В победных кубковых финалах сезона 1985/1986 за «Абердин» играли: Джим Лейтон, Стюарт Маккимми, Брайан Митчелл, Билли Старк, Алекс Маклиш, Вилли Миллер, Эрик Блэк, Нил Симпсон, Фрэнк Макдугалл, Нили Купер, Джон Хьюит, Стиви Грей, Томми Маккуинн, Джим Бетт, Джон Макмастер, Питер Уэйр, Джо Миллер.

В ноябре 1986 года Ферги возглавил «Манчестер Юнайтед», а его место занял Джон («Ян») Портерфилд (его уволили летом 1988 года). Всего, с 1978 по 1986 год, Алекс Фергюсон провел с «Абердином» 288 матчей (+167=71–50). С уходом Фергюсона великая эпоха в истории «Абердина» завершилась, и вскоре дела у команды пошли не самым блестящим образом. После 4-го места в сезонах 1986/1987 и 1987/1988, три сезона подряд (1988/1989–1990/1991) «красные» становились вице-чемпионами Шотландии и два года подряд проигрывали финал Кубка Шотландской лиги «Рейнджерсу» – 25.10.1987 (3:3, пенальти 3:5) и 23.10.1988 (2:3).

В сезоне 1989/1990, когда командой руководил дуэт в составе Алекса Смита и Джоки Скотта, «Абердин» оформил кубковый «дубль», обыграв обоих грандов. В финале Кубка страны 12.05.1990 по пенальти со счетом 9:8 был повержен руководимый Билли Макниллом «Селтик», за который играли бывшие «красные» Билли Старк и Джо Миллер (в основное и дополнительное время 0:0), а 22.10.1989 в финале Кубка Шотландской лиги – «Рейнджерс» (2:1). Оба мяча записал на свой счет англичанин Пол Мейсон.

В составе героев кубковых баталий сезона 1989/1990 играли: голландец Тео Снелдерс, Стюарт Маккимми, Алекс Маклиш, Вилли Миллер (капитан), Дэвид Робертсон, Бобби Коннор, Оуэн Джесс, Джим Бетт, Брайан Грант, Чарли Николас, Пол Мейсон, Брайан Ирвин, голландцы Биллем ван дер Арк и Ханс Гиллхаус, Грэм Уотсон, Оуэн Джесс, Скотт Бут, Иан Кэмерон, Дэви Доддс, Скотт Харви, Бобби Миммс, Крейг Робертсон, Иан Робертсон, Нил Симпсон, Грэгг Уотсон, Стиве Райт и Майкл Уатт.

Подобного успеха «красные» могли добиться под руководством своего бывшего лидера Вилли Миллера и в сезоне 1992/1993, но, заняв 2-е место в чемпионате, они проиграли оба кубковых финала «Рейнджерсу» с одинаковым счетом 1:2 – в Кубке Шотландии 29.05.1993 и в Кубке Шотландской лиги 25.10.1992.

Последний завоеванный «Абердином» трофей датируется сезоном 1995/1996. В этом году команда, возглавляемая Ройем Эйткином, стала третьим призером национального чемпионата (в следующий раз «красные» добьются подобного успеха лишь в сезоне 2006/2007) и выиграла Кубок Шотландской лиги. В финальном матче 26.11.1995 на стадионе «Хэмпден Парк» в Глазго «Абердин» победил «Данди» со счётом 2:0 благодаря голам Данкана Ширера и Билли Доддса.

В составе победителей в финале играли: Майкл Уотт, Стюарт Маккимми, Стивен Гласе, Брайан Грант, Джон Айнглис, Гари Смит, Джо Миллер (Хью Робертсон), Данкан Ширер, Пол Бернард, Билли Доддс, Оуэн Джесс (Питер Хезерстон).

После этого коллектив стало лихорадить, а к игровым проблемам добавились финансовые. В сезоне 1999/2000 «Абердин», который тогда тренировал датчанин Эббе Сковдаль, проиграл в финале Кубка Шотландии «Рейнджерсу» (0:4; это был прощальный матч многоопытного голкипера «красных» Джима Лейтона), а в финале Кубка Шотландской лиги – «Селтику» (0:2).

В сезоне 2013/2014 «Абердин» под руководством принявшего команду в марте 2013 года Дерека Джона Макиннеса вновь играл в финале Кубка Шотландской лиги и на этот раз завоевал заветный трофей, победив 16 марта 2014 года на стадионе «Селтик Парк» в Глазго в финале клуб «Инвернесс Каледониан». Основное и дополнительное время закончилось без забитых мячей. Однако в серии пенальти сильнее были «красные» – 4:2. Результативными оказались попытки Барри Робсона, Ники Лоу, Скотта Вернона и Адама Руни. Этот трофей стал дл «Донс» первым с 1995 года, когда также была добыта победа в Кубке Лиги. Таким образом, закончилась безрадостная эпоха для болельщиков «Абердина», которая растянулась на долгие 19 лет.

В финале за победителей играли: Джеймс («Джейми») Роберт Лэнгфилд, Эндрю («Энди») Консидайн (англичанин Скот Малкольм Вернон, 108), Марк Рейнолдс, Расселл Андерсон (капитан), англичанин Шалеум («Шей») Нарвал Логан, ирландец Джонатан («Джонни») Хэйс (Кэмерон «Кэмми» Смит, 6), Барри Гордон Джордж Робсон, североирландец Найалл Макгинн, Райан Джек, ирландец Уилльям («Виллио») Роберт Флад, Адам Кристофер Руни, Никки Лоу.

Кроме того, в сезоне 2014/2015 «красные» стали вице-чемпионами страны, пропустив вперед только «Селтик». При этом, высокорослый ирландский форвард «Абердина» Адам Руни, поигравший в Англии за «Сток Сити», «Бери», «Бирмингеме» и «Олдем Атлетик», забив 18 мячей, стал лучшим бомбардиром чемпионата. Интерсно, во время зимнего межсезонья в 2011 году Руни мог оказаться в России, но владевший тогда правами на игрока «Инвернесс» посчитал предложенные краснодарской «Кубанью» 100 тысяч фунтов недостаточной суммой.

Самым принципиальном соперником «Абердина» на высшем уровне считается «Данди Юнайтед», а матчи между этими двумя командами называют дерби Новой Фирмы.

Стадион «Питтодри» вошёл в историю мирового футбола, как первый стадион, где места для тренерских штабов и игроков соперничающих команд были опущены в специальный ров ниже уровня поля – изобретение бывшего игрока и тренера «Абердина» Дональда Колмана. «Питтодри» стал и первым в Великобритании стадионом, который был полностью оборудован индивидуальными сиденьями и закрытыми сверху козырьками трибунами. Кроме того, «Питтодри», который расположен всего лишь в пятистах метрах от Северного моря, считается одним из самых холодных стадионов в Британии.