Поскольку из Лондона не последовало никакого ответа, то Рудольф Гесс стал искать другие возможности для начала мирных переговоров. Не исключено, что Гитлер знал об этой инициативе и в принципе поддерживал ее. Весной 1941 года Хаусхоферы вновь оказались втянутыми в это «мирную» операцию. После долгих бесед и споров отец убедил сына направиться в Женеву, чтобы встретиться там с Карлом Якобом Буркхардтом. Это был общественный деятель, известный своими широкими связями в Лондоне. К тому же он всегда выражал недовольство тем, что Германия воевала с Великобританией. За день до отбытия в Женеву Альбрехт Хаусхофер рассказал о своей миссии матери. Та отметила в дневнике: «Только если бы мое одобрение могло помочь этому предприятию, оно непременно бы удалось. Но я и Альбрехт не верим в успех. Но все-таки надо попытаться». 3 мая 1941 года Альбрехт позвонил домой из Швейцарии и сообщил, что его миссия не полностью провалилась и еще имелись шансы на успех. Он планировал вернуться домой и рассказать все детали. Однако после этого события стали сменять друг друга, как в калейдоскопе. 10 мая 1941 года Рудольф Гесс, не дожидаясь возвращения Альбрехта Хаусхофера, на своем самолете направился в Великобританию. Он решил действовать на свой страх и риск, желая вынудить англичан начать мирные переговоры.

Карл Хаусхофер был поражен этим поступком не меньше, чем все остальные немцы. Но, судя по всему, он понял мотивы поведения своего бывшего ученика. Уже с января 1941 года он через своего фронтового приятеля Хофвебера пытался собрать сведения о настроении Гесса. Разумеется, до сих пор неизвестно, догадывался ли Карл Хаусхофер о запланированном нападении на СССР. В любом случае сразу же после полета он написал стихотворение о молодом Парцифале, который, подобно Икару, красивым жестом вычеркнул себя из жизни. После полета Гесса в Англию Хаусхоферы сразу же попали под усиленный надзор гестапо. В тайном сообщении, которое 29 июня 1941 года попало на стол Мартину Борману, говорилось: «Группенфюрер Гейдрих довел до моего сведения, что по приглашению президента "Немецкой Академии" генерал Хаусхофер в качестве сенатора Академии и члена Малого Совета Академии должен принять участие в заседании, которое состоится 30 июня 1941 года в Страсбурге. Группенфюрер Гейдрих сообщает, что, очевидно, господин Зиберт придает слишком большое значение участию Хаусхофера в этом мероприятии. Вместе с тем Хаусхофер имел нежелательную причастность к инциденту, случившемуся 10 мая 1941 года (полет Гесса. — Авт.). Считаю необходимым обратить внимание господина Зиберта и всех гауляйтеров, что оба Хаусхофера являются интеллектуальными вдохновителями указанного выше инцидента. По этой причине их общественные выступления являются нежелательными. Прошу уведомить об этом господина Зиберта. Само собой разумеется, надо придерживаться только фактов. Кроме того, 4 июля 1941 года в одном из театров Мюнхена произойдет премьера спектакля "Август", который будет поставлен по пьесе Альбрехта Хаусхофера». Спектакль решили не запрещать, но меры в отношении Хаусхоферов все-таки были приняты. Впрочем, Мартин Борман направил письмо Геббельсу, в котором рекомендовал воздержаться от публичной дискредитации Хаусхоферов. В ноябре 1941 года Борман подтвердил свое намерение. В одном из донесений он сообщал: «По сравнению с другими профессорами университета господин Хаусхофер не должен ущемляться в правах, однако это не значит; что ему должно отдаваться какое-то предпочтение. Едва ли стоит запрещать его книги, но в то же время ни в коем случае не надлежит делать им какую-то усиленную рекламу». Только в январе 1942 года Карлу Хаусхоферу было запрещено выступать как на публичных, так и на закрытых мероприятиях, которые проводились по линии Национал-социалистической партии.

