На отказы ракет наложилась и их нехватка. Производство AGM-86С было прекращено в середине 80-х годов. Ракеты расходовались в ходе операций «Десерт Сторм», «Десерт Страйк» и «Десерт Фокс», а освобождение арсеналов US Air Force в период «Союзнической силы» пошло просто ударными темпами. В результате экипажи В-52Н переключились сначала на использование ракет IAI/Локхид Мартин AGM-142 «ХэвНэп» с дальностью пуска 90 км (у AGM-86С дальность пуска 900 км), а затем на работу обычными фугасными бомбами. То есть, начав с «умного» оружия, американцы вновь пришли к «глупому». О «точечных» ударах было забыто, по крайне мере применительно к В-52.

В боевых действиях приняли участие три из шести самолетов В-2А Block 30, имевшихся в строю к началу конфликта. «Спириты» выполнили лишь 50 боевых вылетов (0,17% от всего числа боевых вылетов авиации НАТО), но сбросили почти 11% от всех использованных в операции «Союзническая сила» авиационных боеприпасов.

Стратегические бомбардировщики В-1В «Лансер» из 28-го бомбардировочного авиакрыла САК ВВС США были переброшены на авиабазу Фэйфорд в Великобританию. Отсюда в период проведении операции «Союзническая сила» они наносили удары по Югославии.

Разведывательные ДПЛА IAI/TRW «Хантер» из состава тэск форс «Хантер» базировались в македонском аэропорту Петрович. Начиная с середины апреля 1999 г. они выполняли разведывательные полеты над Косово.

Основным оружием самолетов В-2А в ходе балканского конфликта стали новейшие (официально еще не принятые на вооружение) корректируемые авиабомбы GBU-31 типа JDAM (калибр 900 кг) с инерциально-спутниковым наведением. Бомбометание выполнялось с высот порядка 12 км. Самолеты подходили к цели зигзагом, несколько раз кратковременно включая БРЛС, осуществлявшую картографирование местности по курсу в секторе 30 град. За счет данных, полученных от бортового радара , удавалось более точно привязаться к местности, уточнить истинную высоту полета и местоположение цели. Затем посредством системы управления вооружением GATS непосредственно перед бомбометанием проводилась коррекция в системы самонаведения корректируемых авиабомб. В результате точность бомбовых ударов боеприпасами JDAM, по утверждению представителей ВВС США, удалось повысить с 13-14 до 6 м.

Продолжительность боевого вылета В-2А составляла, в среднем, 33 часа, при этом выполнялось три дозаправки в воздухе. В рамках подготовки к операции «Союзническая сила» один из самолетов «Спирит» совершил экспериментальный беспосадочный перелет с несколькими дозаправками в воздухе по маршруту Уайтмен-Гуам-Уайтмнен. Протяженность маршрута составила 26600 км, а продолжительность полета 37 часов (средняя скорость – 720 км/ч). На тренажере был совершен беспосадочный «полет» продолжительностью 44,5 ч. По итогам этих экспериментов стало ясно – в случае необходимости бомбардировщик сможет находиться в воздухе до 50 часов.

Переносить столь длительные полеты экипажу В-2А, состоящему всего из двух человек, помогал высокий уровень автоматизации, хорошо продуманная эргономика кабины, а также специальное оборудование, включающее биохимический туалет, спинки катапультных кресел с вибромассажерами и меню бортпайка, составленное с учетом вкусов каждого конкретного летчика. Тем не менее, самолет оказался не лишен недостатков. Привлеченная конгрессом США группа специалистов подготовила доклад об использовании самолета В-2А в боевых действиях на Балканах. На основе опросов летчиков отмечалось несовершенство приборного оборудования кабины, повышающего утомляемость экипажа и затрудняющего его ориентирование в боевой обстановке.

Следует отметить тот факт, что В-2А – наиболее дорогостоящие в мире боевые самолеты (стоимость одной машины – 997 млн.долл., т.е. треть стоимости атомного авианосца) – совершали боевые вылеты над Сербией (имевшей относительно слабую ПВО, состоящую из ЗРК С-75, С-125 и «Квадрат», истребителей-перехватчиков МиГ-29 и МиГ-21бис, а также малокалиберной зенитной артиллерии с орудиями устаревших типов) весьма солидное авиационное прикрытие. В состав прикрытия входили самолеты радиоэлектронной борьбы ЕА-6В «Праулер» и истребители F-15C. Вся операция проводилась при мощнейшей информационной поддержке самолетов ДРЛО Е-3 и самолетов радиолокационной разведки и управления Е-8. Такая тактика противоречит принципам использования малозаметных самолетов – действовать в одиночку, без привлечения самолетов других типов, не обладающих свойствами малозаметности и способных демаскировать «стеле». Кроме того, значительно возрастала цена одного боевого вылета бомбардировщика.

Требовалась весьма «тонкая» работа по согласованию совместных действий множества разнотипных самолетов, базировавшихся на разных континентах и принадлежащих различным родам войск («хозяином» самолетов ЕА-6В. прикрывавших «Спириты», являлся корпус морской пехоты США). Это ни могло не сказаться на оперативности боевого применения бомбардировщиков, а также обеспечении требуемого режима секретности. Однако американцы (особенно после потери первого F-117), вероятно, в большей мере полагались на мощь авиационного прикрытия, а не на «невидимость» самого «Спирита».

В американской печати приводились кадры съемки с борта разведывательного ЛА, на которых было изображено восемь капониров на одном из аэродромов в Косово, каждый их которых после удара самолета В-2А, сбросившего восемь КАБ, имел по «черному пятну» (т.е. пробоине). На другом кадре было показано бетонное укрытие на аэродроме в Приштине, разрушенное со стороны передних и задних ворот двумя попаданиями (тоже «работа В-2А). Однако после того, как это укрытие было осмотрено российскими специалистами, было выявлено, что оно не получило сколько-нибудь серьезных повреждений и полностью сохранило свою функциональность, а «потери» сербов в авиации в результата бомбовых ударов ограничились лишь списанными самолетами, находившимися на открытых стоянках аэродромов. Таким образом, боевые успехи «Спиритов» оказались несколько преувеличенными.

Скорее всего, причины неудачных бомбежек кроются не в недостатках собственно самолета и его комплекса вооружения, а в несоответствии возможностей ударных и разведывательных средств (как это имело место и во время «Бури в пустыне» в 1991 г.). К одному из весьма сомнительных «успехов» самолетов В-2А (в значительной степени обусловленному «четкой» работой разведки) следует отнести бомбовый удар по зданию китайского посольства в Белграде, нанесенный тремя КАБ JDAM. Безусловно, информационное обеспечение боевого применения стратегических ударных самолетов также станет одной из важнейших задач, которые будут решаться в ходе модернизации самолетов «Спирит».

В докладе, подготовленном по заданию конгресса США, отмечалось, что радиопоглощающие покрытия, примененные в конструкции бомбардировщика В-2А, имеют относительно низкую износостойкость. Указывалось и на высокую трудоемкость наземного обслуживания самолета этого типа, что «снижает возможности ВВС использовать самолеты так часто, как того требует обстановка». Подверглась критике, также, низкая крейсерская скорость самолета (в реальной обстановке оказавшаяся, очевидно, меньше расчетной). Все эти недостатки планируется поэтапно устранять в процессе модернизации В-2А.