Командование Западного фронта, по всей видимости, осуществляло контроль и за партизанскими отрядами, действовавшими в западной части Брянской области. В одном из немецких донесений от января 1942 года говорится, что четыре партизанских бригады в Клетнянском лесу были объединены в «4-ю партизанскую дивизию (в составе 10-й армии), подчиненную штабу Западного фронта». В том же донесении упоминается о существовании еще одного штаба, видимо штаба партизанской дивизии, возглавляемого Мальцевым. В другом немецком донесении отряд под командованием Мальцева упоминается как «3-я партизанская дивизия». Возможно, эти штабы дивизий были созданы по образцу двух других партизанских дивизий – 1-й и 2-й, – сформированных в районе Ельни в 1942 году. Видимо, они были организованы генералом П.А. Беловым, бывшим командующим силами партизан в районе Ельни, который в октябре 1942 года принял на себя командование партизанами в районе Рославль – Брянск – Гомель. Пребывание Белова в Брянской области, если он вообще там находился, было недолгим; ни в одном из немецких донесений не содержится упоминаний о нем.

Управление партизанами в восточной и южной частях Брянской области сначала осуществлялось командованием Западного фронта, а начиная с апреля 1943 года командованием Центрального фронта. Штабы обоих этих фронтов большую часть времени находились в Ельце.

Отряды, действовавшие в восточной части области, вокруг Карачева, подчинялись напрямую советской 61-й армии, входившей в состав Брянского фронта. Однако, согласно немецким донесениям, эти отряды не являлись партизанскими, а представляли собой специальные диверсионные подразделения, укомплектованные военнослужащими Красной армии, их операциями руководил разведывательный отдел 61-й армии.

К юго-востоку от этих отрядов, в Михайловском районе, примерно двумя тысячами партизан, организованными в пять отрядов, командовал секретарь местного райкома Панченко. Панченко являлся начальником так называемого Штаба объединенных партизанских отрядов Курской и Орловской областей, который по своей структуре и функциям был аналогичен штабу Емлютина в южных Брянских лесах, хотя помимо руководства обычными действиями партизан он занимался сбором разведывательных сведений для Красной армии. О широком размахе этих действий говорится в одном из немецких донесений, составленном разведывательным подразделением после проведения тщательного расследования; в нем также упоминается о руководстве действиями партизан командованием Западного фронта:

«По всей видимости, штабом Панченко руководит партизанский отдел Брянского фронта.

Штаб Панченко также широко задействован в сборе разведывательных сведений; эта работа проводится под руководством РО (разведывательного отдела) Брянского фронта и, по всей видимости, в контакте с РО Юго-Западного фронта. Проведение разведки в тылу [отрядами Панченко] затрагивает обширную территорию, прилегающую к фронту [немецкой] 2-й танковой армии между Волховом и Понырями, и проникает в глубь занимаемого армией сектора на правом фланге…»

Взаимоотношения командования Брянского фронта с действовавшими на юге области партизанами были более сложными. Можно вспомнить, что действовавшие там отряды, номинально оставаясь самостоятельными, в 1942 году выполняли распоряжения штаба Емлютина. О строгом контроле этого штаба за действиями отдельных партизанских отрядов свидетельствуют два захваченных немцами приказа. Эти документы показывают, что отряды не только получали боевые приказы на выполнение заданий, но также и инструкции о том, как и где устраивать лагеря и вести подготовку бойцов отрядов.

О том, что Емлютин поддерживал тесную связь по радио и по воздуху со штабом Брянского фронта в Ельце, говорится в нескольких немецких донесениях. Не совсем ясно, кто в командовании Западного фронта являлся вышестоящим начальством для Емлютина. Несколько немецких источников прямо утверждают, что Емлютин получал указания от Особого отдела Брянского фронта. В силу того, что сам он являлся офицером НКВД, вполне вероятно, что он поддерживал связь с Особым отделом[57]. Однако взятый немцами в плен партизан сообщил, что в апреле 1943 года он получил назначение в партизанский штаб Центрального фронта (образованного вместо Брянского фронта). Он утверждал, что этот штаб должен был доводить приказы командования Центрального фронта до партизан в Брянских лесах. Большинство этих приказов касались боевых операций: взрывов мостов и проведения рейдов на отдельные населенные пункты. Партизаны в свою очередь направляли в штаб по радио запросы о поставках оружия, боеприпасов и взрывчатки. Начальником штаба был комиссар Епишин, в составе штаба, кроме его заместителя, было тринадцать кадровых военных.

Судя по этим свидетельствам, партизанский штаб Центрального фронта в Ельце напрямую практически не руководил партизанами, а служил в основном передаточным звеном. Однако вполне возможно, что орган, в состав которого входил попавший в плен партизан, не являлся партизанским штабом, а был лишь его центром связи, в пользу этого говорит то, что он находился не в самом Ельце, а на небольшой железнодорожной станции за его пределами.

На отношения, существовавшие между Ельцом и командованием партизан в Брянских лесах, проливает свет ряд документов, захваченных немцами в 1943 году. В этих же документах указывается, что летом 1943 года внутри партизанского командования в немецком тылу произошли некоторые изменения. Емлютина сменил подполковник Горшков[58]. Сам штаб получил название Южная оперативная группа[59]. В ней насчитывалось 300 человек, имелся собственный Особый отдел, а также специальная «тревожная» группа, рота охраны, госпиталь и типография, где печаталась газета «Партизанская правда». Оперативная группа направляла подчиненным ей подразделениям подробные инструкции, составленные на основании общих указаний, полученных из советского тыла. Захваченные документы свидетельствуют, что ряд директив был направлен из Москвы Центральным штабом партизанского движения и подписан его начальником Пономаренко. Другие приказы Горшков и командиры партизанских бригад получали от Матвеева, начальника партизанского штаба Центрального фронта и секретаря Орловского обкома партии. В июле 1943 года, например, Матвеев подверг суровой критике ряд отрядов, преждевременно прекративших операцию по проведению взрывов на железнодорожных коммуникациях немцев, начатую в ночь на 22 июня 1943 года. Обвинив две бригады в подаче ложных рапортов об участии в операции, он грозил суровым наказанием в случае повторения чего-либо подобного: