Не менее просто решился вопрос с помещением для госпиталя. Каннингхэм присмотрел «приятный, удачно расположенный дом на возвышенности». Правда, возникла небольшая помеха — хозяйка дома забралась на кровать и отказывалась покинуть помещение. Взвод итальянских солдат выбросил ее вместе с кроватью и остальными пожитками. Больше она англичан не беспокоила.

В самый разгар этой деятельности с родины пришло сообщение, что за участие в Дарданелльской операции капитан III ранга Эндрю Каннингхэм награжден орденом «За Отличную Службу». 14 марта 1916 г. «Лондон Газетт» опубликовала список всех, представленных к этой высокой награде. В том же перечне фигурировала фамилия однокурсника Каннингхэма по «Британии» Джеймса Сомервилла.

После того как все административные вопросы на берегу были решены, соединение Каннингхэма приступило к операциям против турецкого побережья. Каннингхэм приказал оснастить всем необходимым два моторных катера, чтобы они могли действовать по ночам в самых мелководных бухтах. Англичане уничтожили множество турецких каиков, которые могли доставлять припасы германским подводным лодкам, но сами подводные лодки или их суда снабжения им не попадались. Некоторые бухты с узкими входами имели сильную оборону. Турки применяли все виды огнестрельного оружия, включая какие-то древние самопалы, стрелявшие тяжелыми свинцовыми пулями около полудюйма диаметром. Они пробивали даже противопульные металлические щиты, защищавшие мостики эсминцев.

Трудно сказать, насколько эффективными были эти операции для обеспечения безопасности транспортного маршрута Египет — Салоники, но в любом случае, ни один пароход союзников не подвергся атаке подводной лодки на этом участке в течение тех 4 месяцев, пока там действовали корабли Каннингхэма.

В июле на «Скорпионе» начались поломки с машинами и его командир получил приказ идти в метрополию для ремонта. Каннингхэм привел эсминец в Портсмут, где его поставили в док, и на время расстался со своим кораблем. Пробыв сутки в увольнительной, Каннингхэм вновь поспешил в Средиземное море, временно приняв командование эсминцем «Рэтлснейк». На «Рэтлснейке» Каннингхэм принял участие в операции по захвату греческого порта Пирей союзными военно-морскими силами. Флот союзников состоял из нескольких французских линейных кораблей, старого английского эскадренного броненосца «Глори», 1 крейсера, тральщиков и дюжины эсминцев — дивизион Каннингхэма из 4 кораблей типа «Бигл» и 8 французских.

В ночь на 31 августа 1916 г. эсминцы Каннингхэма и тральщики отбыли в Пирей. Их задача состояла в том, чтобы расчистить проход от мин в залив Саламис, освободить от мин акваторию залива и установить сетевые заграждения. Словом, подготовить все для безопасной стоянки флота. Руководство операцией было возложено на капитана III ранга Каннингхэма.

Траление мин непосредственно в заливе проходило в довольно напряженной обстановке, поскольку орудия береговых фортов были наведены на английские корабли и их стволы поворачивались и следовали за тральщиками и эсминцами, повторяя их передвижения по заливу. Однако открыть огонь греки так и не решились. Тральщики действовали не без проблем. Их тралы постоянно рвались и путались. К 2 часам ночи стало совершенно очевидно, что акватория не будет расчищена к сроку, поскольку прибытие флота ожидалось уже через час. Каннингхэм сообщил об этом радиограммой адмиралу де Фурие. В ответ французский командующий заявил, что его это не волнует и он собирается прибыть точно в назначенное время. Каннингхэм приказал 4 эсминцам прочесать акваторию тралами на скорости IS узлов, и как раз закончил эту работу к тому моменту, когда в залив вошел первый французский дредноут. Флот смотрелся прекрасно, когда входил в залив на большой скорости, вытянувшись в одну колонну. В колонне шли 8 линейных кораблей, в хвосте которой тащился «Глори», изо всех сил пытавшийся не отстать.

С рассветом французы приступили к захвату греческого флота и всех торговых судов на рейде Пирея. Последующие несколько дней английские эсминцы простояли в полном бездействии. Как только пришел приказ сократить число эсминцев до двух, Каннингхэм, не предвидя никаких интересных перспектив в Греции, почел для себя за лучшее отбыть.

Осенью 1916 г. «Скорпион» возвратился в Средиземное море после ремонта. Каннингхэм обнаружил его в Мудросе, стоявшим с противоположного борта угольщика, с которого грузился и «Рэтлснейк». 2 октября Каннингхэм принял командование своим прежним кораблем. За исключением старшего инженер-механика, на «Скорпионе» служили новые офицеры и новые матросы. Подавляющее большинство команды составляли резервисты и призывники, попавшие на флот только на время военных действий. Каннингхэм не любил резервистов. «Они совсем не такие», — писал он матери из Мудроса, — «жалкие людишки по сравнению с прежними, но, несомненно, скоро будет с ними все в порядке». К тому времени Каннингхэм уже обрел на флоте репутацию признанного мастера по «приведению людей в порядок». Через несколько месяцев он сделал из своих новобранцев сплоченный экипаж настоящих моряков. Свою лепту в воспитательный процесс внес и инженер-механик Ричарде. Этот маленький человечек, родом из Понтипула, если судить по его разговорам, был очень красным социалистом, но в подчиненном ему машинном отделении действовал как настоящий диктатор.

Поздней осенью 1916 г. флотилию на время отправили патрулировать у входа в Дарданелльский пролив. В ночь на 30 ноября на обратном пути в базу «Скорпиона» протаранил шедший задним мателотом «Волверайн». Вахтенный офицер последнего ошибочно принял огни на мысе Нигер за кормовые огни «Скорпиона» и, сделав ошибочный маневр, врезался в правый борт флагмана в районе носовой надстройки. В борту «Скорпиона» образовалась огромная вертикальная дыра, от полубака почти до киля. Форштевень «Волверайна» перерезал напополам трап, ведущий с нижней жилой палубы, но матросы спаслись, вскарабкавшись наверх по рваным краям пробоины.

«Скорпион» кое-как дотащился до Мудроса, где ремонтная бригада поставила на пробоину временные заплаты. На борту плавучей базы «Бленхейм» собралась следственная комиссия в составе наиболее опытных штурманов флотилии под председательством капитана I ранга Куда. Прозаседав почти целый день и приняв изрядное количество спиртного, комиссия вынесла вполне закономерное в такой ситуации решение: «Обстоятельства, при которых произошла эта авария, установить невозможно». Позднее командир флотилии уже своим единоличным решением сурово наказал обоих вахтенных офицеров, что они полностью заслужили.

В новом, 1917 г. «Скорпион» занимался главным образом эскортированием конвоев, которые наконец то были введены и на Средиземном море, что резко сократило потери грузового тоннажа союзников. Однажды Каннингхэму пришлось сопровождать конвой и полудюжины тихоходных судов различной национальной принадлежности. Принцип интернационализма полной мере воплощал и эскорт, состоявший из английских, французских, итальянских и… японских кораблей. Япония послала в помощь союзникам на Среди земном море 8 эсминцев. В своих мемуарах Каннингхэм отмечал, что японские экипажи были самыми лучшими из всех по уровню боевой подготовки. Единственный недостаток малотоннажных японских эсминцев заключался в том, что во время шторма они не могли поддерживать достаточно высокую скорость хода и к концу дня отстали от конвоя на несколько миль.