В 1939 году Вайгель был переведен в Хорн-Липпе, где у «Наследия предков» имелось собственное здание. По большому счету этот перевод был всего лишь итогом переименования отдела содействия изучению надписей и символов в исследовательский отдел изучения символов. Начало Второй мировой войны в значительной мере сократило количество исследовательских проектов, которые осуществлялись в рамках «Наследия предков». Однако деятельность Карла Теодора Вайгеля была классифицирована как «военно-значимая». Вдобавок Вайгель перенес к тому моменту сердечный приступ, а потому он был освобожден по состоянию здоровья от призыва на фронт. В 1943 году отдел Вайгеля, превратившийся в настоящий исследовательский центр, был переведен в Геттинген, где был слит с центральным отделом исследования рун «Наследия предков», во главе которого стоял известный специалист по изучению рунической письменности Вольфганг Краузе. После объединения этих двух структур возникло учебно-исследовательское управление по изучению рун и символов. Но, по сути, управление, как и ранее, делилось на два самостоятельных отдела. Как и стоило предполагать, Карл Теодор Вайгель возглавлял отдел символов. Буквально накануне поражения Германии во Второй мировой войне ему удалось совершить несколько исследовательских поездок по территории Фландрии и Голландии. Именно в это время его исследования были замечены в академической среде, за что Вайгелю была присвоена ученая степень. Однако надо отметить, что в первую очередь все-таки отмечались не столько научные открытия, к которым пришел Вайгель, сколько его деятельность по собиранию и классификации «германских символов». После окончания Второй мировой войны Карл Теодор Вайгель жил в Хольцхаузейе, местечке, располагавшемся буквально под боком у мегалитического комплекса Экстернштайн. Этот факт интересен нам в силу нескольких обстоятельств. Во-первых, скалы Экстернштайна всегда притягивали к себе исследователей «германской старины». Во-вторых, со временем Экстернштайн перешел в ведение «Наследия предков», превратившись в своеобразную «эсэсовскую святыню». Скончался Карл Теодор Вайгель в середине 50-х годов.

Как уже говорилось выше, в 1945 году «архив Вайгеля» перешел в распоряжении Геттингенского университета, оказавшись в фактическом распоряжении фольклористского семинара. Заведовал архивом научный сотрудник по имени Вилль-Эрих Пойкерт. Естественно, это было сделано без ведома Вайгеля. Сам сотрудник «Наследия предков» едва ли мог быть в восторге оттого, что его архив был передан университету. Он никогда не имел в нем множества сторонников, скорее в университете у него было больше противников. По крайней мере, это относится к тому времени, что он работал в Геттингене. Кроме этого, Вайгель не раз давал отрицательные характеристики семинару фольклористики, который, напомним, был создан еще в 1939 году. Вайгель заявлял, что «фольклористы совершенно игнорировали такую сторону культурной жизни германцев, как символы». Кроме этого, он любил говаривать, что они постоянно создавали помехи его деятельности и «насмехались над великими художественными стилями». Действительно, представители семинара видели в факте возникновения символов всего лишь «игровые инстинкты примитивного человека», что никак не могло удовлетворить Вайгеля. Он полагал, что подобный подход не просто сужал, а искажал взгляд на культурную и духовную историю германцев.

Кроме этого, надо отметить, что институциализированное исследование символов было сопряжено с множеством трудностей и сложностей. Исследовательская деятельность в Третьем рейхе нередко превращалась в битвы за собственное признание. Отдельные исследователи и изыскатели должны были постоянно подчеркивать исключительность своих работ. Подобное приходилось делать и Карлу Теодору Вайгелю. Чтобы обосновать значение своих исследований, ему постоянно приходилось ссылаться на национал-социалистическое мировоззрение. «Эти символы — существенная часть мировоззрения нашего народа. Они — это духовное наследие наших предков, начиная с древнегерманских времен. Они — это проявления того, что наши германские предки понимали под мифическим единством».

