В шумерских источниках говорится, что, когда страдания людей стали невыносимыми, Энки предложил принять меры, чтобы облегчить положение человечества, но Энлиль яростно воспротивился. Больше всего Энлиль возмушался все возрастающим количеством любовных связей молодых аннунаков мужского пола с «дочерьми человеческими». Книга Бытия описывает эту ситуацию следующим образом:

Когда люди начали умножаться на земле и родились у них дочери, тогда сыны Божий увидели дочерей человеческих, что они красивы, и брали (их) себе в жёны, какую кто избрал.

«Табличка с мифом» (CBS-14061), о которой сообщает И. Шиера («Sumerian religious Texts»), повествует именно об этих незапамятных временах и молодом боге по имени Марту, который жаловался, что вынужден просить разрешения, чтобы жениться на смертной женшине. Это было, как сказано в тексте, когда

Город Ни-аб существовал, а Шид-таб нет; Священная тиара существовала, а священная корона нет… Мужчины и женщины сожительствовали… И рождались дети.

Далее в тексте говорится, что город Ни-аб располагался в «обитаемой Великой Земле». Его верховный жрец был искусным музыкантом, и у него были жена и дочь. Однажды, когда люди собрались для жертвоприношения богам и начали жарить на костре мясо жертвенных животных, Марту увидел дочь жреца и влюбился в неё. Он жалуется матери, что все его друзья и знакомые в городе женаты и лишь один он одинок и не имеет супруги и детей. Поинтересовавшись, благосклонно ли девушка восприняла интерес Марту, богиня дала своё согласие на брак. Затем другие молодые боги приготовили свадебный пир. Объявление о свадьбе сопровождалось ударами в медный гонт и звуками семи тамбуринов.

Такие тесные взаимоотношения между молодыми астронавтами и потомками «примитивного рабочего» не понравились Энлилю. В одном из шумерских текстов говорится, что «страна разрослась, расплодились люди», и Энлиля стал «донимать» шум, который производил человек, а также его одержимость сексом. «И сказал Господь: истреблю с лица земли человеков, которых Я сотворил».

Из древних мифов мы узнаем, что аннунаки, приняв решение рыть глубокие шахты в Абзу, также основали научную станцию наблюдения на южной оконечности Африки. Руководила этой станцией Эрешкигаль, внучка Энлиля. Шумерский эпос рассказывает о полном опасностей путешествии Энки и Эрешкигаль к далёкой горе Кур, причём в этом путешествии Энки похитил или насильно удерживал богиню.

(Другие легенды рассказывают о нападении на научную станцию Нергала одного из сыновей Энки. Причиной конфликта стало оскорбление, нанесённое юному богу посланником Эрешкигаль. В последний момент Эрешкигаль спаслась, предложив Нергалу жениться на ней и совместно владеть «таблицами мудрости», которые хранились на станции.)

Когда расположенная на южной оконечности Африки научная станция сообщила о грозящей планете опасности — антарктический ледяной щит стал нестабилен и плавал на прослойке из ледяной крошки и грязи, — Энлиль увидел в этом возможность избавиться от человечества. Опасность усиливалась тем, что в этот период Нибиру как раз приближалась к Земле, и гравитационное поле гигантской планеты могло нарушить хрупкое равновесие, столкнув антарктические льды в океан. Если это произойдёт, огромная волна затопит всю планету.

После того как игиги, которые несли вахту на орбитальной станции, подтвердили реальность угрозы, аннунаки начали собираться поблизости от космопорта в Сиппаре. Однако Энлиль настоял, чтобы скрыть от людей информацию о грядущем потопе. На специальном собрании Совета Богов он заставил всех аннунаков, и особенно Энки, дать клятву о неразглашении тайны.

Последняя часть «Мифа об Атрахасисе», значительная часть «Эпоса о Гильгамеше» и другие месопотамские тексты подробно описывают последовавшие события — как Энлиль использовал Великий потоп, чтобы уничтожить человечество, и как Энки, пойдя наперекор решению Совета Богов, ухитрился спасти своего преданного сторонника Зиусудру (Ноя), объяснив ему, как построить подводный корабль, способный выдержать напор огромной волны.

Сами аннунаки по сигналу поднялись в небо на своих ру-куб илани («колесницах богов»), или ракетах, «от взгляда которых горела земля». С орбиты они наблюдали за массовой гибелью людей во время потопа. Гигантская волна буквально опустошила планету: А.МА.РУ БАР.УР РА.ТА — «Поднялись воды, и потоп вышел». Богиня Суд, создавшая человека вместе с Энки, горько рыдала: «Иштар кричит, как в муках родов… аннунакийские боги с нею плачут». Огромные волны прокатились по земле, смыв плодородный слой почвы и оставив после себя лишь слой грязи: «Там, где прошёл потоп войною, все уничтожил, превратил в глину».

В книге «Двенадцатая планета» мы обосновываем свой вывод о том, что Великий потоп, ставший причиной окончания Ледникового периода, случился около 13 тысяч лет назад.

Когда воды Всемирного потопа стали отступать и почва немного просохла, аннунаки приземлились на горе Низир («Горе Спасения») — горе Арарат. Туда же прибыл и корабль Зиусудры/Ноя, которым управлял кормчий, предоставленный Энки. Энлиль пришёл в ярость, увидев, что «семя человеческое» не погибло, но Энки убедил его сменить гнев на милость — боги, сказал он, не могут больше жить на Земле без помощи людей. «И благословил Бог Ноя и сынов его и сказал им: плодитесь и размножайтесь, и наполняйте земпю».

Ветхий Завет все внимание уделяет Ною и его семье, и там мы не находим упоминаний о других пассажирах Ковчега. Однако в более подробных месопотамских текстах говорится о кормчем построенного Зиусудрой корабля, а также о том, что в последний момент на его борт поднялись друзья и помощники Зиусудры — вместе с семьями. Греческая версия мифа о Потопе в изложении Бероса утверждает, что после Потопа Зиусудру и кормчего взяли к себе боги, а остальные люди были вынуждены самостоятельно искать дорогу в Месопотамию.

Главная трудность, с которой столкнулись все, кто пережил Потоп, это отсутствие пищи. Ною и его сыновьям Господь сказал: «…все звери земные, и все птицы небесные, всё, что движется на земле, и все рыбы морские: в ваши руки отданы они; все движущееся, что живёт, будет вам в пищу». И далее следовало важное дополнение: «…как зелень травную даю вам все».

Эта строчка из Книги Бытия (9:3), которая обычно не привлекает к себе внимания, имеет отношение к зарождению сельского хозяйства. В шумерских же текстах этой теме уделяется гораздо больше внимания. Учёные пришли к выводу, что сельское хозяйство возникло в пределах так называемого «плодородного полумесяца» (Месопотамия, Сирия, Израиль), но они не могут объяснить, почему это произошло в горной местности, а не в долинах, где возделывать землю гораздо легче. Исследователи также установили, что люди начали выращивать «дикорастущих предков» пшеницы и ячменя примерно 12 тысяч лет назад, но их приводит в недоумение генетическая идентичность этих первых зерновых культур, а также ботанико-генетический феномен, когда за короткое время — каких-то 2000 лет — у дикой пшеницы двузернянки количество пар хромосом увеличилось в два, три и четыре раза, в результате чего появились окультуренные пшеница и ячмень, которые обладают уникальной пищевой ценностью и способны расти практически везде, давая по два урожая в год.