Грамоты Гермогена, полученные в Ростове 29 и 30 ноября 1606 г., были немедленно размножены (пока Филарет приступал к молебнам "не по один день"). Известно о переписке их, уже с распоряжением Филарета, в Устюжском Успенском соборе его епархии, а 30 декабря Устюжские списки были получены в Сольвычегодске. Неудивительно, что в условиях "шатости" и царь Василий Шуйский адресовал воззвание не ростовским воеводам, обязанным распространять объявительные грамоты государя вниз по административным уровням, а тому же Филарету (8 декабря 1606 г.)[66].

Ростовский митрополит распространил грамоты патриарха Гермогена вовремя. Болотников, убедившись в неспособности его войска взять Москву прямым ударом, решил "замкнуть блокаду" столицы. Вождь переправил большую часть войска через Москву-реку и двинул в обход города с востока. У села Карачарово, у Рогожской слободы и на берегах Яузы развернулись жестокие бои с царскими полками, переброшенными сюда коротким путём через Москву.

Обе стороны понесли большие потери. Отряду восставших удалось форсировать Яузу. Истома Пашков занял Красное село, угрожая дороге на Ростов, Ярославль и Вологду — главному пути снабжения столицы во время осады, пути в епархию Филарета. В Москве и без того были "голод, тревога и великие раздоры". Народ волновался, требуя от царя не тянуть и решить дело в одном сражении.

27 ноября Василий Шуйский выступил против Болотникова из Замоскворечья. Однако царь трусил и медлил. Болотников успел собрать рассеянные по округе отряды. С ратью в 20 тыс. воинов вождь встретил атаку тяжелой дворянской конницы. Гремя кольчугами и зерцалами, сверкая шлемами, дворянские полки, на девять десятых состоявшие из боевых холопов, смели восставших с поля. Мерно наступавшие полки московских стрельцов прикрывали атакующих частыми залпами из пищалей. Крестьяне бежали врассыпную. Привычные к военным невзгодам казаки отступали отрядами. Восставших можно было разгромить, бросив конницу в преследование. Но Василий Шуйский побоялся отпускать полки, сосредоточенные вокруг его особы. Болотников смог собрать свою рассыпавшуюся армию и отвёл её к селу Коломенскому.

Пока превратности гражданской войны служили царю. Устрашённый вестями о сражении, Истома Пашков в Красном селе испугался, приняв небольшой отряд двинских стрельцов за непобедимое воинство. Он последовал примеру Ляпунова и перешёл с полком на сторону царя. Это предательство нанесло удар по боевому духу восставших. А на помощь Шуйскому подошли полки опытных в боях смоленских и ржевских дворян. Получив под команду отдельное воинство, Скопин-Шуйский выдвинулся в Данилов монастырь, стоявший на полпути от Москвы к Коломенскому. Отсюда князь пошёл в решительное наступление. По дороге к нему присоединились смоленские ратники, выступившие из Новодевичьего монастыря.

Болотников не стал дожидаться нападения в Коломенском. Получив вести о выступлении князя, вождь бросился ему навстречу. Противники встретились у деревни Котлы, ровно на середине пути, разделявшем войска ночью. Ещё немного, и Болотников успел бы разгромить части войска Михаила Васильевича поодиночке. Встретив соединенные царские полки, крестьяне и холопы бились отчаянно, но были вновь смяты тяжёлой конницей.

Дворянская конница упорно преследовала врага. Повстанцы понесли крупные потери. Множество их попало в плен. Войско Болотникова было деморализовано. Но холоп-полководец сумел отвести часть сил в Коломенское. Скопин-Шуйский окружил село, однако предусмотрительно не бросил войска на штурм. Укрепления повстанцев могли вызвать заминку у наступающих, способную обернуться паникой и разгромом. Скопин-Шуйский потребовал прислать из Москвы артиллерию. Болотников её прибытие предусмотрел. Его люди, работая день и ночь, прикрыли деревянные надолбы земляными валами и построили укрытия от навесного огня. По словам очевидца, зажигательные ядра и разрывные бомбы "разбить острога не могли, потому что в земле учинён крепко". Повстанцы "от верхового бою огненного укрывались под землей, ядра же огненные удушали кожами сырыми воловьими". Скопин-Шуйский применил техническую новинку — сочетание зажигательного ядра с разрывной бомбой. Защитники Коломенского "гасить их не смогли, самих же стало зло убивать, и острог их огненными ядрами зажгли". Этого было достаточно, чтобы восставшие в панике бежали из села под сабли дворянской конницы.

