы упростить себе прополку. Изготавливались специальные инструменты: деревянные грабли, железные мотыги и лопаты, ступы и песты для измельчения риса, каменные топоры и серпы. Когда ирригационная система стала более управляемой, рисовые поля и крестьянские поселения начали строиться на более высоких уровнях. Обработка заливных полей — интенсивный труд, требующий совместных усилий по возделыванию земли, организации полива и сбору урожая. Но рис стоил этих усилий: он богат калориями и способен прокормить больше людей, чем собирательство. Из-за требований интенсивного земледелия японцы стали селиться в низинах устойчивыми крестьянскими общинами. С тех пор рис стал главным продуктом японской экономики, хотя и другие злаковые культуры, например просо или гречиха, играли большую роль в ежедневном рационе крестьян вплоть до ХХ века.

В Японии можно посетить несколько реконструированных поселений эпохи Яёй. Одно из самых известных — это археологический раскоп под названием Торо в префектуре Сидзуока, обнаруженный в 1943 году. Деревня расположена в низине, в устье реки. В северной ее части находятся 12 жилых построек и два амбара, а в южной — рисовые поля с остатками сложно устроенной ирригационно-дренажной системы. Подобно жилищам эпохи Дзёмон, дома Яёй овальной формы, покрыты тростниковой крышей, поддерживаемой четырьмя толстыми столбами. Пол в таких домах расположен ниже уровня земли, его площадь примерно 15 квадратных метров, в центре расположен очаг. Часть продуктов хранилась в кувшинах, но к середине периода Яёй появляются специальные деревянные амбары, пол которых приподнят над уровнем земли, чтобы защитить зерно от насекомых, грызунов и гнили. В музее Торо представлено много хорошо сохранившихся артефактов, рассказывающих о деревенском быте. Амбар на сваях — важное для деревенской общины строение — представлен в числе глиняных фигурок, а также изображается на ранних бронзовых колоколах. Позднее этот мотив проник и в архитектуру святилищ и дворцов.

Эстетическую и социальную сферы жизни обогатила также металлургия. Японцы начали использовать железо и бронзу примерно в 300 году до н. э. Оба металла долгое время обрабатывались в Китае и Корее, и переселенцы принесли эти технологии в Японию. Все железо, медь и олово, использовавшиеся в эту эпоху, были импортированы с Азиатского континента. Железо, обработанное на наковальне, в основном использовалось в быту для изготовления инструментов и оружия. Из бронзы — сплава меди и олова — отливали ритуальные предметы, являвшиеся символами власти, например мечи, зеркала, колокола дотаку. Первоначально колокольчики копировали континентальные образцы, но по мере развития кузнечного ремесла в Японии колокольчики увеличились в размере и усложнились по форме. Поздние модели богато украшены, а их стенки настолько тонки, что они, возможно, утратили музыкальные функции и служили символами вассальной зависимости от некой политической власти. В пользу этой теории говорит тот факт, что колокола, отлитые из одной литейной формы, находили при раскопках на удаленных друг от друга местах.