22 августа 1939 года Рудольф Гесс информировал своего бывшего учителя о том, что советско-германские переговоры были закончены. Тот со скепсисом отнесся к этой информации, хотя на следующий день узнал о подписании пакта о ненападении. После начала Второй мировой войны обстановка в дома Хаусхоферов окончательно испортилась. 6 сентября 1939 года Альбрехт направился в Берлин, чтобы приступить к службе в Имперском министерстве иностранных дел. Прощание с отцом нельзя было назвать слишком теплым и трогательным. Сын позвонил по телефону лишь пару недель спустя. Он поинтересовался у отца, не хотел ли тот стать германским послом в Токио. Кто высказал такую идею, остается непонятным, но сам Карл Хаусхофер от этого решительно отказался. Между тем была разгромлена Польша. 6 октября 1939 года Гитлер произнес в рейхстаге речь, которую можно было воспринять как предложение о заключении мира с западными державами. Несколько дней спустя отрицательные ответы пришли из Лондона и Парижа. В это время Марта Хаусхофер сделала в дневнике запись: «Карл, который утратил всякие надежды погасить военный конфликт, пребывает в глубочайшей депрессии. Она передается и мне, что усугубляется огромной физической усталостью».

С началом Второй мировой войны политические события и преклонный возраст вынудили Карла Хаусхофера существенно сократить свою рабочую программу. Он не читал лекций, существенно ограничил контакты и вел почти затворническую жизнь в своем имении в Хартшиммеле. Изредка он покидал свое убежище, чтобы совершить очередную командировку или прочитать доклад. Но даже в этих условиях Карл Хаусхофер не прекращал писать. Он готовил статьи и публикации для «Немецкой Академии» и «Объединения зарубежных немцев». Его перестали публиковать лишь после того, как Рудольф Гесс совершил свой «легендарный» полет в Англию. К этому добавились многочисленные доносы, в которых сообщалось, что Карл Хаусхофер заступался за «неарийцев». Действительно, он помог нескольким евреям, которых знал еще с 20-х годов. По мере того как на континенте развернулись боевые действия, Хаусхофер-старший вновь стал проявлять интерес к геополитике. Поначалу победы вермахта окрылили его. Захват Норвегии и Дании, который произошел в апреле 1940 года, был назван им «стратегическим результатом высшего класса». Поражение Франции вызвало у него форменный восторг. Карл Хаусхофер не мог скрыть гордости за то, что «над Страсбургским собором вновь развевалось немецкое знамя». В это время Марта записала в дневнике: «Военные победы, которые японцы одержали в декабре 1941 года, произвели на Карла столь большое впечатление, что он незамедлительно поздравил японского посла Ошиму». 18 декабря 1941 года к Хаусхоферу пришло ответное сообщение. В нем Ошима заявлял: «Выражаю Вам глубокую благодарность за любезное письмо, которое было послано мне 12-го числа сего месяца. В нем Вы передаете пожелания успехов японской армии. Я твердо убежден в том, что Япония будет вести справедливую войну против наших общих врагов до окончательной славной победы». Однако Хаусхофера со временем стали беспокоить действия немецких оккупационных властей на захваченных территориях. Он полагал, что гегемония Германии в Европе не должна была держаться на штыках. Однако он все еще верил в том, что национал-социалистическая Германия вела «справедливую войну». Причиной этого заблуждения была навязанная Рудольфом Гессом точка зрения. Даже в 1940 году Карл Хаусхофер видел многие вещи исключительно сквозь «розовые очки». Только когда Третий рейх напал на СССР, его стали одолевать сомнения. Но Хаусхофер не решался публично озвучивать их. Война рисковала превратиться в очередную мировую бойню, а потому баварский генерал и профессор все чаще стал задумываться о своей ответственности за нее. Он тяготился тем, что в свое время призывал воспитывать немецкий народ к «борьбе за жизненное пространство». Свои угрызения совести он доверял бумаге, на которой одно за другим писал трагические стихотворения. Однако это творчество не могло избавить Карла Хаусхофера от мучительных вопросов, на которые он не мог найти ответы. До самого своего самоубийства он так и не решился публично признать свою ответственность за «немецкую катастрофу».

