Местные ханты попытались осадить русский острог. Но когда метким пушечным выстрелом был разбит принесенный осаждавшими деревянный идол, то все войско хантов разбежалось. Вскоре часть окрестных ханты-мансийских племен принесла Мансурову ясак. Одним из самых могущественных племенных вождей на Нижней Оби был «князь» Лугуй, под чьей властью находились городки Ляпин, Березов и др. «Княжество» Ляпин признавало власть царя при Иване III. Но уже много лет местные племена не платили Москве дань, правда торговля между Русью и Нижней Обью продолжалась.

Лугуй понял, что за первым русским острогом последует строительство других опорных пунктов, и по зимнему пути выехал с отрядом воинов на Русь. Через полгода он добрался до Москвы, там его приняли дьяки Посольского приказа и в обмен на заверения в преданности Московскому царю вручили охранную грамоту для защиты от посягательств русских служилых людей. В августе 1586 г. Лугуй с государевой охранной грамотой выехал домой.

Дождавшись весны, Мансуров покинул Обский городок и поплыл с отрядом по Оби, в Югорской земле перешел через Уральские горы и возвратился в Москву. Поход Мансурова подтвердил, что Ермак и его казаки хорошо разведали речные пути Западной Сибири и приречные области, а также выработали тактику взаимоотношений с местными племенами и ведения боевых действий с их отрядами.

В 1586 г. в Сибирь был отправлен отряд под командой воевод Василия Борисовича Сукина и Ивана Мясного при «письменном голове» (глава воеводской канцелярии) Даниле Чулкове, численность воинов которого была, видимо, не менее 700 человек. В его состав были включены Иван Александров Черкас, получивший чин казачьего головы, Савва Болдыря и остальные казаки-ермаковцы, доставившие в Москву первое известие о «Сибирском взятии». Под команду этих воевод московские власти передали и Матвея Мещеряка с его сотней казаков, возвратившихся из похода под предводительством Ермака. Сукин был молодым и не имел большого боевого опыта, а Мясной, известный стрелецкий командир, отличился в последних боях Ливонской войны.

Перевалив Уральские горы, Сукин должен был построить острог на р. Туре и далее в глубь Сибири не двигаться. Он занял покинутое татарское городище Чимги-Туру (бывшую столицу Тюменского или Сибирского, ханства), но воеводы нашли это место тесным для строительства острога. Тюменский острог — старейший из существующих сибирских городов (теперь г. Тюмень) — был выстроен на новом месте между Турой и Тюменкой в виде четырехугольника. Подходы к нему были защищены обрывистыми берегами Туры и глубоким оврагом. Местные татары покорились без сопротивления и стали платить ясак.

Через год Москва отправила в Тюмень еще 500 служилых людей. Голова Данила Чулков с несколькими сотнями стрельцов поплыл с ними по Туре и Тоболу. Ему не разрешили штурмовать Кашлык, но поручили построить поблизости его острог. Он и выполнил это, поставив в устье Тобола примерно в 20–25 км от Кашлыка ниже по Иртышу Тобольский острог — небольшое деревянное укрепление и несколько изб для служилых людей. Правда, острог поставили на низком месте, которое часто затоплялось в половодье. В 1610 г. Тобольский острог перенесли на правый высокий восточный берег Иртыша против устья Тобола (18, с.254).

С одной стороны гору, на которой строили острог, подпирала р. Курдюмка. Она впадала в Иртыш, образуя мыс, за которым располагалась как бы естественная гавань. Сперва был поставлен совсем небольшой острог. Несколько лет спустя возле старого острога возник посад. Тогда были расширены старые укрепления: воеводы со служилыми людьми срубили город Тобольск и поставили небольшой острог вокруг посада. Этот город называли «Новая Сибирь». Так острог Тобольский стал городом Тобольском, который позже в XVII–XVIII вв. являлся столицей русской Сибири (12, с.611).

