Петр, не уверенный в том, что найдет среди высшего духовенства лиц, безусловно сочувствующих его преобразованиям, решил повременить с выбором нового Патриарха. Начавшаяся Шведская война дала ему повод продлить переходное положение под тем предлогом, что ему недостает душевного спокойствия, необходимого при выборе столь значительного лица, как Патриарх. Это было первым шагом к отмене патриаршества.

Рязанский митрополит Стефан Яворский был назначен местоблюстителем патриаршего престола. А патриаршим домом, домами архиерейскими и монастырскими велено было ведать боярину Мусину-Пушкину: «сидеть на патриаршем дворе в палатах и писать монастырским приказом».

Ведомству этого учрежденного (или, вернее, возобновленного 24 января 1801 года) приказа подлежало управление патриаршими, архиерейскими, монастырскими и церковными вотчинами; устройство и содержание тех церковных учреждений, от которых были отобраны в собственность государства эти вотчины; установление штатов, назначение настоятелей, строительная часть, посредничество между Церковью и государством. Учреждением этого приказа сделан был первый шаг по переводу церковных вотчин в безусловное ведение государства. Тотчас по учреждении приказа начали составлять переписи всего церковного имущества. По архиерейским домам и монастырям разосланы были стольники, стряпчие, дворяне и приказные.

Отмена патриаршества сильно не понравилась многим приверженцам старины, которые боялись, что эта отмена поведет за собою потерю церковной самостоятельности. Наместник патриаршего престола был ограничен собранием очередных епископов, вызывавшихся попеременно из епархий в Москву. Совещания между местоблюстителем и этими епископами представлялись на утверждение Петра. Участие в духовном управлении светской власти стало сразу весьма значительным. Совершенно устраненный монастырским приказом от множества упомянутых выше весьма важных дел, состоявших раньше в ведении Патриарха, митрополит Стефан и в чисто духовных делах не имел почти никакой власти. Множество назначений на места духовного управления шло помимо Стефана, по представлению Меншикова, Мусина-Пушкина и других лиц. Исключительно Мусин-Пушкин распоряжался патриаршею типографией, сочинениями, переводами, изданием книг, даже исправлением Библии, хотя это исправление и было поручено надзору Стефана.

Вообще, ревностный к православию, правдолюбивый Стефан много пострадал в жизни, являясь одною из жертв той переходной эпохи. Происходя из дворянской Волынской семьи, Стефан, в жажде образования, должен был поступить в славившиеся тогда галицкие и польские училища и для того, вероятно, на время отступить от православия. Присланный благодетелем своим, митрополитом киевским Варлаамом Ясинским, в Москву, он был замечен Петром, который услышал слово, произнесенное им над гробом боярина Шеина, и который искал ученых и способных монахов, особенно – не враждебных европейскому духу, чтобы таковыми замещать епископские кафедры. Петр призвал Стефана на Казанскую кафедру, от которой он долго отказывался, так как в Москве его осыпали бранью и клеветами за его пребывание у иезуитов. В Великороссию он внес с собою ту любовь к просвещению, которая составляла отличительную черту малороссийского монашества, принес и свое захватывающее, красноречивое слово. Даже враги его говорили, что, уча в церкви, он мог по произволу заставить слушателей плакать или смеяться.

Свой дар слова он посвятил борьбе с двумя современными ему язвами: расколом и протестантскими веяниями.

Он застал в Москве мнение, что близко пришествие антихриста, что Москва – Вавилон, а жители ее – вавилоняне, слуги антихристовы и сыны погибели. Некоторые брались за вычисления, назначали день и час, когда Христос придет на Суд, и пред назначенным временем делали себе гробы, рыли могилы, закутывались в саваны и ложились ожидать Христа.

Для вразумления таких людей Яворский написал сочинение с обличением этих мнений, показывая, на основании Священного Писания, каковы будут истинные признаки пришествия антихриста.

Совершенно невозможную, дикую форму приняло в Москве распространение кальвинистского учения. Полковой фельдшер Тверитинов, набравшись мыслей у врача-иноземца, стал распространять хулы на многие из заветнейших преданий церковных: говорил против икон, креста, мощей, причастия, святых, литургии, постов, против поминовения усопших, значения добрых дел.

Он нашел себе последователей между невежественными стрельцами и мастеровыми. Брадобрей Фома Иванов дошел до такого исступления, что в Чудове монастыре при народе кричал хульные слова на великого святителя московского – митрополита Алексия и разрубил ножом его икону. Стефан Яворский после этого ужасного события тотчас нарядил тайное расследование об этом обществе и, найдя главных виновников, предал их церковной анафеме. Фома был казнен по гражданскому суду.

Чтобы оградить православных от протестантской пропаганды, он написал знаменитый «Камень веры», изданный уже по его кончине.

Чем же кончилось это Тверитиновское дело для ревностного Стефана? Государь остался недоволен поспешностью суда и строгостью приговора. В этом взгляде Государя на дело нельзя не видеть вмешательства сильных при Дворе иностранцев, которые были очень недовольны действиями Стефана. Стефан был вызван в Петербург, где по этому делу ему пришлось вынести много неприятностей.

Если Стефану удавалось иногда склонить царя к какой-нибудь мере в пользу православия (в 1719 году по его внушению Петр издал указ не иначе дозволять брак лютеран с православными, как под условием воспитать детей в православии), то в общем постоянная борьба, постоянное несогласие идей Стефана с тем, что творилось высшим духовным управлением, глубоко его угнетали. Смелый, благородный, откровенный, он говорил правду Петру, окруженному протестантами, которые за это и ненавидели его, как непримиримого, стойкого врага.

По словам апостола, «невзирая на лица», в пастырской деятельности своей Стефан, если видел что неправильное, несоответственное достоинству Помазанника в действиях Петра, то не страшился обличать его. Так, во время тяжкого недоразумения, столь прискорбно кончившегося, с царевичем Алексеем, на 17 марта, на память святого Алексия, человека Божия (день именин царевича, находившегося тогда за границею), Стефан в слове своем коснулся современных событий и довольно резко, в весьма прозрачных намеках, осуждал семейную жизнь Петра и жалел царевича. Вот это смелое место: «О! Угодниче Божий, не забуди и тезоименинника твоего и особенного заповедей Божиих хранителя и твоего преисправного последователя. Ты оставил еси дом свой – он такожде по чужим домам скитается. Ты удалился от родителей – он такожде. Ты лишен рабов, слуг, подданных, другов, сродников, знаемых – он такожде. Ты человек Божий – он такожде раб Христов. Молим убо, святче Божий: покрый своего тезоименинника, едину нашу надежду». А вот слова, ясно намекающий на Петра: «Море свирепое, море – человече законопреступный: почто ломаеши, сокрушавши и разорявши берега? Берег есть закон Божий; берег есть – во еже не прелюбы сотворити, не вожделети жены ближнего, не оставляти жены своея; берег есть во еже хранити благочестие, посты, а наипаче четыредесятницу; берег есть почитати иконы».

Быть может, это неполное сочувствие Стефана деятельности Петра раздражало Петра еще больше, чем молчаливое неодобрение Адриана. Адриана, человека неглубокого образования, можно было обвинить в рутине, тогда как Стефан был человек больших дарований, большого ума, глубокого европейского образования, человек