Как известно, для кругосветного плавания в Англии были закуплены два шлюпа — «Нева» и «Надежда», первый из которых оснащался на средства РАК, а второй взяла на содержание казна. Общее командование морской частью экспедиции поручили капитан-лейтенанту Ивану Федоровичу Крузенштерну, опытному мореходу и любимцу матросов, который несколько лет назад (как, впрочем, и Резанов) вносил в правительство проект такого путешествия. В его подчинении находился шкипер «Невы» Юрий Федорович Лисянский. Первоначальные императорские инструкции не проводили четкой границы между полномочиями Резанова и Крузенштерна. Лишь незадолго до отплытия камергеру была келейно вручена царская бумага, удостоверяющая его полное первенство в руководстве предприятием. Однако по каким-то причинам Резанов официально не представился и вообще ничего не сказал об этом ни морякам, ни включенным в экспедицию ученым, ни членам дипломатической миссии. Добавим к этому, что такое назначение юридически противоречило Морскому уставу Петра I, согласно которому вся полнота власти на корабле (вплоть до заключения браков!) принадлежит капитану. «Крузенштерн был признан всей Европой как зачинатель всей этой экспедиции и ее предводитель, — писал участник экспедиции лейтенант Е. Е. Левенштерн, — он оставил свою жену и ребенка и счастливую жизнь ради славы, чтобы создать себе имя и быть полезным своей семье. И мы покинули Россию в твердом убеждении, что Резанов находится у нас на борту в качестве пассажира». О том же свидетельствует, например, ученый-натуралист Г. И. Лангсдорф, присоединившийся к экспедиции в Копенгагене: «…Я так искренне упрашивал камергера Резанова, который отправлялся с экспедицией в качестве посла в Японию, принять меня участником рейса, что наконец, поскольку мое ходатайство было поддержано превосходным капитаном фон Крузенштерном, собственно руководителем экспедиции, я имел счастье обнаружить, что мне эта честь предоставлена».

Однако со временем Резанов стал заявлять свои права на главенствующую роль. Более того, его замыслы и распоряжения начали вступать в очевидное противоречие с интересами команды. Так, у него появилась идея оставить «Надежду» на Камчатке, в распоряжении руководителя российских колоний в Америке, а всех офицеров и матросов (за исключением двух) списать на берег. Что такое добираться своим ходом от Петропавловска до Петербурга, моряки хорошо понимали, и эта перспектива их отнюдь не радовала.

На острове Нукагива наступила кульминация конфликта. Крузенштерн ввиду истощения запасов продовольствия запретил членам экспедиции вести торг с аборигенами и менять ценившееся ими железо на безделушки. Резанов, имея поручение от государя собрать коллекцию артефактов для Академии наук, приказ проигнорировал. Эти действия, квалифицированные Крузенштерном как самоуправство, были пресечены. В ответ посол обвинил капитана в ребячестве, причем сделал это на шканцах — в месте, особо почитаемом моряками.

Крузенштерн вспылил. «…Капитан ездил на “Неву” и вскоре возвратился, крича: “Вот я его проучу”, — описывал дальнейшие события Резанов. — Спустя несколько времени прибыли с “Невы” капитан-лейтенант Лисянский и мичман Берг, созвали экипаж, объявили, что я самозванец, и многие делали мне оскорбления, которые при изнуренных уже силах моих повергли меня без чувств. Вдруг положено вытащить меня на шканцы к суду».

Дипломат был обвинен в самозванстве и перед лицом всей команды принужден (на десятый месяц плавания!) публично продемонстрировать бумагу, дававшую ему руководящие полномочия. Увидев царскую подпись, капитаны и матросы сдержались, но ненависть их к надменному баричу никуда не делась. Еще более усилилась она, когда по прибытии в Петропавловск Резанов попытался объявить Ивана Федоровича бунтовщиком и заковать его в кандалы. Лишь разумное вмешательство петропавловского губернатора П. И. Кошелева, казалось, примирило двух антиподов.

Вернувшись на корабль, капитан и посланник продолжали общение исключительно через переписку. Резанов заперся в своей каюте и не покидал ее до того, как корабли подошли к Нагасакской гавани. К этому времени Николай Петрович уже не был тем сиятельным вельможей, который покидал Петербург. Ныне он представлял собой усталого, одинокого, изнуренного и морально, и физически человека. Увы, ему не хватило дипломатической гибкости, чтобы урегулировать конфликт с соотечественниками. Уже одно это заставляет задуматься о том, правильно ли император выбрал посланника для важнейших переговоров с Японией.

Дипломатическая задача, стоявшая перед Николаем Петровичем Резановым, была очень тяжела. Обстоятельства вынуждали его оперативно вникать в особенности неизвестной чужеземной культуры, и надо отдать ему должное: он пытался это делать. Во время путешествия Резанов начал изучать японский язык и достиг в этом определенных успехов, позволивших ему даже составить русско-японский словарь. Крузенштерну он выдал весьма разумную инструкцию, суть которой выражена в следующей фразе: «Скромным и снисходительным обращением можно снискать ласку и любовь сего народа, и в такое самое время сие произведет в умах японцев приличное о достоинстве Российской империи впечатление».

Первая встреча с важными чиновниками из Нагасаки произошла на борту «Надежды». Резанов в торжественной обстановке пообещал им соблюдать все традиции Страны восходящего солнца, но — с оговоркой: если они не будут предосудительны для величия России. Критерии предосудительности Николай Петрович определял как европеец и потому был весьма удивлен унизительным раболепием голландцев по отношению к японцам. В отличие от них русский посланник взял гордый тон и начал добиваться протокольных уступок. Так, например, он отказался выйти на встречу с уполномоченными губернатора, заявив его посланникам: «Сделать это я не могу, ибо так велико мое звание, что если бы и самому губернатору решился я оказать такую честь, то только из единого уважения моего к нему, как уполномоченному высшей власти». По поводу многочисленных поклонов и приседаний, издревле выражавших почтение в Японии, посланник сказал так: «Я слишком почитаю японскую нацию, чтобы дружбу и работу с ней начинать с безделиц. А обычаи ваши нисколько для меня не удивительны. Но они у нас другие, и притом они также непоколебимо сохраняются». Резанов был столь упорен в отстаивании европейских взглядов на церемониал, что, кажется, порою противоречил собственным суждениям о «скромном и снисходительном обращении». «Вряд ли Резанов поедет в Йедо, уж слишком абсурдны его претензии, и в своей запальчивости он ведет себя очень неуважительно по отношению к гордым японцам», — записал в судовом журнале Крузенштерн (впрочем, его легко заподозрить в пристрастности).

Местные власти уважили некоторые требования Резанова. Сначала ему по болезни предоставили возможность гулять на берегу (правда, в специальном месте), а затем соорудили павильон для проживания. Однако когда посол вошел в свое жилище, на дверь тут же повесили замок, заключив Николая Петровича в почетный, но все-таки плен. Более полугода Резанов безуспешно пытался склонить японцев хотя бы принять щедрые дары своего государя. Ответ японского императора, привезенный из Эдо, был, однако, категоричен: «Могущественный государь посылает посланника и множество драгоценных подарков. Приняв их, властитель японский должен был бы, по обычаям страны, отправить посольство к императору России с подарками, столь же ценными. Но существует формальное запрещение жителям и судам оставлять Японию. С другой стороны, Япония не так богата, чтобы ответить равноценными подарками. Таким образом, властитель японский не имеет возможности принять ни посланника, ни подарков. Япония не имеет больших потребностей, и поэтому иностранные произведения не могут быть ей полезны; излишняя же роскошь не должна быть поощряема…» Помимо этого, император дезавуировал разрешение, выданное Лаксману. В конце концов, измученный и взбешенный, Резанов покинул Нагасаки ни с чем.