Положение Хаусхоферов еще более ухудшилось в 1944 году. Несмотря на то что сводки с фронтов не вызывали особого восторга, Карл и Марта Хаусхоферы пытались как-то утешить себя, работая на земле, ухаживая за деревьями, восторгаясь окружавшей их природой и ландшафтами. В какой-то момент к ним внезапно вернулся сын, после чего они были вынуждены вновь попрощаться с Альбрехтом. Он прибыл к родителям 20 июля 1944 года, как раз в тот день, когда в ставке «Вольфшанце» произошло неудачное покушение на Гитлера. Заговор военных (операция «Валькирия») был сорван. Альбрехт поддерживал заговорщиков, но не принимал никакого участие ни в подготовке покушения, ни в самом заговоре. Карл Хаусхофер был и вовсе не причастен к этим событиям. Он настолько растерялся, когда узнал о покушении, что не мог сказать ни слова. Впрочем, это не помешало гестапо заподозрить его в причастности к заговору, что в итоге привело к аресту младшего сына, Хайнца, и его жены. Агенты гестапо появились в имение Хаусхоферов ранним утром 23 июля 1944 года. Они провели обыск, но не смогли найти никаких улик. Тем не менее это не помешало им без указания каких-либо причин арестовать Карла Хаусхофера. Через несколько дней с матерью связался Альбрехт Хаусхофер, продолжавший скрываться от полиции. Он заявил, что понятия не имеет, почему был арестован отец, который никогда не был причастен к деятельности политических оппозиционеров. Альбрехт Хаусхофер был арестован в окрестностях Партенкирхена 7 декабря 1944 года.

Сам же Карл Хаусхофер в августе 1944 года оказался в концентрационном лагере Дахау. Он находился не с основной частью заключенных, а потому его пребывание в лагере рассматривалось как «почтенный арест». 27 августа 1941 года Марта Хаусхофер прибыла в лагерь, чтобы поздравить своего супруга с 75-летием. Она отметила, что буквально за несколько недель ее муж очень сильно постарел и осунулся. Карл Хаусхофер был отпущен на свободу столь же неожиданно, как и арестован. Произошло это 31 августа 1944 года. Не исключено, что свою роль сыграло письмо, которое из лагеря Хаусхофер-отец направил Гитлеру. В нем он вспоминал, как когда-то фюрер преподнес ему «Майн кампф» с личным посвящением «Великому немецкому геополитику». Кроме того, он заявлял о том, что направить его за колючую проволоку было давнишней мечтой Черчилля и Рузвельта, а потому не стоило им подыгрывать в этих желаниях.

В эти дни супруги Хаусхофер не на шутку были обеспокоены судьбой своих детей. От Альбрехта не поступало никаких известий. 19 августа был арестован младший сын — Хайнц. В сентябре 1944 года его направили в Берлин в тюрьму Моабит. После этого была арестована его супруга — Луиза. Ее продержали под арестом шесть дней, после чего выпустили на свободу. Однако 17 октября она была арестована еще раз. В то же самое время дома у Хаусхоферов был произведен третий обыск.

Ничего не зная о судьбе своих детей, Карл Хаусхофер в начале 1945 года в очередной раз обратился с письмом к Гитлеру. В нем он писал: «Мой фюрер! С 1941 года я полностью устранился от какой-либо политической деятельности, а потому не имел ни малейшего предчувствия о трагических событиях, с которыми, кажется, был связан мой арест. Кроме того, мой старший сын, честно служивший делу нашей нации, был объявлен в розыск. По моему твердому убеждению, мой сын Альбрехт Хаусхофер является невиновным. Я не видел его с августа 1944 года. До меня лишь дошли слухи, что он был арестован в конце 1944 года. Однако мне так и не сообщили, в чем заключается его вина. Мой фюрер, я никогда бы не обратился к Вам с просьбой, если бы не посчитал ее недостойной. Мне идет 76-й год, и я уже стою на пороге в мир иной, а потому едва ли стал бы беспокоить великих людей, на плечах которых лежит огромный груз ответственности, отвлекая их от дел своими просьбами». Однако Карл Хаусхофер зря полагался на милость Гитлера. Альбрехт так и остался в застенках тюрьмы. Там он написал свои знаменитые «Моабитские сонеты», которые уже после окончания Второй мировой войны были провозглашены классикой антифашистской поэзии.