Письменные японские хроники периода Кофун не сохранились, однако на основе количества, размеров и локализации захоронений, а также иных артефактов, найденных при раскопках, и фольклорных данных ученые предполагают, что население было разделено на несколько государств разной величины и влиятельности, управляемых вождями из местных кланов (удзи). Эти кланы формировали более крупную конфедерацию, которая, в свою очередь, управлялась династией из региона Ямато, потомки которой стали японской императорской семьей. Правители Ямато, называвшие себя потомками Аматэрасу, богини Солнца, распределяли между своими вассалами — вождями удзи — бронзовые зеркала, мечи, колокола и другие ценные предметы, зачастую привезенные из Кореи или Китая. Союзные вожди, в свою очередь, сооружали себе погребальные курганы в стиле Ямато, в которые помещали дары, пожалованные сюзереном. Подчиненным Ямато кланам разрешалось почитать собственных местных богов и предков, однако эти божества считались подданными Аматэрасу.

Официальные хроники китайских династий — важный письменный источник информации о Японии до VI века н. э. — подтверждают эти предположения. Китайские посланники ездили в Японию, называемую ими королевством Ва, в рамках попыток Китая описать условия жизни окружающих варварских земель. Эти хроники описывают не только расклад политических сил на архипелаге, но также обычаи и верования людей Ва. Посланники подмечают детали повседневной жизни Ва: например, люди питаются сырыми овощами, едят руками и ходят босиком. Они подчеркивают, что люди Ва чрезвычайно озабочены чистотой и опрятностью, а также с благоговейным почтением относятся к горам. Отчеты упоминают, что у них нет различий между мужским и женским поведением, хотя у многих мужчин более одной жены. Многие подобные наблюдения, скорее всего, выросли из значительной гендерной разницы в китайских нормах поведения. Также в отчетах описываются религиозные и ритуальные практики: например, гадание по трещинам на раскаленных костях животных или похоронный обряд, включавший воздержание от употребления мяса скорбящими и сооружение земляных курганов над могилой.

В первых сообщениях китайских летописей, относящихся примерно к I веку до н. э., Японию описывают как землю, на которой живет больше сотни племен. Некоторые племена отправляли послов в Китай, чтобы тот подтвердил их притязания на главенство среди других племенных сообществ. Первый подробный отчет был написан в 297 году н. э. для династийной хроники Вэй (220–265). Самые интригующие сообщения хроники Вэй повествуют о правительнице по имени Пимику (или Химико), управлявшей страной Яматай. Пимику при помощи шаманских сил объединила и усмирила 30 воюющих кланов. Она не имела мужа и жила в тщательно охраняемом дворце. Ее свиту составляла 1000 служанок. К народу она выходила редко, и приказы передавал подданным ее младший брат. В 238 году Пимику отправила посольство ко двору китайского императора с подношениями, включавшими «четверых рабов и шестерых рабынь, а также два отреза узорчатой ткани, каждый по шесть метров длиной»[2]. В ответ ее официально признали «Королевой Ва, дружественной Вэй» и преподнесли в дар золотую печать. После смерти Пимику похоронили в «великом кургане», причем более сотни слуг были принесены в жертву и похоронены вместе с ней. После смерти ее сменил некий правитель, но ему не удавалось поддерживать мир в стране, поэтому вместо него правительницей была назначена 13-летняя девушка по имени Иё.

Первая японская историческая хроника не упоминает ни Пимику, ни Яматай, а о местонахождении королевства историки ведут ожесточенные споры. Одни считают, что Яматай располагалось в северной части Кюсю, другие — что в регионе Кинай. Те же японские хроники, что были созданы много веков спустя с целью легитимации и прославления правителей Ямато, могли опустить упоминание о Пимику, поскольку она не принадлежала к роду Ямато, которому впоследствии удалось установить контроль над островами.

История Пимику освещает важные особенности политического устройства в ранней Японии. Мацуригото — древнее слово, обозначающее «управление», — подразумевает, что вожди были ответственны как за политическое управление, так и за религиозные церемонии, а также что они должны были подчиняться воле богов, руководя страной. Важной зоной ответственности властителей, таких как Пимику, было взаимодействие с божествами данного сообщества, часто путем гадания или одержимости духами, а также проведение ритуалов поклонения или умиротворения этих божеств. Поскольку такими способностями обладали чаще всего женщины-шаманки, то и правительницами нередко становились именно они. Зачастую они делили властные полномочия с мужчиной — мужем или иным родственником. Женщина обычно отвечала за ритуальную сферу жизни страны, тогда как мужчина занимался государственными делами. Императрицы более поздней эпохи, например Суйко (554–628, прав. — 592–628 гг.), Дзито (645–703, прав. — 690–697 гг.) или Кокэн (718–770, прав. — 747–758 гг., а также во второй раз взошла на трон под именем Сётоку в 764–770 гг.), также следовали этой традиции. Если властители не были супругами, то главенство обычно оставалось за женщиной. Такие правящие пары были также обнаружены в Силле и Китае. Взаимная дополняемость гендеров проявляется и в японской мифологии: например, супругами были первопредки Японских островов Идзанаги и Идзанами. Тем не менее впоследствии женщины все реже становятся правительницами, что происходит, наряду с прочими факторами, из-за усилившегося влияния конфуцианства и китайской модели управления государством.

Другое сообщение о делах в Японии помещено в китайской династийной хронике «Сун шу», написанной в 513 году н. э. Сообщение под 478 годом описывает взаимоотношения Ва и соседних королевств на континенте. Там рассказывается, как четыре правителя Ва добивались у китайского двора разрешения контролировать территорию не только Ва, но и Корейского полуострова. Один правитель по имени Бу (или Ну) просил одобрения на введение войск в корейское королевство Когурё. Китайский император издал эдикт, называющий Бу «Главнокомандующим военными силами шести стран — Ямато, Пэкче, Силла, Имна, Чинхан, Мохан, великим полководцем, усмиряющим Восток, правителем Ямато», и одарил его золотой печатью с надписью «Правитель страны На [страны] Ва [страны] Хань». В 1784 году в северной части Кюсю была найдена искусно вырезанная печать с этой надписью — правда, ее поначалу приняли за подделку. Сейчас ученые уверены, что это действительно та самая печать, описанная в китайских манускриптах.

Как археологические находки, так и сведения китайских хроник свидетельствуют о важности религиозных ритуалов в доисторической Японии. Исконная религия Японии известна в наши дни как синто, или «путь ками». Слово «синто» появилось вследствие необходимости отделять местные верования от буддизма, официально введенного в Японии в VI веке н. э. У синто нет ни основателя, ни, строго говоря, священных текстов, ни четко установленных догм. Это политеистически-анимистическая вера, призванная выступать посредником между людьми и божествами — ками. Идея ками весьма отличается от идеи Бога, свойственной многим монотеистическим религиям. К примеру, ками могут принимать разную форму. Люди, могущественные при жизни, часто оказываются способны после смерти стать ками. Некоторые ками представляют устрашающие силы природы, например грозы и землетрясения; другие привязаны к местности и живут в горах, на водопадах и деревьях. В отличие от большинства богов монотеистических религий, ками не являются всеблагими, всемогущими или всеведущими. Следовательно, ками несовершенны — они могут ошибаться или поступать дурно. Между людьми и ками нет четкой границы: они живут в том же самом мире, что и мы, и точно так же думают и чувствуют. С течением времени, под влиянием привнесенных религий, например буддизма и даосизма, японцы начали представлять себе ками в виде антропоморфных духов, у которых есть имена, родовая принадлежность, человеческие черты и человеческая власть.