Двойственное отношение к греческому авторитету было характерно для Филарета, утверждавшего в "Сказании" закономерность установления в России патриаршества, поскольку в других странах православие пришло в упадок, и ссылавшегося при этом на греческих архиереев. Подозрительно относясь к греческому благочестию, он оплачивал переводы греческих книг, открыл под конец жизни греческую школу для детей (1632).

Двойственность была и в исправлении книг. Филаретовские издания разнились между собой, допускалось использование старых книг, даже содержавших ереси вроде "обливательного крещения", за которое патриарх сурово упрекал католиков.

Деятельная поддержка патриархом книгоиздания позволила напечатать большими тиражами множество книг, подготовить такие капитальные публикации, как фундаментальный и до сих пор образцовый 12-томник Миней месячных (1619–1630). По воле царя и патриарха книги Печатного двора предоставлялись церквям, монастырям и торговцам по себестоимости, а на окраины отправлялись бесплатно.

Заслужить от Филарета наказание было весьма трудно. Митрополит Иона сумел потерять кафедру и удалился на покой в Спасо-Прилуцкий монастырь лишь после третьего церковного собора о его винах (1621), когда выяснилось, что он без суда и следствия лишил сана и невинно сослал архиепископа Вологодского Нектария. Страдальца же Филарет освободил и при первой возможности вернул ему епархию (1625). Преследуя безнравственность, патриарх навечно упёк в монастырь лишь двух отъявленных развратников.

Содействуя литераторам, Филарет временами пугал их придирчивостью, но отнюдь не был фанатичен и жесток. Не раз изобличенный вольнодумец князь Семён Шаховской продолжал сотрудничать с Филаретом и жаловался в стихах, что патриарх (вполне законно) запрещает ему четвертый брак. С двух попыток добился годичного заточения в монастырь князь Иван Хворостинин, поклонник ненавистной патриарху западной культуры, впавший в ересь и запой, писавший стихи, что "на Москве всё люд глупой, жить не с кем". Но и он был прощён, хотя, по мнению Филарета, позорил свой славный род.

Уверенный в себе, патриарх был незлоблив и доверчив, но важнейшие дела решал обстоятельно. При канонизации преподобных Макария Унженского (1619) и Авраамия Галицкого (1620) доказательством святости служили засвидетельствованные авторитетными комиссиями исцеления от их мощей.

Патриарха смутило, что "святыня, что называют Христовою срачицею, прислана от иноверного царя" — персидского шаха, да ещё в ковчеге с латинской надписью. Начавшиеся от Ризы Господней исцеления помогли Филарету уверовать; на радостях он предложил шаху принять православие и дружески предостерег от обращения в католичество.

Наиболее могущественный из всех архипастырей Русской православной церкви не стремился закрепить это исключительное положение за своим преемником, избрав его по принципу наименьшего "дерзновения" к царю. "Хозяин земли русской", с характером старинного добродушного московского боярина, полагал, что именно безраздельная власть его наследников будет благодатна для Русской церкви и Российского государства.