Поскольку в войне на море основные усилия были направлены против Англии, то для ведения боевых действий против Советского Союза в начале войны имелись, кроме нескольких подводных лодок и торпедных катеров, только вспомогательные и малые военные корабли. Эти силы должны были обеспечить оборону своего побережья и коммуникаций, а также затруднить выход русских в Балтийское море, а в остальном все расчеты строились на захвате армией Ленинграда и выключении таким образом из сферы действий советского флота.

Положение германского военно-морского флота летом 1941 г. было довольно неблагоприятным. «Бисмарк» был потоплен, «Тирпиц» еще ни разу не выходил в море, оба линейных крейсера и «Принц Ойген» были блокированы в Бресте, «Лютцов» на месяцы выведен из строя попаданием торпеды, а из новых эсминцев и миноносцев лишь некоторые находились в боеспособном состоянии. Они были сильно потрепаны на Западном театре и в Норвегии, а из 4 легких крейсеров только «Нюрнберг» и «Кёльн» были полностью боеспособны; тяжелые крейсера «Адмирал Хиппер» и «Адмирал Шеер» летом 1941 г. еще находились в ремонте. Таким образом, к началу войны на Востоке в Балтийском море могло быть использовано лишь небольшое число крейсеров и миноносцев из состава германских тяжелых ВМС; тем не менее можно было рассчитывать на успешные действия их против русских. Фактически крейсера, эсминцы и миноносцы вошли в восточную часть Балтийского моря только в сентябре — октябре. Так как эти корабли, в первую очередь крейсера, на Западном театре в этот промежуток времени не действовали, то может возникнуть вопрос, почему они не использовались на Балтике с самого начала. Имеющиеся документы не дают удовлетворительного ответа на этот вопрос. Чтобы воспрепятствовать прорыву советских военно-морских сил через датские проливы и проникновению английских кораблей, «Зунд» и «Большой Бельт» были защищены минными полями, сетевыми заграждениями и артиллерией старых линкоров «Шлезиен» и «Шлезвиг-Гольштейн». В случае необходимости на помощь им могла прийти 6-я флотилия торпедных катеров.

Организация военно-морских сил была, как обычно, довольно сложной. Группа ВМС «Север», возглавляемая генерал-адмиралом Карлсом, подчинила Балтийский театр командующему крейсерами вице-адмиралу Шмундту, тогда как ответственность за действия в Финском заливе была возложена на командующего миноносцами капитана 1 ранга Бютова[1]. Позднее были введены должности морских начальников «С» и «D», которым надлежало организовать береговую оборону в захваченных районах. 6 ноября 1941 г. должность морского начальника «С» была упразднена и его функции переданы морскому начальнику «D» вице-адмиралу Бурхарди, который стал именоваться морским начальником Прибалтики (Ostland) с местопребыванием в Таллине[2]. Командующему силами охранения «Восток» вице-адмиралу Моотцу подчинялись не только корабли, использующиеся для защиты датских проливов, а также учебные соединения и пункты базирования флота. Начальник тралыциков капитан 1 ранга Бемер был подчинен командующему крейсерами[3].

Финская организация командования была еще менее подвижной, так как корабельные силы, береговая артиллерия, а также части охраны побережья были подчинены одному и тому же генералу. Только некоторые современные по тому времени корабли были сведены в соединения и имели небольшие штабы, которые вследствие географического разделения районов действий (Финского залива и района Аландских островов) не всегда достаточно быстро могли согласовать свои действия.

Всесторонние большие подготовительные мероприятия, которые проводились немцами перед войной, не могли быть неизвестны для русских, а в значении проводимых немцами мероприятий не могло быть сомнений. 70 немецких инженеров и техников во главе с адмиралом Файгом, которые помогали русским в достройке крейсера «Лютцов», в конце мая были отозваны из Ленинграда. С 14 июня ни одно германское судно не вышло в Россию. Одновременно с этим было приказано возвратиться всем судам, находящимся в Советском Союзе. Напротив, под всякими причинами принимались меры к тому, чтобы задержать советские суда, находящиеся в германских гаванях, и не допускать их выхода. К тому же с 12 июня минные заградители, моторные тральщики, торпедные катера и сторожевые корабли передислоцировались в финские шхеры.

Заграждение «Вартбург» из 1500 мин ЕМС и 1800 минных защитников устанавливалось с 18 июня 1941 г. до 21 июня. Наконец, вечером 21 июня было приостановлено все торговое судоходство к востоку от Гедсера и находящиеся в море суда получили приказ войти в ближайшие немецкие, финские или шведские порты. Уже начиная с 12 июня немецкие корабли стояли на позициях передового охранения в центральной части Балтийского моря.

13 июня учебные флотилии и соединение вводившихся в строй крейсеров были перебазированы из западной части Балтийского моря в Норвегию. Эта предосторожность оказалась излишней.

Несмотря на то что для советской разведки был совершенно ясен характер проводимых мероприятий, Сталин не поверил сообщениям о предстоящем открытии военных действий. Мероприятия с советской стороны ограничились тем, что в мае и июне было отказано в пребывании в Москве посольствам государств, которые были оккупированы немцами. Эти действия были применены и к посольству Югославии, с которой за два месяца до этого Советский Союз заключил договор о дружбе.

С начала мая до 15 июня 1941 г. по Балтийскому морю было перевезено 43 000 человек германских войск, из них 32 000 — в Финляндию и остальные — в Норвегию. Однако эти подготовительные мероприятия, так же как и начавшаяся с 17 июня в Финляндии полным ходом мобилизация, для Кремля казались малоубедительными.

Русский операционный план в своей основе был похож на план действий сил в Первой мировой войне: упорная оборона Рижского залива, создание линии обороны в Финском заливе по линии Ханко — о. Осмуссар — Таллин, ведение боевых действий подводными лодками и авиацией в средней части Балтийского моря, а при благоприятных условиях обстановки — постановка мин крейсерами и миноносцами, в то время как тяжелые и устаревшие корабли должны были решать задачу обороны узких проливов. С 1943 г. советский флот мог рассчитывать на увеличение корабельного состава линейным кораблем в 35 000 т, четырьмя крейсерами, одним авианосцем, двенадцатью эскадренными миноносцами и 50 подводными лодками, а также многочисленными малыми кораблями, в то время как в Германии строительство больших кораблей уже давно было прекращено.