Помимо авиабаз в Италии авиация НАТО стала использовать аэродромы, расположенные на территории других стран Северо-Атлантического альянса. Дополнительные ударные самолеты F-117 были развернуты на германской базе Спэнгдалим. С этого аэродрома действовали также истребители-бомбардировщики F-16С. К ударам по Югославии привлекли британские «Торнадо» GR.1 с расположенной в Германии базы RAF Брюгген и американские «Страйк Иглы» с английской авиабазы Лэйкенхирт. В начале апреля Словакия открыла свое воздушное пространство для авиации НАТО. В результате продолжительность боевых вылетов сократилась примерно с восьми до семи часов, теперь пилотам не требовалось облетать центр Европы через Францию и Италию.

В первые три недели апреля ударные самолеты F-l5E и F-117 ВВС США бомбили цели в окрестностях Белграда и других крупных городов Сербии, американцы также осуществляли пуски крылатых ракет. Знаковым событие в истории воздушной войны стали первые боевые вылеты стратегических бомбардировщиков В-2. «Спириты» работали со своего постоянного аэродрома базирования в штате Миссури. Боевой вылет стратегического бомбардировщика продолжался порядка 30 часов, за время полета В-2 несколько раз дозаправлялись от воздушных танкеров. «Спириты» сбросили более 600 боеприпасов JDAMS. Удары управляемыми ракетами AGM-130 и бомбами GBU-15 авиация наносила по командным пунктам вооруженных и полиции Югославии, нефтеперерабатывающим заводам, телевизионным станциям, мостам через Дунай и другим важнейшим целям. Как правило боеприпасы поражали цели с высокой точностью, но имели место и промахи, которые привели к жертвам среди местного населения. В апреле появилась масса фотоснимков и видеозаписей, запечатлевших разрушения Белграда, комментаторы оценили ущерб, нанесенный столице Югославии в 10 миллиардов долларов. Политические последствия от ударов ежедневно оценивались высшими руководителями стран Запада, такими как Клинтон и Блэр.

Удары по Белграду стали поводом для ожесточенных дебатов относительно стратегии и тактики воздушной кампании между непосредственным руководителем операции Шортом и его начальником Кларком, который поддерживал многих политиков Запада. Шорт считал, что требуется приложить максимальные усилия для разрушения стратегических объектов в глубине территории Югославии, усилив тем самым военно-политическое давление на режим Милошевича. Шорт полагал – «темные города» вызовут падение морального духа населения страны. Авиации НАТО следовало вывести из строя в первую очередь электростанции Удары по индустриальным центрам лишат Милошевича поддержки населения, после чего политическая элита Сербии станет решать проблему Косово по предложенным Западом рецептам.

Шорт предложил более чем спорную стратегию. Вашингтон и правительства союзных США стран скептически относились к атакам так называемых «объектов двойного назначения» вроде электростанций.

Согласно легальным законам ведения войны они считались гражданскими объектами. Франция и Британия с одной стороны на словах поддерживали налеты американских самолетов на Белград, с другой – при каждом удобном случае подчеркивали, что британская или французская авиация в бомбежках югославской столицы участия не принимает. Не все члены НАТО однозначно относились даже к воздушной кампании в целом, так Греция отказалась предоставить свои базы или самолеты в распоряжение командования Альянса. Не принимая в расчет мнение союзников, США в одностороннем порядке приняли решение усилить интенсивность налетов на Белград. «Собственный взгляд» Вашингтон продемонстрировал когда даже не проинформировал НАТО об использовании в операции «Союзническая сила» стратегических бомбардировщиков В-2. Решение о привлечении «Спиритов» принималось только в Вашингтоне и Пентагоне.

Морские пехотинцы грузятся в вертолет Сикорский СН-53Е «Си Сталлион» 26-го экспедиционного отряди корпуса морской пехоты США. Скоро они окажутся в Косово.

Своего пика разногласия достигли после удара американской авиации в ночь на 5 мая по посольству Китайской народной республики в Белграде. Атака В-2 стала неприятным сюрпризом для Лондона, Парижа, Бонна и Брюсселя, немало удивился ей и персонал Оперативного центра в Венеции, откуда осуществлялась координация действий ВСЕЙ авиации НАТО на Балканах. Представитель администрации Клинтона заявил, что удар нанесен по ошибке, из-за неверных карт города, подготовленных Центральным разведывательным управлением (ЦРУ) и Разведывательным управлением министерства обороны (РУМО). В результате бомбежки было разрушено здание посольства, и погибли три китайских дипломата. Версия администрации президента США изначально подвергалась сомнению. Большинство экспертов считали и считают, что Клинтон санкционировал удар по посольству – никакой ошибки не было. Называются две наиболее вероятных причины преподанного китайцам урока. Согласно одной версии через узел связи посольства КНР поддерживался радиообмен с отрядами лидера косовских сербов Аркана, действовавшими против подразделений Армии освобождения Косова. Согласно другой – китайцы использовали технические возможности своей радиоэлектронной аппаратуры для обнаружения американских «стелсов» в небе Югославии. Имеется и еще одно предположение – через аппаратуру связи посольства КНР в Белграде ГРУ министерства обороны России «сбрасывало» сербам разведданные.

Не меньшие споры в стане союзников по НАТО разгорелись вокруг морской блокады Югославии. Юристы НАТО объяснили политикам, что без специальной резолюции Генерального секретаря ООН задержание судов, направляющихся в югославские поты, может рассматривается как акт пиратства. Ни одно государство официально войны Югославии не объявляло. Значительные силы ВМС стран НАТО вместе с патрульными самолетами Р-3 «Орион» ВМС США и ВВС Нидерландов отслеживали малейшие движения югославского военного флота. Все корабли ВМС Югославии оставались в местах базирования, после того как Кларк пригрозил пустить ко дну любой катер, который осмелится высунуть нос за пределы акваторий портов. Гражданское судоходство не пресекалось.

Правительства стран НАТО постоянно требовали от Кларка начать налеты авиации на размещенные в Косово подразделения югославской армии и полиции с целью остановки этнических чисток. Шорт как мог сопротивлялся распылению средств, по его мнению все усилия следовало направить на то, чтобы «раздавить голову змеи». Кларка удалось переубедить, после чего часть самолетов НАТО переключилась на «утюжку»Косова, достигнув при этом весьма спорных результатов.

В мае под командованием Кларка против Югославии действовало 912 самолетов, в том числе 355 ударных и 228 воздушных танкеров. Примерно 600 самолетов из 912 предоставили США. В Оперативном центре в Венеции работало более 1400 военнослужащих из 13 государств НАТО. Ежедневно авиация выполняла от 500 до 1000 вылетов.

Штаб-квартира британских вертолетных сил SHF разместилась в аэропорту Тирана-Ринас. Отсюда осуществлялась координации доставки гуманитарной помощи в приграничные лагеря беженцев-косоваров.