Одновременно Военный совет Черноморского флота доложил о случившемся главнокомандующему Юго-Западного направления маршалу Буденному, а также адмиралу Кузнецову и маршалу Шапошникову, правда, уже в несколько иных выражениях. Командование флота сообщало, что «Военный совет Приморской армии начал эвакуацию войск из Одессы с оружием и на транспортах, предназначенных для перевозки женщин, детей и ценных грузов. 16 августа на транспортах… Военным советом армии было направлено больше двух тысяч человек бойцов и командиров. С огромными трудностями удалось их высадить с транспортов, но все же 600 человек начсостава и бойцов с пулеметами, винтовками, гранатами и боезапасом были задержаны в Севастополе». Далее Военный совет ЧФ в ярких красках описывал, что «…в Одесском порту царил хаос, был огромный наплыв войск. Они требовали посадки на транспорты, причем предъявляли документы, подписанные начальником тыла и прокурором армии от имени военного совета», делая вывод что, «…Военный совет Приморской армии не собирается защищать Одессу до последнего бойца, так как большое количество оружия вывозилось. Имея это оружие, можно было сформировать новые части из местного населения и поставить их на защиту города» и просил принять решительные меры по наведению порядка в Приморской армии и в городе, вплоть до отстранения от должностей тех руководителей, которые не выполняют решений высшего командования.

Сколько частей можно сформировать, используя вывозимые 437 винтовок и 11 пулеметов, Военный совет флота, естественно, не сообщил. Развитие дальнейших событий показало, что командование флота вкладывало в слова «защита до последнего человека» совершенно конкретный смысл и в случае критического развития событий было готово посылать в бой даже практически безоружных людей, не имеющих никакого вооружения, кроме нескольких гранат, как это произошло 24 августа.

При этом член Военного совета ЧФ Азаров на всякий случай послал из Николаева с отходившим самолетом в Одессу находившемуся там заместителю наркома ВМФ, армейскому комиссару 2-го ранга Рогову записку с кратким изложением ситуации и просьбой поддержать Жукова.

Получив такой доклад, вице-адмирал Октябрьский приказал командиру Одесской военно-морской базы «на все отходящие из Одессы и Очакова пароходы, как военные, так и гражданские, сажать только раненых, женщин, детей и стариков» и запретил «принимать на корабли и вывозить из Одессы и Очакова не только военных но и гражданских лиц, способных носить оружие, от 18 до 55 лет». При этом командующий флотом, «учитывая, что дезертирство идет под видом всяких командировок», распорядился «никаких документов для данной категории лиц не принимать», за исключением приезжающих «из высших штабов и центральных учреждений» и учредил собственную «контрольно-комендантскую службу». Об этом приказе он уведомил командующего Приморской армией и просил Военной совет Южного фронта утвердить его распоряжение.

В ответ Военный совет Приморской армии донес главкому Юго-Западного направления Буденному, командующему Южным фронтом Тюленеву и наркому ВМФ Кузнецову о недисциплинированности контр-адмирала Жукова, который, нарушая приказ по армии, снимает всех военнослужащих с пароходов. Софронов и Воронин просили отменить распоряжения командующего Черноморским флотом и указать ему, что все решения Военного совета армии по эвакуации обязательны и для флота.

Задействовав все доступные им способы влияния на ситуацию, обе стороны, сознавая, что размах конфликта уже сопоставим с накалом боевых действий, с тревогой и надеждой ожидали вмешательства в склоку Ставки Верховного Главнокомандования.

И такое вмешательство не заставило себя долго ждать.

Уже в ночь на 19-е августа Ставка издала директиву, подписанную Сталиным и Шапошниковым:

Вся полнота военной власти в Одессе этой директивой передавалась контр-адмиралу Жукову, бывшему ранее комендантом Одесской ВМБ и по совместительству начальником Одесского гарнизона. Теперь он назначался командующим Одесским оборонительным районом. При этом Приморская армия как бы упразднялась и именовалась в директиве «бывшей», хотя прямого распоряжения о ее расформировании не было. Каким образом контр-адмирал будет решать задачу обороны «до последнего бойца» и как будет командовать вверенными ему частями Приморской армии, Ставка не уточнила.

Директива, помимо вопроса о командовании, полностью перешедшего теперь к флотскому начальству, ставила и точку в затянувшемся конфликте, ставшем причиной его передачи. Все нужное и пригодное для борьбы с врагом должно было использоваться на передовой, а что нужно и что не нужно для обороны города — теперь решал флот.

В соответствии с директивой Ставки командование ООР на следующий день отдало собственный приказ, запрещающий выезд из Одессы всем, способным носить оружие: