Достаточно заметным течением стал «ассоциационный анархизм», основоположником которого является Л. Черный (П.Д. Турчанинов). Опираясь на идеи М. Штирнера, П. Прудона и Б. Такера, он предложил систему организации всех сфер жизни общества на основе добровольных договорных ассоциаций индивидов, удовлетворяющих свои разносторонние потребности путем свободных соглашений («личных контрактов») друг с другом. Предполагалось провести «обассоциационирование» производства, потребления и сферы услуг путем передачи предприятий в собственность ассоциаций потребителей: «У нас орудия и средства производства будут принадлежать […] людям, имеющим однородные потребности. […] В будущем каждый будет потребителем и рабочим и, как потребитель, будет иметь свою долю в тех ассоциациях, в продуктах которых он нуждается». Для решения аграрного вопроса Турчанинов предлагал сочетание социализации («обничения») земли с ее разделом на паевых принципах. Распределение земли должно было производиться на договорных началах по желанию каждого индивида. Он предлагал признать за всеми людьми право на получение равноценного другим по качеству земельного участка. Для уравнения же невыгод Турчанинов рассчитывал обложить наиболее выгодные участки рентой. Признавалось сочетание индивидуального, «общественного» и считавшегося приоритетным коллективного землепользования.

Регулирование производства и установление связей между ассоциациями должны были осуществлять специальные посреднические бюро, существующие на добровольных началах. Предполагалось сохранение рыночных отношений между «ассоциационерами». Путь к реализации идей «ассоциационного анархизма» Турчанинов видел в революции, сопровождающейся экспроприацией собственности буржуазии, помещиков и государства. Признавал он и возможность постепенного вытеснения капиталистических предприятий ассоциациями.

Созвучными анархо-индивидуализму и анархическому коммунизму в это время становятся теоретические поиски представителей литературной и философской богемы, развивавших идеи о безграничной свободе творчества. Русских писателей-символистов и представителей «нового религиозного сознания» привлекало в анархизме стремление к радикальному разрыву с современностью. Среди них наиболее заметным явлением можно считать теорию «мистического анархизма» Г.И. Чулкова, В.И. Иванова и С.М. Городецкого. В этом направлении развивались «иннормизм» К. Эрберга (К.А. Сюннерберга), «соборный индивидуализм» М.Л. Гофмана, религиозно-идеалистический анархизм Н.А. Бердяева, А.Н. Мейера, А.Э. Мирногорова (Фриденберга). Элементы анархистских идей, предполагающие ниспровержение власти государства, официальной церкви и капитала, можно обнаружить и в трудах Д.С. Мережковского.

В первой половине 1905 г. большинство анархистских групп принадлежали к «хлебовольцам». Однако затем, в 1905–1907 гг., идейное размежевание среди анархистов нарастает. Организации «чернознаменцев» действовали преимущественно в северо-западных, южных и юго-западных губерниях. Деятельность «безначальцев» прослеживается в Санкт-Петербурге, Москве, Варшаве, Киеве, Минске, Рязани и Тамбове. Анархо-синдикалистские организации вели работу в Москве, на западе и на юго-западе России. Кружки анархистов-индивидуалистов появились в западных и центральных регионах. Идеология отдельных анархистских организаций носила смешанный характер. Так, в листовках Севастопольской революционной боевой дружины «Свобода внутри нас» (1906–1907 гг.) проповедовались как анархо-коммунистические, так и анархо-индивидуалистические и махаевские идеи. Во многих городах действовали объединенные организации, в состав которых входили анархисты разных течений. По подсчетам историков Б.В. Леванова и Л.Г. Орчаковой, из 20 групп анархистов, действовавших в Московском регионе, 8 относились к «хлебовольцам», 2 – к «безначальцам», 4 – к анархистам-индивидуалистам, 2 – к анархистам-ассоциационерам, 2 – к анархо-синдикалистам и 1 – к махаевцам. Некоторые из них, как, например, «Свободная коммуна», включали представителей различных течений.

Большинство анархистских организаций представляли собой небольшие кружки и группы численностью от нескольких чел. до нескольких десятков чел. Так, в 1905 г. в Белостокскую группу анархистов-коммунистов входили более 70 чел. В 1905–1906 гг. 40 чел. насчитывала Минская группа анархистов-коммунистов, более 30 чел. Рославльская и свыше 4 °Cмоленская группы анархистов-коммунистов (по данным на 1906–1910 гг.). В Москве в 1905–1907 гг. действовали не менее 50 анархистских кружков и групп. Большинство из них включало 3-18 чел. Но были и крупные организации. Так, в Московской группе анархистов-коммунистов, созданной в 1905 г. В.И. Федоровым-Забрежневым, состояли 18 чел. Не менее 72 чел. насчитывала Московская группа анархистов-коммунистов «Свободная коммуна». Численность всех анархистских организаций Баку в 1906–1908 гг. исследователь И.С. Багирова оценивает приблизительно в 1400–2000 чел. Вероятно, эта цифра включает и сочувствующих. 40 анархистских групп, действовавших на Дону в 1903–1910 гг., включали 686 чел., что составляло 13,3 % от всей численности радикальных партий и организаций Донского региона. Из них самой крупной была Сулинская группа анархистов, в состав которой входили 35 чел.

Появляются крупные объединения – «федерации». В Белостоке к середине 1906 г. существовала Федерация анархистов-коммунистов численностью до 300 чел. В 1906–1908 гг. функционировала Бакинская федерация анархистов, объединявшая различные группы. В начале 1907 г. в Екатеринославе была создана Федерация анархистов-коммунистов, в состав которой вошли четыре районных федерации (Амур-Нижнеднепровская, Кайдацкая, Центральная и Чечелевская) и 20 рабочих анархистских групп, организованных по предприятиям. В ее состав входили 70–90 чел. при 220–230 сочувствующих. Осенью 1907 г. появилась «Объединенная анархическая группа» в Москве.

Структура анархистских организаций усложняется. Так, в 1905 г. в белостокскую Федерацию анархистов-коммунистов, помимо Белостокской группы анархистов-коммунистов, входили рабочие «цехи», или «федерации» (кожевников, нитярей, портных, столяров и ткачей), и 15 кружков, действовавших среди фабрично-заводских и ремесленных рабочих. В составе Федерации одесских анархистов, образованной весной 1906 г., насчитывалось 11 групп, сформированных преимущественно по районам.

В 1906–1907 гг. были проведены несколько съездов и конференций, целью которых была координация деятельности групп одного течения. Наиболее заметные из них: конференция групп анархистов-коммунистов «чернознаменцев» (осень 1905 г., Белосток); конференция «хлебовольческих» групп Северо-Западного края (Белоруссии, Литвы, и Польши) (октябрь 1905 г., Вильно); съезд анархистов-коммунистов «чернознаменцев» («безмотивников») северо-запада, юго-запада и юга России (январь 1906 г., Кишинев). Кроме того, как показал в своем исследовании В.В. Кривенький, в 1907 г. шла подготовка к Всероссийскому съезду анархистов с участием делегатов от анархо-синдикалистов, «безначальцев», «хлебовольцев» и «чернознаменцев». Провести его планировалось осенью в одном из городов западных губерний России.

В то же время анархистские организации России укрепили свой международный авторитет. Об этом свидетельствует тот факт, что делегаты из Белостока, Грузии, Екатеринослава и Санкт-Петербурга приняли участие в Международном анархистском конгрессе в Амстердаме. Доклады Н.И. Музиля и В.И. Федорова-Забрежнева, посвященные анархистскому движению в России, имели успех на этом мероприятии.