Умирая, царь Иван торжественно признал своего «смирением обложенного» преемника неспособным к управлению государством и назначил ему в помощь правительственную комиссию, как бы сказать, регентство из нескольких наиболее приближенных вельмож. В первое время по смерти Грозного наибольшей силой среди регентов пользовался родной дядя царя по матери Никита Романович Юрьев, но вскоре болезнь и смерть его расчистили дорогу к власти другому опекуну, шурину царя Борису Годунову. Пользуясь характером царя и поддержкой сестры-царицы, он постепенно оттеснил от дел других регентов и сам стал править государством именем зятя. Его мало назвать премьер-министром; это был своего рода диктатор или, как бы сказать, соправитель: царь, по выражению Котошихина, учинил его над государством своим во всяких делах правителем, сам предавшись «смирению и на молитву». Так громадно было влияние Бориса на царя и на дела. По словам упомянутого уже князя Катырева-Ростовского, он захватил такую власть, «яко же и самому Царю во всем послушну ему быти». Он окружался царственным почетом, принимал иноземных послов в своих палатах с величавостью и блеском настоящего потентата, «не меньшею честию пред царем от людей почтен бысть». Он правил умно и осторожно, и четырнадцатилетнее царствование Федора было для государства временем отдыха от погромов и страхов опричнины. «Умилосердился Господь, – пишет тот же современник, – на людей своих и даровал им благополучное время, позволил Царю державствовать тихо и безмятежно, и все православное христианство начало утешаться и жить тихо и безмятежно». Удачная война со Швецией не нарушила этого общего настроения. Но в Москве начали ходить самые тревожные слухи. После царя Ивана остался младший сын Димитрий, которому отец по старинному обычаю московских государей дал маленький удел – город Углич с уездом. В самом начале царствования Федора для предупреждения придворных интриг и волнений этот царевич со своими родственниками по матери Нагими был удален из Москвы. В Москве рассказывали, что этот семилетний Димитрий – сын пятой венчанной жены даря Ивана (не считая невенчанных), следовательно, царевич сомнительной законности с канонической точки зрения – выйдет весь в батюшку времен опричнины и что этому царевичу грозит большая опасность со стороны тех близких к престолу людей, которые сами метят на престол в очень вероятном случае бездетной смерти царя Федора. И вот как бы в оправдание этих толков в 1591 г. по Москве разнеслась весть, что удельный князь Димитрий среди бела дня зарезан в Угличе и что убийцы были тут же перебиты поднявшимися горожанами, так что не с кого стало снять показаний при следствии. Следственная комиссия, посланная в Углич во главе с князем В.И. Шуйским, тайным врагом и соперником Годунова, вела дело бестолково или недобросовестно, тщательно расспрашивала о побочных мелочах и позабыла разведать важнейшие обстоятельства, не выяснила противоречий в показаниях, вообще страшно запутала дело. Она постаралась прежде всего уверить себя и других, что царевич не зарезан, а зарезался сам в припадке падучей болезни, попав на нож, которым играл с детьми. Поэтому угличане были строго наказаны за самовольную расправу с мнимыми убийцами. Получив такое донесение комиссии, патриарх Иов, приятель Годунова, при его содействии и возведенный два года назад в патриарший сан, объявил соборне, что смерть царевича приключилась судом Божиим. Тем дело пока и кончилось. В январе 1598 г. умер царь Федор. После него не осталось никого из Калитиной династии, кто бы мог занять опустевший престол. Присягнули было вдове покойного, царице Ирине, но она постриглась. Итак, династия вымерла не чисто, не своею смертью. Земский собор под председательством того же патриарха Иова избрал на царство правителя Бориса Годунова.

Борис и на престоле правил так же умно и осторожно, как прежде, стоя у престола при царе Федоре. По своему происхождению он принадлежал к большому, хотя и не первостепенному боярству. Годуновы – младшая ветвь старинного и важного московского боярского рода, шедшего от выехавшего из Орды в Москву при Калите мурзы Чета. Старшая ветвь того же рода, Сабуровы, занимала очень видное место в московском боярстве; но Годуновы поднялись лишь недавно, в царствование Грозного, и опричнина, кажется, много помогла их возвышению. Борис был посаженым отцом на одной из многочисленных свадеб царя Ивана во время опричнины, притом он стал зятем Малюты Скуратова-Бельского, шефа опричников, а женитьба царевича Федора на сестре Бориса еще более укрепила его положение при дворе. До учреждения опричнины в Боярской думе не встречаем Годуновых; они появляются в ней только с 1573 г.; зато со смерти Грозного они посыпались туда, и все в важных званиях бояр и окольничих. Но сам Борис не значился в списках опричников и тем не уронил себя в глазах общества, которое смотрело на них как на отверженных людей, «кромешников» – так острили над ними современники, играя синонимами «опричь» и «кроме». Борис начал царствование с большим успехом, даже с блеском, и первыми действиями на престоле вызвал всеобщее одобрение. Современные витии кудревато писали о нем, что он своей политикой внутренней и внешней «зело прорассудительное к народам мудроправство показа». В нем находили «велемудрый и многорассудный разум», называли его мужем «зело чудным и сладкоречивым и строительным вельми», о державе своей многозаботливым. С восторгом отзывались о наружности и личных качествах царя, писали, что «никто бе ему от царских синклит подобен в благолепии лица его и в рассуждении ума его», хотя и замечали с удивлением, что это был первый в России бескнижный государь, «грамотичного учения не сведый до мала от юности, яко ни простым буквам навычен бе». Но, признавая, что он наружностью и умом всех людей превосходил и много похвального учинил в государстве, был светлодушен, милостив и нищелюбив, хотя и неискусен в военном деле, находили в нем и некоторые недостатки: он цвел добродетелями и мог бы древним царям уподобиться, если бы зависть и злоба не омрачили этих добродетелей. Его упрекали в ненасытном властолюбии и в наклонности доверчиво слушать наушников и преследовать без разбора оболганных людей, за что и восприял он возмездие. Считая себя малоспособным к ратному делу и не доверяя своим воеводам, царь Борис вел нерешительную, двусмысленную внешнюю политику, не воспользовался ожесточенной враждой Польши со Швецией, что давало ему возможность союзом с королем шведским приобрести от Польши Ливонию. Главное его внимание обращено было на устройство внутреннего порядка в государстве, на «исправление всех нужных царству вещей», по выражению келаря А. Палицына, и в первые два года царствования, замечает келарь, Россия цвела всеми благами. Царь крепко заботился о бедных и нищих, расточал им милости, но жестоко преследовал злых людей и такими мерами приобрел огромную популярность, «всем любезен бысть». В устроении внутреннего государственного порядка он даже обнаруживал необычную отвагу. Я имел случай показать, что мнение об установлении крепостной неволи крестьян Борисом Годуновым принадлежит к числу наших исторических сказок. Напротив, Борис готов был на меру, имевшую упрочить свободу и благосостояние крестьян: он, по-видимому, готовил указ, который бы точно определил повинности и оброки крестьян в пользу землевладельцев. Это – закон, на который не решалось русское правительство до самого освобождения крепостных крестьян.