Исходя из рассуждений послевоенных представителей Геттингенского университета, можно было бы предположить, что Карл Теодор Вайгель не был в состоянии даже гипотетически создать архив, отвечающий строгим требованиям научных стандартов. Однако нельзя не отметить, что за время своих беспрерывных поездок по сельской местности и немецким музеям Вайгель собрал тысячи фотографий, на которых были запечатлены символы и знаки. Этот было не просто собранием изображений. Вайгель не раз намеревался провести «инвентаризацию» опубликованной к тому моменту литературы, чтобы извлечь из работ все упомянутые в них символы и знаки. Благодаря этому он рассчитывал подтвердить правильность идей, которые высказывал Герман Вирт. Впрочем, сам Герман Вирт относился к этой инициативе весьма сдержанно. Еще во время сотрудничества с Вайгелем в Марбурге он не раз говорил, что тому не хватало гуманитарного образования, то есть реальный исследовательский потенциал Вайгеля былине таким уж большим. Когда в 1938 году пути Вайгеля и Вирта разошлись, настойчивый архитектор не прекратил собирание изображений символов и знаков. Лишившись поддержки Германа Вирта, он планировал самостоятельно получить докторантуру. В своих мечтах он даже рассчитывал на звание «почтенного профессора», полагая, что был в состоянии проникнуть в самые сокровенные тайны германской старины посредством изучения символов и знаков. Так, например, он писал: «Символы будут в состоянии нам дать ключи к пониманию народных отношений, переселений, древних территориальных завоеваний, так как символы являются выразительным средством высочайшего мировоззрения, следы которого можно обнаружить повсюду».

Как на практике Вайгель планировал проникнуть в глубину древних тайн, используя лишь многочисленные фотографические изображения символов, до сих пор остается загадкой. Сам архив являлся собранием образов. Его возникновение было продиктовано наивной верой Вайгеля в непрерывность символьных форм на протяжении тысячелетий. Каждый из запечатленных на фотографии символов, по Вайгелю, должен было обладать своей историей, своей родословной. Изучая эту родословную, можно было спуститься из современного времени в Средние века, затем в германскую эпоху, а затем и в каменный век. Основу архива составляли специальные карточки-формуляры. Размер карточки соответствовал современному формату А5. Они хранились в специальных массивных каталогах, каждый ящик которых имел длину около метра. Подобные каталоги изготовлялись по специальному заказу Карла Теодора Вайгеля. Каждый формуляр с прилагающимися к нему фотографиями хранился в прозрачной папке, на которую сверху прикреплялся цветной ярлык. По этому ярлыку можно было проследить, в каком регионе Германии был обнаружен тот или иной символ. Сам символ был отпечатан в верхнем правом углу формуляра и использовался для того, чтобы можно было сразу же найти подходящий знак. Так на фотографиях нередко изображалось сразу несколько символов, которые были выстроены в ряд, в формуляре имелась специальная колонка, в которой под символами приводилась дополнительная классификация.

В классификации символов проводились различия между «имеющимися формами» (то есть символами, которые уже были идентифицированы во время исследований) и «возможными формами». Со временем в «Наследии предков» в качестве символа стали воспринимать любые орнаменты и любые встречавшиеся декоративные украшения. Почти все они не смогли избежать попадания в картотеку Вайгеля. В качестве примера можно привести используемую в народном искусстве форму сердца. Вайгель писал по этому поводу: «Судя по всему, сердце принадлежит к группе „вечных символов“. Этот символ может быть верифицирован посредством досконального исследования древних памятников по месту их происхождения. Возможно, этот символ являлся производной от ромба, который через наклонное начертание постепенно превратился в знак любви, так любовные послания нередко писались курсивом. Нельзя пройти мимо того, чтобы не рассмотреть его в качестве символа Матери-земли. В любом случае символ сердца был уже известен индогерманцам, что однозначно указывает на его древность. Также известно, что вафельницы нередко имеют форму сердца. Эти пирожные прессы в первую очередь связаны с общераспространенными методами действий, и, за некоторыми исключениями, почти все они произведены в городе, куда был привнесен этот символ. Таким образом, мы можем найти в этой форме выражение его особого предназначения».