Панорама Тобольска

В Кашлыке продолжал сидеть Сеидхан, его поддерживали карачи и хан Казахской орды. Кучум, в свою очередь, опирался на поддержку Бухарского хана. Сеидхан пытался завязать отношения с русским воеводой в Новой Сибири. В 1588 г. Сейдяк с карачи и султаном Ураз-Мухамедом, племянником казахского хана Теввекеля, охотились на берегу Иртыша близ Тобольского острога. Чулков пригласил их к себе на пир и для мирных переговоров.

Когда приглашенные появились у стен Тобольска в сопровождении нескольких сот воинов, то Чулков согласился впустить в крепость не более ста татар и предложил им снять оружие прежде, чем сесть за пиршественный стол. Когда прибывшие татары разместились за столом, то они столкнулись с казаками-ермаковцами. Профессор Р. Г. Скрынников считает, что трудно предположить, будто Чулков сознательно заманил хана в западню. Но казаки не простили караче вероломное убийство Ивана Кольцо. Перебив ханскую охрану, они набросились на знатных гостей и связали их, а затем атаковали стоявшую у стен острога ханскую гвардию и полностью разгромили ее. В бою погиб атаман Матвей Мещеряк, который все же отомстил за гибель побратимов. Сеидхан и казахский султан были увезены в Москву и там определены на царскую службу (12, с.612, 613).

И. П. и В. И. Магидовичи приводят другую версию произошедшего, при которой ермаковцы не являлись инициаторами нападения на гостей: во время пира Чулков стал обвинять гостей в злых замыслах против русских и предложил, чтобы рассеять подозрение, выпить по чаше вина. Гости, как мусульмане, отказались пить спиртное. Тогда их связали, а охрану перебили. Татары, оставшиеся за стенами острога, разбежались (18, с.254, 255). Так или иначе, но вскоре Кашлык опустел, и русские стали единственными хозяевами на Нижнем Иртыше.

Уже в 1590 г. Тобольск, первоначально зависевший от Тюмени, «стал быть собою» (19, с.253). С этого времени московские власти стали вести все сношения с правителями вновь присоединенных к России Сибирских областей только через тобольских воевод. А при царе Федоре Ивановиче воеводам всех сибирских городов предписывалось «обо всяких о тамошних делах обсылатися и писати в Тобольский город к воеводам, чтобы в сибирских городах меж воевод всякие дела были ведомы» (19, с.253).

Старшинство тобольских воевод, несмотря на явное сопротивление этому со стороны воевод других сибирских городов, подтверждено совершенно определенно в наказах царей Бориса Годунова и Василия Шуйского.

После завершения «смутного времени» окончательно складывается Тобольский разряд, в состав которого первоначально входили все города Сибири: Верхотурье, Тюмень, Туринск, Тара, Пелым, Березов, Мангазея, Сургут, Нарым, Томск и остроги — Кетский, Енисейский и Кузнецкий. Несмотря на образование в 1629 г. особого Томского разряда, Тобольск остался первым и главным городом Сибири и главенствовал над Томским разрядом. Главное, Тобольский воевода являлся как бы главнокомандующим всеми сибирскими служилыми людьми.

Летом 1590 г. Кучум совершил набег на свои прежние сибирские владения. Он разграбил ряд селений в районе Тобольска. Его воины в селениях, расположенных выше по Иртышу между Вагаем и Ишимом, поубивали многих татар, согласившихся платить ясак Московскому царю. Все это настраивало против него местное население. Поэтому, когда в 1591 г. тобольский воевода князь Владимир Васильевич Кольцов-Масальский вышел в поход против Кучума, в составе его отряда было множество тобольских татар. Воевода настиг Кучума у Ишима и разбил его войско. Но хан сумел уйти с немногими соратниками в Барабинские степи. Таким образом, уже через 6 лет после гибели Ермака русские сумели вновь овладеть областями по Нижнему Иртышу и Нижнему Тоболу.