Содержался позднее в Лефортовской, Бутырской и во Внутренней тюрьмах МВД СССР. В целях конспирации помещен в одиночной камере как «заключенный № 15».

После ареста Абакумова были арестованы его жена Антонина (вместе с двухмесячным сыном ее поместили в «Матросскую тишину»), а также начальник Следственной части по особо важным делам МГБ СССР генерал-майор А. Леонов, его заместители полковники В. Комаров, М. Лихачев, Л. Шварцман, начальник секретариата МГБ полковник И. Чернов и его заместитель полковник Я. Броверман.

14 декабря 1954 года в здании Дома офицеров Ленинградского военного округа открылось судебное заседание выездной сессии Военной коллегии Верховного суда СССР под председательством генерал-лейтенанта юстиции Е. Л. Зейдина. Государственным обвинителем на процессе был Генеральный прокурор СССР, действительный государственный советник юстиции Р. А. Руденко. Вместе с Абакумовым судили Леонова, Чернова, Комарова, Лихачева, Бровермана. Виновным себя генерал-полковник Абакумов не признал и заявил в последнем слове, что он остается честным человеком, преданным Центральному Комитету. «Меня оклеветали».

В 12 часов 15 минут 19 декабря 1954 года в Ленинграде сразу же после оглашения приговора Военной коллегией Верховного суда СССР бывший руководитель советских спецслужб был расстрелян. При исполнении приговора присутствовал Генеральный прокурор СССР Роман Руденко.

Когда отца назначили наркомом внутренних дел СССР, Виктор Семенович работал в управлении НКВД по Ростовской области. В поле зрения руководства он попал в период, когда началась массовая реабилитация людей, арестованных при Ягоде и Ежове. Были созданы в краях и областях специальные группы по реабилитации, куда входили вместе с сотрудниками прокуратуры и работники НКВД. В одну из таких групп включили тогда и Абакумова. Именно там он и выдвинулся. При его непосредственном участии было освобождено до 60 процентов заключенных, арестованных в Ростовской области. Потом пошла гулять версия, что Абакумов «освобождал заключенных огульно», зарабатывая на этом авторитет.

Так это или нет, судить не могу, но доброе дело он сделал. Лучше уж карьеру делать на освобождении невинных людей, чем на арестах, как это делали до него его же коллеги…

Года через два, может, раньше, Абакумов уже работал в центральном аппарате НКВД в Москве. И в дальнейшем его служебная карьера складывалась неплохо. Перед войной его назначили начальником Управления особых отделов НКВД, а с 1943 года он возглавлял органы военной контрразведки, входившие уже в состав Наркомата обороны.

В 1946 году по предложению Сталина Политбюро освободило от должности министра государственной безопасности Меркулова. Сталин же предложил назначить руководителем МГБ Абакумова. Мой отец никакого отношения к этому назначению не имел. Именно в тот период, с приходом в МГБ Абакумова, началась слежка за нашей семьей. Тогда же у нас в доме была установлена подслушивающая аппаратура. Но, должен заметить, это не было инициативой нового Министра государственной безопасности. Абакумов просто выполнял указания ЦК.

В отличие от Меркулова, своего предшественника, оказавшегося, по мнению Сталина, излишне мягким человеком для такой должности, Абакумов у нас в доме никогда не бывал. Причин не знаю, но близким к отцу человеком он никогда не был. Иногда ссылаются на его письма из тюрьмы, адресованные моему отцу и Маленкову. Все объясняется просто. Отец в свое время работал в этих же органах, и Абакумов надеялся, что отец примет участие в его судьбе как профессионал. А с Маленковым, которому, кстати, отец передавал официально все обращения Абакумова, еще проще – Маленков курировал органы государственной безопасности…

Смею утверждать, что история МГБ неразрывно связана с именем высокопоставленного партийного чиновника Маленкова. Куратором органов государственной безопасности он оказался весьма энергичным. И, признаю, настойчивым и последовательным. По некоторым источникам, в конце жизни он официально представил доказательства участия в массовых репрессиях и других преступлениях режима своего коллеги Никиты Хрущева. О собственной роли в тех же злодеяниях Георгий Максимилианович умолчал. Все те же достоверные источники утверждают, что Маленков передал компрометирующие Хрущева материалы Юрию Андропову. Наверняка в архивах даже сегодня можно обнаружить не меньше компрометирующих материалов и на самого Маленкова. Кстати, если, как считается, своим назначением на пост министра государственной безопасности Абакумов обязан не только Сталину, но и Андрею Жданову, то сменивший Абакумова партийный аппаратчик Игнатьев – ставленник Маленкова.

Из письма Виктора Абакумова от 18 апреля 1952 года:

«Товарищам Берия и Маленкову. Дорогие Л. П. и Г. М.! Два месяца находясь в Лефортовской тюрьме, я все время настоятельно просил следователей и нач. тюрьмы дал мне бумагу написать письма вам и тов. Игнатьеву… Со мной проделали невероятное. Первые восемь дней держали в почти темной, холодной камере. Далее в течение месяца допросы организовывали таким образом, что я спал всего лишь час-полтора в сутки, и кормили отвратительно. На всех допросах стоит сплошной мат, издевательство, оскорбления, насмешки и прочие зверские выходки. Бросали меня со стула на пол. Ночью 16 марта меня схватили и привели в так называемый карцер, а на деле, как потом оказалось, это была холодильная камера с трубопроводной установкой, без окон, совершенно пустая, размером 2 метра. В этом страшилище, без воздуха, без питания (давали кусок хлеба и две кружки воды в день), я провел восемь суток. Установка включалась, холод все время усиливался… Такого зверства я никогда не видел и о наличии в Лефортово таких холодильников не знал… Прошу вас, Л. П. и Г. М.:

1) Закончить все и вернуть меня к работе…

2) Если какое-то время будет продолжаться эта история, то заберите меня из Лефортово и избавьте от Рюмина и его друзей. Может быть, надо вернуть в Матросскую тюрьму и дать допрашивать прокурорам… Может быть, можно вернуть жену и ребенка домой, я вам вечно буду за это благодарен…»

Жена Абакумова была освобождена в марте 1954 года, проведя с ребенком в тюрьме без малого три года. И хотя состава преступления в действиях следователи не обнаружат и дело прекратят, ее на несколько лет вышлют с сыном из Москвы.

Судя по некоторым воспоминаниям, следователи (да что следователи – сам Генеральный прокурор Союза ССР Роман Андреевич Руденко!) настойчиво «выбивали» у арестованного министра государственной безопасности «компромат» на Берия. Абакумов показал, что «отношения у нас были чисто служебные, официальные и ничего другого. На квартире и даче у Берия я никогда не бывал». Впрочем, это не помешало партийной верхушке сообщить народу, что «расстреляны пособники Берия». Лишь несколько лет назад Главный военный прокурор – заместитель Генерального прокурора СССР генерал-лейтенант юстиции Катусев довольно оригинальным способом «оправдает» Абакумова: «Обвинение Абакумова в том, что он был выдвинут Берия на пост министра государственной безопасности СССР и являлся соучастником преступной заговорщической группы Берия, также опровергается имеющимися в деле доказательствами». Если отбросить измышления о «преступной заговорщической группе», признание немаловажное.