До начала агрессии против СССР Карл Хаусхофер переписывался с Рудольфом Гессом. Он пытался осознать новые геополитические условия, которые формировались в Европе и в мире. 8 октябре 1939 года в письме заместителю фюрера сообщалось: «…мир станет миром разочарования лживыми играми британцев, которые являются нашими родственничками. Наши русские друзья теперь очень лестно отзываются о нас в целом, равно как и о нас по отдельности, чего они никогда ранее не делали. Они готовы постигать геополитику, суть спасительной для Старого Света континентальной политики. Они готовы пересмотреть прошлое. Однако, заключая пакт с дьяволом, всегда надо помнить об осторожности. Они уже смогли разыграть индийскую карту. То, что не удалось довести до конца нам, получилось у них. Они сориентировали Джавахарлала Неру на Москву. Они уже суют британским господам палки в индийские колеса. Наши желтые друзья не перестают учиться у нас, насколько это возможно, чтобы не потерпеть неудачу. Они начали охоту на пиратов. Они всегда имели склонность к пиратству. Им давалось это легче, чем тебе или фюреру. Его речь от 6 октября стала настоящим подарком для геополитических гурманов. Когда у тебя будет время, то достань с полки с книгами мою старенькую "Великую Японию". В 15-й главе ты сможешь обнаружить контуры идеи немецко-русско-японской континентальной политики».

Летом 1940 года Адольф Гитлер находился на пике своего континентального могущества. Тактика «молниеносной войны» (блицкрига) приносила неслыханные ранее военные успехи. В Берлине он превозносился как «величайший полководец всех времен и народов». Германия была буквально в полушаге от того, чтобы установить общеевропейскую гегемонию. Разгромленная на континенте Великобритания продолжала сопротивляться на своем острове. «Успех немецкого оружия» привел к тому, что Гитлер решил не прибегать более к политическим средствам. Он полагал, что со всеми целями мог справиться вермахт. Однако вторжение на остров могло привести к огромным потерям. Это было продемонстрировано во время захвата Норвегии и воздушных боев над Британией. И в этих условиях Гитлер начал готовить агрессию против СССР. Его не смущала перспектива войны на два фронта. «Восточный поход» он планировал завершить за несколько месяцев. И именно в указанное время Рудольф Гесс, знавший о плане «Барбаросса», улетел в Англию. В последние годы об этом полете писалось очень много, а потому имеет смысл сосредоточиться на моментах, которые касаются в первую очередь Карла и Альбрехта Хаусхоферов.

В начале августа 1940 года Рудольф Гесс неожиданно для Альбрехта Хаусхофера завел с ним разговор о судьбе. При этом заместитель фюрера ни словом не намекнул, что подвигло его на ведение подобных бесед. Несколько позже он все-таки сообщил Хаусхоферу-младшему, что Гитлер не намерен продолжать военные действия против Великобритании. Подобное решение было продиктовано расово-политическими соображениями. Гитлер считал, что Германия не должна быть заинтересована в военном поражении Англии, так как это приведет к падению власти белых в Индии и Индокитае. По прошествии некоторого времени Рудольф Гесс поинтересовался у Альбрехта Хаусхофера, сохранил ли тот свои связи с англичанами. Особый интерес представляли «дальновидные политики». В ответ Хаусхофер-младший недвусмысленно намекнул, что национал-социалистическая Германия уже давно истратила свой лимит доверия. Л потому любая попытка связаться с англичанами была бессмысленной. Судя по всему, Рудольф Гесс остался недоволен этой реакцией, так как несколько дней спустя с аналогичным вопросом он обратился уже в Карлу Хаусхоферу. Беседа получилась весьма откровенной. Хотя Гесс так и не пояснил, чем было вызвано его беспокойство. Он решил сохранить в тайне, намерение Гитлера напасть на СССР. В итоге в сентябре 1940 года Хаусхофер-старший смог убедить своего сына написать письмо Гамильтону Дугласу. В этом письме предлагалось организовать встречу с Рудольфом Гессом в одной из нейтральных стран. Письмо было направлено в Англию окольными путями, а потому достигло адресата только в апреле 1941 года.