Несмотря на разгром, Болотников увел в Калугу 10 тыс. воинов с огнестрельным оружием. Другая часть восставших укрылась в Туле. Они смогли оторваться от преследования по тому, что их товарищи продолжали держаться в деревне Заборье, занятой в самом начале московской осады. Царские воеводы не рискнули оставить этот отряд в своем тылу. Под Заборьем армия Василия Шуйского остановилась. Когда усилиями Скопина-Шуйского Заборье было взято, началась резня.

Напуганные крестьянской армией дворяне зверствовали. Они вырезали население целых сёл, не щадя людей, искавших спасения в храмах. Каратели творили то, в чём патриарх Гермоген обличал повстанцев, называя их "ворами и хищниками", сатанинскими учениками. Но — не отлучая от Церкви. Святитель не мог отлучать людей, верных присяге царю Дмитрию, которую нарушили те, кто служил царю Василию. К тому же зверствами новый царь превзошёл кровожадную толпу повстанцев. Около 20 тыс. захваченных в плен участников восстания по приказу Василия Шуйского подлежали истреблению. Такого ужаса Русь не помнила со времён Ивана Грозного. Пленников стали сажать на кол, но это оказалось хлопотно. Каждую ночь несчастных сотнями выводили на берег Яузы, ставили в ряд, глушили дубинами и спускали под лед. Так расправлялись даже с повстанцами, взятыми в плен по договору. Для царя они были не военнопленными, а злодеями-бунтовщиками, не заблудшими братьями во Христе, как считал патриарх Гермоген, а зверями дикими.

Патриарх Гермоген. Из "Титулярника". 1672 г.

Гермоген и Василий Шуйский старались: один — усовестить, другой — устрашить восставших. Но часть страны отказывалась подчиниться боярскому царю. Огромная армия Ивана Ивановича Шуйского безуспешно осаждала Калугу. Отразив приступ, Болотников ежедневными вылазками уничтожал осаждавших, почти не неся потерь. Поставленные во главе армии ближние родичи царя не могли сравниться в разуме с вождём восстания. Деревянный город под его руководством стал неприступной крепостью. Принявшие повстанцев калужане имели хороший запас продовольствия, а снабжение царской армии было затруднено. Потери от вылазок росли. Пассивная осада вела к поражению. В мае 1607 г. на помощь Калуге пришел самозваный "царевич Петр" (терский казак Илья Муромец). Карательная армия была разгромлена. Царские полки бежали, бросая оружие и припасы.

Патриарх Гермоген как будто предвидел такое развитие событий. Ещё со 2 февраля 1607 г. святейший с Освященным собором готовился к невиданному мероприятию — разрешению русского народа от клятвопреступлений перед прежними государями: царём Борисом и его семьей (царевичем Фёдором, царицей Марией и царевной Ксенией), на верность которой присягали дважды (при воцарении Бориса и после его смерти), а также от нынешних клятвопреступлений и ложных клятв самозванцам. Это позволяло освободиться от прошлого (царевна Ксения была ещё жива и томилась в монастыре, куда ее заключил Лжедмитрий) и получить возможность канонично отлучать от Церкви будущих нарушителей присяги Шуйскому. Главную роль в церемонии должен был сыграть низвергнутый патриарх Иов, которого Гермоген в письме, посланном с Крутицким митрополитом Пафнутием, коленопреклоненно молил "учинить подвиг" и прибыть в Москву "для его государева и земского великого дела".